独断と偏見による池袋ポケカ取り扱いショップまとめが、結構好評いただいているので、暇に任せて新宿のお店もまとめてみます。正直言うとあえてまとめるほどの数でもないですが…。
各店舗の評価は人それぞれだと思いますが、独断と偏見で書いてるのでご了承下さい。また、↑の画像に縦長のものが使えないため、地図を90°倒しています。こちらもご了承ください。

アメニティドリーム新宿店

■営業時間
　12:00～21:00
■デュエルスペース
　48席

個人的にチェーンのトレカショップの中では、アメドリの接客が一番悪いと思っているのですが、新宿店はその中でも更に良くないほうだなと思っています。サプライ・パックの販売があり、品薄パックについてはプレミア価格をつけていることもあり。
シングル価格は、全体的に高めの新宿の中でも高い方。買い取りが安く、売値が高いという感じ。ストレージには極稀に掘り出し物が眠っていることも。
お店が駅から遠く、フラっと寄りにくいのがネック。

近くにあるトラットリア クアルトのランチの「豚肩ロースのグリル」がめちゃめちゃオススメなので、こっち目的で行って欲しい。付近の讃岐うどん大使 東京麺通団もとても良い

イエローサブマリン 新宿ゲームショップ

■営業時間
　月～土：12：00～21：00
　日　祝：11：00～20：00
■デュエルスペース
　なし

スタンだけでなく、旧裏や殿堂レギュのカードなども置いてあるお店。シングルのみでなく、パックやスリーブなどのサプライの取扱もあり。
シングル価格は微妙なラインではあるがアメドリよりは安い印象。ポケカ勢は3階のポケカがあるフロアと、2階のボドゲとかダイスがあるフロアだけで良さそう。
個人的には時間があれば覗いてみてもいいお店だとは思う。

フルコンプ新宿店

■営業時間
　平　日：12:00～21:00
　土日祝 ：11:00～21:00
■デュエルスペース
　あり（16席？くらい）

シングル取扱のみでなく、パックやスリーブなどのサプライの販売もあり。ほかフルコンプと比べて、全体的にシングル価格が高い。アメドリとイエサブの間くらいか。
正月とかのイベント時にやるセールは、まぁ安めかなぁといった感じ。
オープンしましたツイートを見たから入ったのに「まだ空いてないんですけど？」って言われたの、忘れてない。

番外編1：BOOKOFF 新宿駅西口店

■営業時間
　10:00～23:00
■デュエルスペース
　なし

トレカショップではないですが、新宿まとめるなら書かない訳にはいかないお店。
一応パックの取り扱いもあるが、基本はシングルと中古サプライがほとんど。以前は良いカードでも安く売られていたが、昨年のブーム以降くらいから急激に学習し、相場くらいの値段をつけるお店になってしまった…。
とは言え、基本的には新宿ではシングル一番安いかな。
ストレージが大量にあるので、ひたすら掘ってるだけでも数時間はかかる感じ。同じカードが色々な値段つけた状態で、ストレージに入れられてたりする。
数百枚くらいを１本にまとめて500円で売ってるときもあって、暇潰石に買うと面白かったりする。殆どは紙束なのはご愛嬌。

番外編2：TCG BAR Oasis

■営業時間
　17:00～翌5:00
■デュエルスペース
　あり（8席?くらい）

TCG BARなのでちょっと毛色が違いますが、シングルもパックも取り扱いがあるのでご紹介。ジムバトルも開催されてます。
テーブルが広くないのでお酒を横に置きながらプレイするのが少し怖い。お酒を飲みながらTCGできる貴重なお店です。

というわけで、新宿編はこんな感じ。自分の主観でいえば、正直ブックオフ以外のTCGショップは見なくてもいいかなと思います。全体的に接客が良くない。

わざわざ新宿回る位なら、店舗数の多い池袋か秋葉原をおすすめします。