R では、世界中のユーザーや研究者が提供したパッケージを、追加でインストールして、利用することができます。パッケージには複数の関数が含まれており、それらを使用して、データの解析ができます。

解析結果として出力されたオブジェクトが、どのようなデータを含んでいるか確認したい場合があります。その時、 str() 関数を用いると、オブジェクトの中身の構造を見ることができます。

str() 関数でオブジェクトの構造を表示

例えば、シングルセル RNA-seq (scRNA-seq) という、細胞単位で遺伝子の発現を解析する手法があります。そこでよく用いられるプログラムに 「Seurat」 があります。 Seurat で解析された結果は、1つのオブジェクト (seurat object) にまとめて出力されます。

このオブジェクトは、複数の配列や、座標のデータを1個にまとめたものです。それぞれのデータは、「スロット」と呼ばれる入れ物に保持されています。 str関数を使えば、その中身を見ることが可能です。

str(pbmc)

使用方法は、上記のように、確認したいオブジェクト（ここでは pbmc） を str() 関数の引数に指定するだけです。下記のように、オブジェクトの構造が表示されます。

@assays や @meta.data などのスロットに分かれており、スロットの中に counts や data などの数値が入っていることを確認できます。