「窓は熱が逃げる場所」でも説明しましたが、窓は断熱材と比較すると断熱性能が低いため、住宅の断熱性能に大きく影響します。
できるだけ断熱性能の高い窓を使用できればいいのですが、断熱性能の高い窓は価格も高いため予算を考慮する必要があります。

窓の断熱性能は熱貫流率（U値）で判断します。
U値が小さいほど断熱性能が高くなります。
一般的にはU値1～6W/㎡Kの窓が使用されていますが、最近はU値1を切る窓もあるようです。
ちなみにU値6の窓はU値1の窓の6倍熱を通しやすいことになります。
通常U値は窓のカタログに書かれていますので、そこで確認できます。

窓は仕様によって断熱性能を大まかに分けることができます。
まず窓にはガラスの枚数により以下の種類があります。
単板
複層
三層
ガラスの枚数が増えるほど断熱性能は高くなります。

これにガラス表面に金属膜を貼ったLow-Eガラスというものがあります。
Low-Eガラスは遮熱タイプと断熱タイプがあります。遮熱タイプは冷房時の省エネに、断熱タイプは暖房時の省エネに効果があります。
Low-Eガラスは若干色がついているので、暗くなったり、日射が入りづらくなったりするものがあります。

また、複層、三層の窓の場合はガラスとガラスの間にガスを入れているものがあり、これも通常の窓よりも断熱性能が高くなります。

窓はガラスの性能だけでなく、窓枠の断熱性能も重要です。
従来はアルミの枠が多く断熱性能が低かったのですが、最近は木製や樹脂製などの断熱性能が高い窓枠もあります。