メチャクチャ苦しんだのがあっさり解決したので記します。

マクロを一つのファイル(今回はmacro.ks)に纏めている場合、
make.ksに

[call storage="macro.ks"]
;マクロを再読み込みしなおして上書きする

こんな処理を追加するだけで済みます。
単純にロード時にマクロを再読み込みして、セーブデータ内部に記録されてるマクロもその参照位置もリセットしてやれば上手く動くぜ！！！！ってことです。

理屈について参考にしたメモはこちら！！！！！！！ありがとうございます！！！！！！！！！
セーブデータロード後のマクロ参照位置はセーブ時点のものになる

こんな簡単に解決するんだ……