freeeでは口座振替をする際に、A口座とB口座の両方に振替登録していまうと、重複仕訳になってしまいます。そこで、片方の口座の取引を「無視する」という方法を推奨しています。
しかし、この「無視」というのが厄介で、手間もかるし、ミスや口座残高のズレの原因になります。今回は「通過勘定」を使って、もっとシンプルに口座振替を行う方法をご紹介します。

資金移動の基本操作

まずは、freeeの基本操作としてこちらをご覧ください。
freeeヘルプセンター【資金移動を登録する（口座振替）】

特に見ていただきたいのが、下記の項目です。

＜引用＞－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
参考：登録銀行口座間の資金移動で振替先の入金明細を「無視」する
１つの口座振替を登録すると、「振替元から振替先に○円の移動があった」として、２つの口座に対して残高の増加・減少が反映されます。
従って、銀行口座間の資金移動について振替元の出金明細と、振替先の入金明細の両方を口座振替として登録すると、二重に記帳されます。これを防ぐため、明細が双方存在する場合、片方の明細を無視します。
手数料が発生した場合、通常は振替元の出金明細にのみ手数料の履歴が残ります。このため、手数料分の確認が容易にできるよう、「振替元の出金明細」ではなく「振替先の入金明細」を無視することがおすすめです。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－＜引用＞

図解の方がわかりやすいです

ただし、私はこのやり方は推奨していません。
無視はダメ、絶対。笑

「口座振替」口座をつくる

まず初めに「口座振替勘定」という口座を作成してください。
※名前はなんでもいいです。

この口座は「通過勘定」といって、最終的には決算書等に載らない勘定科目です。“諸口”と同じようなものと思って下さい。

１.ヘッダーより「口座」→「口座を登録」

２.資産の口座（小口現金・仮払金など）を登録

３.科目名を入力して登録

これで準備OKです。

自動ルールの設定

まずは図解で確認
もう一度、この図をご覧下さい。

A銀行からB銀行へ50,000円（手数料150円）送金。
A銀行の方で取引を計上して、B銀行の取引は「無視」でしたね。
ここで無視をすることで、手間がかかりミスも起こりやすい。
というのがネックでした。

ここに「口座振替勘定」を通過させると下図のようになります。

自動ルール化
あとはA銀行・B銀行それぞれの振替先口座を「口座振替勘定」に設定して自動ルール化すれば、今後は「無視」する必要もなくなり、口座残高のズレが発生する可能性も少なくなります。

応用編

交通系ICカード
交通系ICカードやnanacoなどを同期している場合も、その口座とチャージ元の口座（クレジットや現金など）で２重取引が発生するため、「無視」する必要があります。
コチラも銀行口座振替同様、「口座振替勘定」や「チャージ口座」などを作れば完全自動化が可能です！！

総合振込（出金）・口座振替（入金）

総合振込を消し込む際に未決済を選択していきますが、数が多いとかなり大変で、間違いを発見したら全部やり直し。。。
これも通過勘定で解決します。
こちらの詳細は、別途掲載したいと思います！