Sigilと同じように、出来ればウェブに上げている小説と同じルビを維持して、PDFに出来るモノは無いのだろうか？
　と彷徨った結果、見つけたアプリはこれです。

https://gidget.cocolog-nifty.com/tateshiki1966/

　「縦式ー縦書き入力」は、スマホ（iPhone・Android）、Macに対応した、縦書き入力アプリです。
　縦書きに特化してますが、一応横書きにも対応しています。
　ただ、操作の感覚がスマホのタッチパネルに近いので、Macで使っているとところどころムショーにイラつく場合ありｗ

　この縦式、エディタで作成したテキストに、青空文庫と同じ形式のルビ記号を振ると、ルビとして認識してくれます。
　そして、縦書き横書きどちらの状態でも、PDFに書き出し可能。
　ただし、このアプリ単体では本文の作成しか出来ません。

　ePub版の本には、表紙が付いてます。
　同じ金額を払って貰うには、PDF版も体裁はほぼ同じにしなければなりません。
　困ったナ…と思っていたら、ふと、思いついた。

　そうだ！　Macにはプレビューがあるじゃないかっ！　

　プレビューは、PDFに対応しているMacに最初から付いているアプリです。
　ただ見るだけでなく、ちょこっとですが編集も可能。
　縦式で本文のPDF書類が仕上がったところで、プレビューでそのデータを開き、表紙画像を合体。
　PDF版の販売用書籍が完成です！

◎結論◎

　ePubはSigilを、PDFは縦式とプレビューを使えば、ルビのある文章もかなり簡単に電子書籍化出来ます☆
　ただし、この方法はDRM（digital rights management：デジタル著作権管理）のコトはまるっと無視しております。
　正直、個人でDRMに配慮した書籍を作る事は、基本的に不可能っぽいので、もしその辺りを気にされる場合は、Amazonなどの大手で電子出版を考える方が良いかと思います。
　ヒジョーに過疎ってる、売れないモノカキが、金を掛けずに電子書籍を作成するのにお役に立てばと思います。