【状況】時刻をmsで扱いたいが，当日の0時からの経過時間にしたい，という（たぶん）ニッチな仕様．
【対処】いろいろ方法はあるけど，現在時刻から今日の0時を引く計算がシンプルに見えたのでメモ．

import datetime

# 現在の時刻を取得
now = datetime.datetime.now()

# 現在時刻を午前0時0分0秒に差し替えて，経過ミリ秒を計算する（microsecondがあるので1000倍してmsに）
millisecond_from_midnight = int((now - now.replace(hour=0, minute=0, second=0, microsecond=0)).total_seconds() * 1000)

なお，整数化しているのは，小数が出るため．
計算結果を見る感じよさそうなのでよし♪