感染症を勉強していると、レジオネラ菌や肺炎球菌、インフル桿菌などは大葉性肺炎、マイコプラズマや黄色ブドウ球菌は気管支肺炎を呈すると学びます。この違いは何でしょうか。

これは、細菌・ウイルスの進み方の違いで、大葉性肺炎（肺胞性肺炎）は肺胞同士の孔（kohn孔）を行き来して感染を広げていきます。
一方。マイコプラズマなどは気管支を通じて肺内に拡散していきます。
この違いが大葉性肺炎と気管支肺炎の違いです。

当然CTやX線でも違いが見られます。下記サイトで詳しく解説されているので興味のある方はアクセスしてみてください。