クラブ活動は特別活動の中に位置づけられていますが、実は時間数に規定はありません。ただし、やらなくていいということではありません。

クラブ活動の授業時間数について、「小学校学習指導要領解説　特別活動編」では以下のように記載しています。

適切な授業時数を充てるものとされているので、月に１回程度クラブ活動を行う学校が多いのではないでしょうか。そして、６時間目にクラブ活動を充てることになっているため、放課後の時間が減ってしまいます。

月１回のクラブ活動の時間をどこでとってもいいのならば休み時間を活用したらどうでしょうか。

例えば、ある週の水曜日を清掃と昼休みを無くして次のようにします。

＜４年生以上＞　給食　→　５時間目　→　帰りの会　→　クラブ活動
＜３年生以下＞　給食　→　５時間目　→　帰りの会　→　下校

クラブ活動の時間は清掃の時間と昼休みを組み合わせれば１単位時間程度はとれるのではないでしょうか。
これならば５校時で下校の場合とそれほど変わりません。
クラブ活動の指導者にしても、３年生以下の教員は下校させてから合流すればいいと思います。
委員会活動も同様にすればいかがでしょうか。

４５分授業を４０分授業にすることについては反対ですが、あいまいな定義がされているクラブ活動や委員会活動についてはうまく運用すればよいと思います。