多次元配列をData型に変換して、UserDefaultやコアデータに保存できるようにします。

let array = [[1,3,6],[2,2,8]]
let data = NSKeyedArchiver.archivedData(withRootObject: array)
let array2:[[Int]] = NSKeyedUnarchiver.unarchiveObject(with: data) as! [[Int]]
print(array2)    // [[1, 3, 6], [2, 2, 8]]

arrayはInt型でなくても、UIColor等もいけます。