(i) PDBデータベースからEGFRの全てのPDB IDを取得し、
(ii) X線結晶構造解析による構造で、最も質の良い4つのタンパク質―リガンド複合体構造を取得して保存します。

EGFRをクエリタンパク質として使います。EGFRのUniProt IDはP00533で、以降のPDBデータベース検索でこのIDを使います。

このノードはRCSBのPDB advanced query webserviceへのアクセスを提供します。
インターフェースはhttps://www.rcsb.org/search/advanced のウェブUIに近いものになっています。

クエリはネストしたフィールドとサブグループ（それ自体が任意の深さのフィールド/サブグループを含むことができます）で構成されます。
各フィールドのアイテムは、示された論理演算子を使って結合されます。
フィールドは、フィールドの左側にある「X」ボタンをクリックすることで削除でき、関連するグループの下部にある「フィールドの追加」ボタンをクリックすることで追加できます。
サブグループを追加するには、親グループパネルの下部にある「Add SubGroup」ボタンをクリックし、削除するにはサブグループの下部にある「Remove Group」ボタンをクリックします。
一番上の「親」グループは削除できませんが、空にすることは可能です。
個々のフィールドは、フィールドの右端にある「Clear」ボタンをクリックしてリセットできます。
サブグループパネルの下部にある「クリア」ボタンをクリックすると、そのパネルからすべてのフィールドとサブグループが削除されます。
クエリをテストするには、フィールドの右端またはグループパネルの下部にある「カウント」ボタンを押します。
いずれの場合も、ボタンのテキストは、クエリの関連部分（フィールド、サブグループ、またはクエリ全体）のカウント数に置き換えられます。
このボタンは、該当するクエリが何らかの方法で変更されるまで、繰り返しカウントできないようになっています。
多くの入力ボックスでは、テキスト入力を開始すると、可能なオプションのドロップダウンが表示されます。
 
Text、Structure、Sequenceの各クエリの関係は常に「AND」です。

We have re-inserted a few convenience queries which are no longer present in the web interface to the node:
 
Recently Released Structures
Recently Updated Structures
Has Ligand

本ノードはVernalis Research社（英国ケンブリッジ）により開発されました。
フィードバックや詳細については、knime@vernalis.com までご連絡ください。

2013年6月にKNIME Community Contributionとして正式リリースされて以来、Vernalis KNIMEノードは1ノード（「PDB Connector」ノード）から約126ノード（2017年11月；バージョン1.12.0）に増え、さらに、多くのノードがKNIMEのコア製品に採用されています。
このレビューでは、現在の公開リリースの開発の簡単な年表と、現在のノードの概要を説明します。ウェブサービスを介して一般に公開されている情報にアクセスするノード、ケムインフォマティクスツールキットに依存せずにケムインフォマティクス機能を提供するノード、そしてKNIMEに存在するケムインフォマティクスツールキットの一つを使用するノードという3つの特定の領域に、より詳細に焦点を当てます。
最後に、Vernalis社におけるKNIMEの使用を実証するいくつかのケーススタディを紹介します。