宇宙物理学の話題について、質問してよいでしょうか？
宇宙全体のエネルギーの中で、
物質が持つエネルギーは約４％であると言われています。
他は、ダークマター、ダークエネルギーなど。
この理解は正しいでしょうか？
また、もう少しMECEかつわかりやすく説明すると、どのようになりますか？
非専門家にもわかるように、説明してください。

はい、その理解は概ね正しいですね。宇宙のエネルギー構成について、より分かりやすく説明しますと、以下のようになります。
宇宙のエネルギーは大きく4つの構成要素から成り立っています。
1. 物質のエネルギー (約4%) 原子核や電子などから成る普通の物質が持つエネルギー
2. 放射エネルギー (ごくわずか) 可視光線や電磁波などの放射エネルギー
3. ダークマター (約27%) 重力的な影響は及ぼすが、電磁波と相互作用しない未知の粒子から成る物質
4. ダークエネルギー (約69%) 正体不明のエネルギーで、宇宙の加速膨張を引き起こす原因と考えられている

つまり、私たちが目にできる通常の物質は、宇宙のエネルギーのわずか4%しか占めていません。残りの96%は、ダークマターやダークエネルギーなど、まだ正体が分かっていない未知の構成要素なのです。
この割合は、宇宙の進化とともに変化してきましたが、現在の宇宙ではこの4つの構成比になっていると考えられています。

物質が持つ、熱エネルギー、および運動エネルギーは、
この中で、どこに分類されますか？

物質の熱エネルギーと運動エネルギーは、最初の「物質のエネルギー(約4%)」に含まれます。

具体的に説明しますと、
「物質のエネルギー」には以下のようなものが含まれています:
　・ 原子核や電子の静止質量エネルギー
　・ 原子核の結合エネルギー
　・ 原子や分子の内部運動(振動、回転など)に由来する熱エネルギー
　・ 物質の macroscopic な運動エネルギー(惑星の公転、銀河の回転運動など)
つまり、物質を構成する原子核や電子の静止質量から生じるエネルギーに加えて、熱運動や巨視的な運動によるエネルギーも、この「物質のエネルギー」の4%に含まれているのです。

一方、可視光や電磁波などの放射エネルギーは、2番目の「放射エネルギー」の項目に分類されています。
ですので、物質に由来するあらゆるエネルギー形態は、この重要な4%の「物質のエネルギー」に含まれていると理解できます。

宇宙のスケールで捉えると、
地上で人間が感じている、時間も空間も、絶対ではないと言われます。
時間と空間が交換可能であるとも言われ、素人には理解できません。
時間と空間について、非専門家にもわかりやすく、解説していただけますか？

はい、時間と空間の性質について、分かりやすく解説させていただきます。
まず、アインシュタインの相対性理論によると、時間と空間は絶対的なものではなく、観測者の運動状態によって変化するものだと考えられています。
具体例を挙げますと、
・高速で動く時計は、静止している時計に比べて時間が遅れる
・強い重力場の中では、時間は遅れる
・空間的な距離は、観測者の運動状態によって収縮したり伸びたりする

つまり、時間の遅れ具合や空間的な距離は、それぞれの観測者の運動状態や重力場の影響を受けて、相対的に変化するのです。

また、時間と空間は「交換可能」と言われることがあります。これは、ある観測者から見ると時間の変化に見えるものが、別の観測者からは空間の変化に見えるということです。
例えば、2つの出来事の時空間的な間隔は不変ですが、ある観測者にとっては時間的な間隔に、別の観測者にとっては空間的な間隔に見えるといった具合です。
このように、時間と空間は絶対的なものではなく、観測者の状況によって相対的に変化する性質を持っているのが相対性理論の本質です。素人には直感に反するかもしれませんが、実験的にも検証された重要な概念なのです。

時間と空間が絶対的なものではなく、相対的な存在であるとしても、
ゼロではないと想像します。
最近「時間は存在しない」といったタイトルの本が何冊か出版されていますが、
このタイトルの科学的な解釈は、どのように考えればよいでしょうか？

タイトルの「時間は存在しない」という主張については、そのまま解釈するのではなく、もう少し丁寧に解釈する必要があります。

科学的な観点から見れば、時間そのものが完全に存在しないということはあり得ません。なぜなら、私たちは時間の経過を日常的に体験しており、また物理法則の中にも時間の概念が不可欠だからです。

おそらく、その本のタイトルが意図しているのは、「時間は絶対的で普遍的な存在ではなく、相対的で観測者次第で変化する」ということを強調したかったのだと思われます。
つまり、ニュートン力学で考えられていた「独立した絶対時間の流れ」という古典的な概念を否定し、アインシュタインの相対性理論で示された「時間は運動状態や重力場の影響を受けて変化する」という、時間の相対性を強調しているのでしょう。
ですので、「時間は存在しない」というタイトルは分かりづらい表現ではありますが、時間そのものの存在を完全に否定しているわけではありません。あくまで、時間が絶対的なものではなく、相対的に変化する性質を持つということを強調しているに過ぎないと考えられます。
科学的に正確に言えば「時間は相対的であり、普遍的な絶対時間は存在しない」といった表現の方が適切だと思います。単に「時間は存在しない」と言ってしまうと、誤解を招く恐れがあります。