人工島を舞台にした、すべての元凶たる悪魔との戦いの最中、シュウの前で槍に貫かれたキサラ。アヤノとシャロンに助けられ、なすすべもなくその場から退避するシュウが見たのは、探し求めていた妹・カンナの姿だった。その後、ベイロンシティの総力を結集した人類の必死の抵抗も虚しく、S級悪魔と認定されたカンナによる大規模災害は次々とその被害範囲を拡大。傷つき倒れ、意識どころか生体反応も完全に失ったキサラを、もはや打つ手もなく、ただただ見つめ続けるシュウ。そんな彼の心に応えるかのように、キサラはそっと目を覚ます。

まっさらな状態に戻ったシュウとキサラの関係。キサラの思いを感じ取ったシュウは、今度は自分が彼女を守ると決意する。ベイロンシティに迫るＳ級悪魔・カンナの大攻勢。空港が爆破炎上するほどの甚大な被害を隠し切れるわけもなく、諸外国にもベイロンシティの危機が伝わり始め、このままでは独立自治が維持できるか怪しい。そんな激戦の最中、なぜか重要人物でもないアヤノを執拗に付け狙うカンナ。全力で抵抗を続けるアヤノだったが、Ｓ級悪魔の猛攻をしのぎきれるわけもなく、ついに限界を迎えてしまう。しかし、その瞬間……。

人と悪魔が入り乱れ、さまざまな思惑が交錯する爆炎に包まれた戦場で、12年間の空白を埋めるかのように激しくぶつかり合うシュウとカンナ。世界の命運をかけた兄妹喧嘩に、なんとかして割り込もうとするアヤノ、シャロン、そしてキサラ。強大な悪魔を止められるのは、悪魔の力だけ。ふたたび手を取り合うシュウとキサラ。ふたりの積み重ねてきた想いは、激しい怒りにとらわれたカンナに届くのか。戦いの果てに、人と悪魔の未来は、どこへ向かうのか。