・イラレ：『アートボード』を仕上り寸法に設定、pdf互換ファイルを作成チェック付きの.ai形式
・インデザ：『ページサイズ』を仕上り寸法に設定
・PDF：『仕上りサイズ（TrimBox）』が仕上り寸法・トンボ付き
・出力見本：トンボ付き

※弊社は出版系メインの印刷会社です
※イラレ大きめアートボードならページの天地左右センターをアートボードの天地左右センターに配置
※同一アートボード上に複数のページ・パーツを配置するのは避けたい
※PDFからトンボ付き出力見本をプリントしてもらうため、トンボ付きが望ましい
※出力見本にトンボがないと検版精度が落ちる要素に

11/9 追記
以下、PDFの書き出し設定。
汎用性の高さを重視したものなので、業務・ワークフロー・各社のハウスルールによっては内容がそぐわない場合もあるので注意。

イラレ
「『アートボード』を仕上り寸法に」から「『仕上りサイズ（TrimBox）』が仕上り寸法・トンボ付き」PDFを保存する際の設定
圧縮
　各種　ダウンサンプルしない／ZIP
トンボと裁ち落とし
　onトンボ
　off レジストレーションマーク
　off カラーバー
　off ページ情報

インデザ
「『ページサイズ』を仕上り寸法に」から「『仕上りサイズ（TrimBox）』が仕上り寸法・トンボ付き」PDFを書き出す際の設定
圧縮
　各種　ダウンサンプルしない／ZIP
トンボと裁ち落とし
　on内トンボ
　on外トンボ
　onセンタートンボ
　off カラーバー
　off ページ情報
※もし印刷可能領域の拡張を行う場合は天地左右全て均等の値で行う。

上記の設定でPDFを書き出せば、MediaBox／CropBox／TrimBox／BleedBox のセンターにページイメージが納まる。
面付け時のPDF配置基準はそのワークフローごとに異なるため、各種ボックスの天地左右センターを外さないPDFを作成することで、より汎用性の高いものとすることが出来る。

PDFの書き出しプリセットを主要頒布元や印刷会社から導入するのは便利だが、内容を把握しておくと大変役に立つ。できることなら一度は自分で設定しておきたい。

以下おまけ

AiからAdobe PDFを保存の『トンボと裁ち落とし』（日本式）について（詳細）
トンボ：天地左右　各9.525mm伸長
レジストレーションマーク：天地左右　各9.525mm伸長
カラーバー：地と左右　各14.993mm伸長
ページ情報：天のみ　14.111mm伸長
※カラーバー／ページ情報はMediaBox／CropBoxを歪ませる（均等に伸長しない）ので、使用を推奨しない。
※レジストレーションマーク／カラーバーは、レジストレーションカラーがPDFの転載・転用・流用時にプリフライトのエラー対象に成りうる可能性を考慮し使用を推奨しない。
※裁ち落とし幅の変更による擬似的な「印刷可能領域の拡張」は、BleedBoxの値をいじることになり、またトンボの形状に影響するので使用を推奨しない。

InddからAdobe PDFを書き出しの『トンボと裁ち落とし』（日本式）について（詳細）

内トンボ：天地左右　各10mm伸長
外トンボ：天地左右　各7mm伸長
センタートンボ：天地左右　各10mm伸長
カラーバー：天のみ　7.646mm伸長
ページ情報：地のみ　8.942mm伸長
※トンボoffの上でカラーバー／ページ情報onはMediaBox／CropBoxを歪ませる（均等に伸長しない）ので、使用を推奨しない。
※カラーバーは、レジストレーションカラーがPDFの転載・転用・流用時にプリフライトのエラー対象になる可能性を考慮し、使用を推奨しない。

※2018.3.24.　一部表現を変更しました。

※2019.3.27.
上記内容のPDF書き出しプリセットをこちらに置いておきました。
※2019.7.10.
イラレの保存形式を追加。