スマホが熱くなる時の主な要因としいてはCPUに負荷が掛かっている時、Batteryに充電/放電が同時に行われている時（Cableを接続しながら使用するなど）が考えられます。なぜ、「CPUに負荷が掛かる」＝「熱くなる」のでしょうか。CPUは、多くの部品（金属含む）で構成されており、 計算をするために電流が流れると熱（配線に電気抵抗があるので）が発生します。 このため、スマホが熱くなる要因の一つになります。
そもそも車でNaviの代わりに利用する際には、直射日光の影響とか、充電/放電を繰り返すCable接続しながら利用等も熱くなる要因かもしれません。
材質とかに依存するかもしれませんが、スマホケースを利用して熱がこもり熱くなる要因になり、劣化を進めることも考えられます。
この要因を考慮し利用することがスマホの故障、Battery劣化を少しでも和らげる事になると思う。