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微生物叢

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微生物叢（びせいぶつそう）とは、植物を含むすべての多細胞生物に存在する、常在性、相互作用性、または病原性を持つ微生物の範囲のことである。微生物叢には細菌、古細菌、原生生物、真菌、ウイルスなどが含まれ[2][3]、宿主の免疫学的、ホルモン学的、代謝的恒常性維持に極めて重要であることがわかっている。

特徴的なマイクロバイオータの多様な微生物群集は、植物マイクロバイオームの一部であり、宿主植物の外部表面および内部組織、ならびに周囲の土壌に存在する[1]。
マイクロバイオームという用語は、生態学的ニッチに存在する微生物の集合ゲノム、または微生物そのものを表す[4][5][6]。

マイクロバイオームと宿主は、進化の過程でエピジェネティクスと遺伝的特徴から相乗的なユニットとして出現し、ホロビオントと総称されることもある[7][8]。ヒトや他の後生動物の腸内にマイクロバイオータが存在することは、後生動物と細菌の共進化を理解する上で重要である[9][10]。マイクロバイオータは、発酵産物（短鎖脂肪酸）である酢酸を介して、腸管免疫と代謝反応において重要な役割を果たしている[11]。

はじめに
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ヒトの皮膚に存在する優勢な細菌種
単純な生命体からヒトに至るまで、すべての動植物は微生物と密接な関わりを持ちながら生きている[12]：

メタゲノミクスやメタトランスクリプトミクス[13]と呼ばれる、単一細胞や微生物群集全体のゲノム解析や遺伝子発現解析が可能になったこと。
複数の分野の研究者が利用できるデータベース[13]。
複雑なデータセットに適した数学的解析手法[13]。
生物学者は、微生物が生物の表現型の重要な一部を構成していることを理解するようになった。

微生物と宿主の関係の種類
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19世紀にベルギーのルーヴァン大学教授であったピエール＝ジョセフ・ヴァン・ベネデン（1809-1894）によって提唱された概念である「共生」は、マイクロバイオームの中心的存在であり[14]、微生物が宿主をコロニー化し、無害な共存関係を築いている。宿主との関係は、微生物が宿主にとって有用であることが知られている作業を行う場合は相互主義的と呼ばれ[15]、宿主に不利益をもたらす場合は寄生的と呼ばれる[16]。他の著者は、双方が利益を得る場合を相互扶助的、影響を受けない宿主が共生生物に利益をもたらす場合を共生的と定義している[17]。栄養交換は双方向または単方向である場合があり、文脈に依存する場合があり、多様な方法で行われる場合がある[17]。存在することが予想され、通常の状況下では疾病を引き起こさない微生物叢は、正常細菌叢または正常微生物叢とみなされる[15]。

獲得と変化
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哺乳類から海綿動物まで、動物における微生物叢の最初の獲得は出生時であり、生殖細胞系列を通じて起こることさえある。植物では、コロニー形成プロセスは、発芽した種子の周囲である根圏、精圏、または地上部である葉圏、花圏、またはアントスフィアで地面の下で開始することができる[19]。何世代にもわたる根圏微生物叢の安定性は、植物の種類に依存するが、土壌組成、すなわち生きている環境と生きていない環境に依存する。

宿主別の微生物叢
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肺の炎症を引き起こす病原性微生物叢
ヒト
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主な記事 ヒトの微生物叢
ヒトの微生物叢には細菌、真菌、古細菌、ウイルスが含まれる。人体に生息する微小動物は除外されている。ヒトマイクロバイオームとは、それらのゲノムを総称したものである[15]。

ヒトは多くの微生物にコロニー形成されている。従来の推定では、ヒトはヒト細胞の10倍もの非ヒト細胞と共生していたが、最近の推定では、これを3：1、さらには約1：1にまで引き下げている[22][23][24][25]。

実際、これらは非常に小さく、人体には約100兆個の微生物叢が存在する[26]。

ヒトマイクロバイオームプロジェクトは、ヒトの微生物叢のゲノムを解読し、特に皮膚、口、鼻、消化管、膣に通常生息する微生物叢に焦点を当てている[15]。

ヒト以外の動物
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両生類は皮膚に微生物叢を持っている[28]。いくつかの種はバトラコキトリウム・デンドロバティディスという真菌を媒介することができ、他の種では微生物叢によって致命的な感染症であるツボカビ症を引き起こすことがある。
生まれたばかりの有袋類は、組織学的に未熟な免疫組織で生まれ、自ら特異的な免疫防御を行うことができない。そのため母親の免疫システム [30] と母乳 [31] に大きく依存している。ほとんどの有袋類には袋があり、繁殖期（発情期、出産・発情期、発情後）において微生物叢が変化する[32]。いくつかの袋や皮膚分泌物には抗菌ペプチドが同定されており、おそらくこの脆弱な時期に幼獣をサポートすると考えられている。
哺乳類では、牛などの草食動物は、セルロースをタンパク質、短鎖脂肪酸、およびガスに変換するために、ルーメン微生物叢に依存している。培養法では、存在する全ての微生物に関する情報を得ることはできない。比較メタゲノム研究により、同じ飼料を与え、一緒に飼育し、植物細胞壁資源の利用において機能的に明らかに同一であるにもかかわらず、個々の牛は著しく異なる群集構造、予測される表現型、代謝能を有するという驚くべき結果が得られた[33]。
マウスは、マイクロバイオームに関して最も研究されている哺乳類となっている。腸内細菌叢は、アレルギー性気道疾患、肥満、胃腸疾患、糖尿病との関連で研究されてきた。低用量抗生物質による周産期の微生物叢シフトは、将来のアレルギー性気道疾患に対する感受性に長期的な影響を及ぼす可能性がある。微生物の特定のサブセットの頻度は、疾患の重症度と関連している。gnotobioticマウスでは、特定の腸内細菌がレシピエントである無菌マウスに特定の表現型を伝達し、大腸制御性T細胞の蓄積を促進すること、およびマウスの脂肪率と糞便代謝産物濃度を調節する菌株が発見された。 [このコンビナトリアル・アプローチにより、ヒト生物学に対する微生物の寄与をシステムレベルで理解することが可能になる。
昆虫にも独自のマイクロバイオームが存在する。例えば、葉刈りアリは巨大な地下コロニーを形成し、毎年何百キロもの葉を収穫するが、葉に含まれるセルロースを直接消化することはできない。彼らはコロニーの主要な食料源として菌園を維持している。菌類自体はセルロースを消化しないが、多様なバクテリアを含む微生物群がセルロースを消化している。微生物群のゲノムを解析したところ、セルロース消化に関与する遺伝子が多数見つかった。この微生物群の予測される炭水化物分解酵素プロフィールは、ウシのルーメンと類似しているが、種の構成はほとんど全く異なっている[39]。 [40]。ガのSpodoptera exiguaがバキュロウイルスに感染すると、免疫関連遺伝子がダウンレギュレートされ、腸内細菌叢の量が増加する[41]。双翅目の腸では、腸内分泌細胞が腸内細菌叢由来の代謝産物を感知し、宿主の腸内自然免疫応答の抗菌、機械的、代謝的な分枝を常在細菌叢に調整する[42]。
魚類は、短命種のNothobranchius furzeri（トルコメダカ）など、独自のマイクロバイオームを持っている。若いメダカの腸内細菌叢を中年メダカに移植すると、中年メダカの寿命が著しく延びる[43]。
植物
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ジャガイモ塊茎の細菌によるコロニー形成経路[44]。
こちらも参照： 植物マイクロバイオーム
植物マイクロバイオームは最近、種子から発生することが発見された[45]。種子を介して伝達された微生物は、特定のコミュニティが葉に、他のコミュニティが根に移動する特定のルートで、発育中の苗に移動する[45]。右の図では、根圏にコロニーを作り、根に入り、ストロンを介して次世代の塊茎にコロニーを作る微生物群が赤色で可視化されている。母塊茎に存在し、ストロンを通過して植物体内および次世代の塊茎に移行する細菌は青色で示されている[44]。

土壌はジャガイモ塊茎に定着する細菌の主な貯蔵庫である。
細菌は、ジャガイモの品種とは多かれ少なかれ無関係に土壌から採用される。
細菌は主に植物の内部から茎葉を経由して塊茎に定着する可能性がある。
ジャガイモ塊茎の細菌微生物叢は、塊茎の世代から次の世代へと伝達される細菌と、土壌から採用された細菌から構成され、根を介してジャガイモ植物に定着する[44]。

共生シアノバクテリアを宿主とする層を示すソテツの根の断面の光学顕微鏡写真。
植物は様々な栄養素を供給するため、微生物にとって魅力的な宿主である。植物に寄生する微生物は、着生植物（植物に寄生する）または内生植物（植物組織内に寄生する）である[46][47]。菌類と真菌類は、収斂進化により、類似した形態を発達させ、類似した生態的ニッチを占めるようになった。菌類は、宿主細胞を貫通する糸状の構造体である菌糸を発達させる。相互依存的な状況では、植物はしばしば六炭糖と共生菌からの無機リン酸を交換する。植物成長促進細菌（PGPB）は、窒素固定、リンなどのミネラルの可溶化、植物ホルモンの合成、ミネラルの取り込みの直接促進、病原体からの保護など、植物に不可欠なサービスを提供する。 [49][50]。PGPBは、生態学的ニッチや基質をめぐって病原体と競合したり、阻害性の対立化学物質を生産したり、病原体に対する宿主植物の全身抵抗性を誘導したりすることによって、病原体から植物を保護することがある[19]。

研究
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宿主とその微生物叢との共生関係は、哺乳類の免疫系をどのように形成している可能性があるのか、実験室での研究が進められている[51][52]。多くの動物において、免疫系と微生物叢は化学的シグナルを交換することで「クロストーク」を行い、微生物叢が免疫反応性や標的性に影響を与える可能性がある[53]。 [54]。乳児のマイクロバイオームが確立されると、常在細菌が腸内に速やかに生息し、様々な免疫反応を促し、免疫系を「プログラミング」して長期的な効果をもたらす[53]。細菌は腸粘膜に関連するリンパ組織を刺激することができ、この組織が腸内に侵入する病原体に対する抗体を産生することを可能にする[53]。

ヒトのマイクロバイオームは、宿主細胞が危険を認識し損傷を修復するために使用するパターン認識受容体の一種である、腸内のtoll様受容体の活性化に関与している可能性がある。病原体はこの共存に影響を及ぼし、病気や炎症のメカニズム、免疫寛容、自己免疫疾患に対する感受性を含む免疫調節不全を引き起こす可能性がある[55][56]。

微生物叢の共進化
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主な記事 進化のホロゲノム理論

白化した枝サンゴ（手前）と正常な枝サンゴ（奥）。グレートバリアリーフのケッペル諸島。
生物は生態系の中で進化し、ある生物の変化が他の生物の変化に影響を与える。ホロゲノム進化論は、自然淘汰の対象は個々の生物ではなく、微生物群落を含む関連生物とともにある生物であると提唱している。

サンゴ礁 ホロゲノム理論は、サンゴ礁の研究に端を発している[57]。サンゴ礁は、生物が作り出した最大の構造物であり、豊富で非常に複雑な微生物群集を含んでいる。過去数十年の間に、サンゴの個体数が大きく減少している。気候変動、水質汚染、乱獲の 3 つのストレス要因が、病気にかかりやすくしていると言われています。サンゴの病気は 20 種類以上報告されていますが、その中で原因物質が分離され、特徴が明らかにされ ているのはほんの一握りです。サンゴの白化は、これらの病気の中で最も深刻なものです。地中海では、1994 年にオキュリナ・パタゴニカの白化現象が初めて報告され、まもなくビブリオ・シロイの感染によるものだと判明しました。1994年から2002年まで、O. patagonicaの細菌性白化は地中海東部で毎年夏に発生していた。しかし驚くべきことに、2003年以降、地中海東部のO. patagonicaはV. shiloi感染に抵抗性を示すようになった。サンゴは長生きで、寿命は数十年[58]であり、適応免疫系を持っていない[要出典]。サンゴの自然免疫系は抗体を産生しないため、進化の時間スケールを超えない限り、新たな課題に対応することはできないはずである[要出典]。

サンゴがどのようにして特定の病原体に対する耐性を獲得したのかという謎は、サンゴと共生微生物群集の間に動的な関係が存在するという 2007 年の提案につながった。ホロビオントは、その組成を変化させることで、遺伝子の突然変異や淘汰だけよりもはるかに迅速に環境条件の変化に適応できると考えられている。この仮説を高等植物や動物を含む他の生物に外挿することで、進化のホロゲノム理論が提唱された[57]。

主な批判は、V. shiloiがサンゴの白化の原因物質として誤認され、白化したO. patagonicaにおけるV. shiloiの存在は単に日和見的なコロニー形成によるものであるという主張である[60]。この理論は、従来の自然淘汰のメカニズムでは説明できない適応の急激な変化を説明する方法として、大きな人気を博している。ホロビオント説では、ホロビオントが自然選択の主要な単位となっただけでなく、細胞レベル（共生、内共生）やゲノムレベルでも観察される他の段階の統合の結果ともなっている[7]。

研究方法
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ターゲットアンプリコンシーケンス
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ターゲットアンプリコンシーケンスは、研究対象となる群集の構成についてある程度の予想ができることに依存している。ターゲットアンプリコンシーケンスでは、系統学的に有益なマーカーをシーケンス対象とします。このようなマーカーは、理想的には予想されるすべての生物に存在するはずです。また、プライマーが広範な生物の遺伝子をターゲットにできるほど十分に保存されている一方で、分類学レベルでより細かい解像度を可能にするほど十分に速く進化するような方法で進化する必要がある。ヒトマイクロバイオーム研究における一般的なマーカーは、細菌の16S rRNA遺伝子（すなわち「16S rDNA」、リボソームRNA分子をコードするDNA配列）である[61]。16S rRNA遺伝子には、ゆっくりと進化する領域と、ハイパーバリアブル領域（HVR）としても知られる9つの高速進化する領域が存在する[62]。前者は広範なプライマーの設計に使用でき、後者はより細かい分類学的区別を可能にする。しかし、16S rDNAを用いても、通常、種レベルの分離は不可能である。プライマーの選択は重要なステップであり、プライマーが標的とできないものは増幅されず、したがって検出されない。異なる標的領域が分類学的分類に影響を及ぼすことが示されているため、どのHVRを増幅するかは、関心のある分類群に応じて適切に選択しなければならない[63]。

真核生物やウイルスの群集を対象とした研究は限られており[64]、増幅から宿主DNAを除外することや、ヒトマイクロバイオームにおける真核生物やウイルスのバイオマスの減少が課題となっている[65]。

アンプリコンの塩基配列を決定した後、分子系統学的手法を用いて微生物群集の構成を推測する。これは、アンプリコンを操作分類学的単位（OTU）にクラスタリングするクラスタリング手法や、アンプリコン配列バリアント（ASV）を同定するノイズ除去手法によって行うことができる。

その後、配列間の系統関係が推測される。データが複雑であるため、通常UniFrac距離のような距離尺度がマイクロバイオームサンプル間で定義され、下流の多変量解析手法が距離行列に対して実行される。重要な点は、データの規模が広範囲に及ぶことであり、利用可能な情報からパターンを特定するためにはさらなるアプローチが必要である。データ解析に使用されるツールには、VAMPS[66]、QIIME[67]、mothur[68]、ノイズ除去のためのDADA2[69]またはUNOISE3[70]などがある。

メタゲノム配列決定
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主な記事 メタゲノミクス
メタゲノミクスは微生物群集の研究にも広く使用されている[71][72][73]。メタゲノムシーケンスでは、群集の全メンバーの全遺伝子から偏りのないサンプルを取得することを目的に、非標的の方法で環境サンプルからDNAを直接回収する。最近の研究では、ショットガンサンガーシーケンスまたはパイロシーケンスを使用してリードの配列を回収しています[74]。配列の系統学的同一性を決定するには、BLASTなどの方法を用いて、利用可能な全ゲノム配列と比較する。このアプローチの欠点の1つは、微生物コミュニティの多くのメンバーが代表的なシーケンスゲノムを持たないことですが、これは16S rRNAアンプリコンシーケンスにも当てはまり、基本的な問題です[61]。ショットガンシーケンスでは、未知のゲノムを高カバレッジ（50～100倍）し、事実上de novoゲノムアセンブリを行うことで解決できます。未知の生物の完全なゲノムが利用可能になると、すぐに系統学的に比較することができ、新しい分類群を作成することで、その生物を生命樹の所定の位置に配置することができる。新たなアプローチとして、ショットガンシーケンスと近接ライゲーションデータ（Hi-C）を組み合わせて、培養せずに完全な微生物ゲノムを組み立てる方法がある[75]。

メタゲノミクスは参照配列の利用可能性によって制限されるという事実にもかかわらず、ターゲットアンプリコンシーケンスに対するメタゲノミクスの重要な利点の1つは、メタゲノミクスデータによって群集DNAの機能的可能性を解明できることである[76][77]。ターゲット遺伝子調査では、異なる生物の同じ遺伝子間の系統的関係しか明らかにできないため、このようなことはできない。機能解析は、回収された配列をKEGGのようなメタゲノム注釈のデータベースと比較することによって行われる。その後、MG-RAST[78]、CAMERA[79]、IMG/M[80]などのツールを用いて、これらの遺伝子が関与する代謝経路を予測することができる。

RNAおよびタンパク質ベースのアプローチ
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メタトランスクリプトミクス研究は、抽出されたRNAのパイロシーケンスなどの手法により、微生物群集の遺伝子発現を研究するために実施されている[81]。構造ベースの研究では、微生物叢からリボザイムなどのノンコーディングRNA（ncRNA）も同定されている[82]。

プロジェクト
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2008年に開始されたヒトマイクロバイオームプロジェクトは、健康なヒトと病気のヒトの両方に見られる微生物を同定し、その特徴を明らかにするための米国国立衛生研究所のイニシアチブであった[84]。5年間のプロジェクトは、1億1500万ドルの予算を伴うフィージビリティスタディとして最もよく特徴付けられ、ヒトマイクロバイオームの変化がヒトの健康や病気とどのように関連しているかを検証した[84]。

地球マイクロバイオーム計画（EMP）は、自然のサンプルを収集し、世界中の微生物群集を分析する取り組みである。微生物は非常に豊富で多様性に富み、生態系において重要な役割を担っている。しかし、2010年の時点で、地球規模の環境DNA塩基配列決定作業によって得られたDNAは、1リットルの海水や1グラムの土壌に含まれるDNA全体の1パーセントにも満たないと推定されており[85]、微生物間の具体的な相互作用はほとんど解明されていない。EMPは、さまざまなバイオームで20万ものサンプルを処理し、地球上の微生物の完全なデータベースを作成することで、微生物の組成や相互作用によって環境や生態系を特徴付けることを目指している。これらのデータを用いて、新たな生態学的・進化学的理論を提唱し、検証することができる[86]。

腸内細菌叢と2型糖尿病
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腸内細菌叢は、難消化性多糖類の分解（レジスタントスターチ、オリゴ糖、イヌリンの発酵）、腸の完全性の強化または腸上皮の形成、エネルギーの採取、病原体からの保護、宿主免疫の調節などの役割を果たすため、宿主の健康にとって非常に重要である[87][88]。

いくつかの研究により、糖尿病患者の腸内細菌組成は、ラクトバチルス・ガセリ、ストレプトコッカス・ミュータンス、クロストリジウム属が増加し、ローズベリア・インテスティナリスやフェーカリバクテリウム・プラウスニッツィーなどの酪酸産生菌が減少することで変化することが示された[89][90]。この変化は、抗生物質の乱用、食事、年齢など多くの要因によるものである。

酪酸産生の減少は腸管透過性の欠陥と関連しており、グラム陰性細菌細胞壁からのリポ多糖の循環レベルの上昇である内毒素血症につながる可能性がある。内毒素血症は、インスリン抵抗性の発症と関連していることが判明している[89]。

さらに、酪酸産生はセロトニンレベルに影響を及ぼすことが知られており[89]、セロトニンレベルの上昇は、糖尿病発症の危険因子として知られる肥満にも寄与している。

腸内細菌叢の発達と抗生物質
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ヒトの腸内細菌叢のコロニー形成は出生前にすでに始まっている可能性がある[91]。腸内細菌叢の発達に影響を及ぼす環境中の因子は複数あり、出生様式は最も影響力のある因子のひとつである[92]。

特に小児において腸内細菌叢に大きな変化を引き起こすことが観察されているもう1つの要因は、抗生物質の使用であり、BMIの上昇[93][94]などの健康上の問題と関連し、さらに肥満などの代謝性疾患に対するリスクが増加する[95]。 乳幼児では、アモキシシリンとマクロライドが、ビフィズス菌、腸内細菌、クロストリジウムという細菌群の変化によって特徴づけられる腸内細菌叢の著しい変化を引き起こすことが観察されている。 [96] 成人における抗生物質の単回投与は、細菌と真菌の両方の微生物叢に変化を引き起こし、真菌群にはさらに持続的な変化がみられる。 [98][99]Seelbinderらは、腸内常在細菌がその代謝産物、特にプロピオン酸、酢酸、5-ドデセン酸によってカンジダ・アルビカンスの増殖と病原性を制御していることを発見した [97] 。カンジダは以前からIBDと関連しており [100] 、さらに重度のIBD患者に投与される生物学的製剤インフリキシマブの非応答者で増加していることが観察されている。 [101] プロピオン酸および酢酸は、いずれも腸内細菌叢の健康に有益であることが観察されている短鎖脂肪酸（SCFA）である[102][103][104]。抗生物質が腸内細菌の増殖に影響を及ぼすと、特定の真菌が過剰に増殖する可能性があり、これらの真菌は制御されないと病原性を示す可能性がある[97]。

プライバシーの問題
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人体に生息する微生物のDNAは、その人を一意に特定することができる。微生物DNAのデータを匿名で提供した場合、その人のプライバシーが侵害される可能性がある。病状や身元が明らかになる可能性がある[105][106][107]。

以下も参照のこと。
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アナゲネシス
バイオーム
ヒトビローム
細菌性膣炎の微生物叢のリスト
海洋微生物叢
女性下部生殖管の微生物叢
ファイトバイオーム
プロバイオティック
精神生物
皮膚細菌叢
膣内細菌叢
妊娠中の膣内細菌叢
参考文献
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Dastogeer, K.M., Tumpa, F.H., Sultana, A., Akter, M.A. and Chakraborty, A. (2020) "Plant microbiome-an account of the factors that shape community composition and diversity". doi:10.1016/j.cpb.2020.100161. クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0国際 ライセンスの下で利用可能です。
De Sordi, Luisa; Lourenço, Marta; Debarbieux, Laurent (2019). "The battle within: interactions of bacteriophages and bacteria in the gastrointestinal tract". Cell Host & Microbe. 25 (2): 210–218. doi:10.1016/j.chom.2019.01.018. PMID 30763535. S2CID 73455329.
Peterson, J; Garges, S; et al. "NIHヒトマイクロバイオームプロジェクト". ゲノム研究。NIH HMPワーキンググループ。19 (12): 2317–2323. doi:10.1101/gr.096651.109. PMC 2792171. PMID 19819907.
Backhed, F.; Ley, R. E.; Sonnenburg, J. L.; Peterson, D. A.; Gordon, J. I. (2005). 「ヒト腸内における宿主と細菌の相互作用". Science. 307 (5717): 1915-1920. Bibcode:2005Sci...307.1915B. doi:10.1126/science.1104816. PMID 15790844. S2CID 6332272.
Turnbaugh, P. J.; Ley, R. E.; Hamady, M.; Fraser-Liggett, C. M.; Knight, R.; Gordon, J. I. (2007). 「ヒトマイクロバイオームプロジェクト"。Nature. 449 (7164): 804-810. Bibcode:2007Natur.449..804T. doi:10.1038/nature06244. PMC 3709439. PMID 17943116.
Ley, R. E.; Peterson, D. A.; Gordon, J. I. (2006). "ヒト腸内の微生物多様性を形成する生態学的および進化的な力". Cell. 124 (4): 837–848. doi:10.1016/j.cell.2006.02.017. PMID 16497592. S2CID 17203181.
Salvucci, E. (2016). 「Microbiome, holobiont and the net of life". Critical Reviews in Microbiology. 42 (3): 485-494. doi:10.3109/1040841X.2014.962478. hdl:11336/33456. PMID 25430522. S2CID 30677140.
Guerrero, R.; Margulis, Lynn; Berlanga, M. (2013). "共生発生： 進化の単位としてのホロビオント". 国際微生物学。16 (3): 133–143. doi:10.2436/20.1501.01.188. PMID 24568029.
ダベンポート、エミリーRら. "進化におけるヒトマイクロバイオーム". BMC Biology. 15,1 127巻。27 Dec. 2017, doi:10.1186/s12915-017-0454-7
"ヒト腸内細菌叢の進化". Andrew H. Moeller, Yingying Li, Eitel Mpoudi Ngole, Steve Ahuka-Mundeke, Elizabeth V. Lonsdorf, Anne E. Pusey, Martine Peeters, Beatrice H. Hahn, Howard Ochman. 米国科学アカデミー紀要。Nov 2014, 111 (46) 16431-16435; doi:10.1073/pnas.1419136111
Jugder, Bat-Erdene; Kamareddine, Layla; Watnick, Paula I. (2021). 「微生物叢由来の酢酸は、Tip60ヒストンアセチルトランスフェラーゼ複合体を介して腸管自然免疫を活性化する。Immunity. 54 (8): 1683–1697.e3. doi:10.1016/j.immuni.2021.05.017. issn 1074-7613. PMC 8363570. PMID 34107298.
Mendes, R.; Raaijmakers, J.M. (2015). "Cross-kingdom similarities in microbiome functions". The ISME Journal. 9 (9): 1905–1907. doi:10.1038/ismej.2015.7. PMC 4542044. PMID 25647346.
Bosch, T. C. G.; McFall-Ngai, M. J. (2011). 「新しいフロンティアとしてのメタオーガニズム". Zoology. 114 (4): 185–190. doi:10.1016/j.zool.2011.04.001. PMC 3992624. PMID 21737250.
Poreau B., Biologie et Complexité : histoire et modèles du commensalisme. PhD Dissertation, University of Lyon, France, 2014.
Sherwood, Linda; Willey, Joanne; Woolverton, Christopher (2013). Prescott's Microbiology (9th ed.). New York： 713-721 頁。ISBN 9780073402406. OCLC 886600661.
Quigley, E. M. (Sep 2013). 「健康と病気の腸内細菌"。Gastroenterol Hepatol（N Y）. 9 (9): 560-569. PMC 3983973。PMID 24729765。
Remy W, Taylor TN, Hass H, Kerp H (1994). 「4億年前の小胞子性アーバスキュラー菌根". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (25): 11841-11843. Bibcode:1994PNAS...9111841R. doi:10.1073/pnas.91.25.11841. PMC 45331. PMID 11607500.
Copeland, CS (Sep-Oct 2017). "The World Within Us". Healthcare Journal of New Orleans.
Compant S, Duffy B, Nowak J, Clément C, Barka EA (2005). 「Plant Growth-Promoting Bacteria for Biocontrol of Plant Diseases： 原理、作用機序、将来の展望". Appl Environ Microbiol. 71 (9): 4951-4959. Bibcode:2005ApEnM..71.4951C. doi:10.1128/AEM.71.9.4951-4959.2005. PMC 1214602. PMID 16151072.
Tkacz, Andrzej; Cheema, Jitender; Chandra, Govind; Grant, Alastair; Poole, Philip S. (Nov 2015). "Stability and succession of the rhizosphere microbiota depends upon plant type and soil composition". ISME J. 9 (11): 2349-2359. doi:10.1038/ismej.2015.41. PMC 4611498. PMID 25909975.
コープランド、CS（2019年4月19日）。"Clostridium difficileとは何ですか？". Vitalacy.
米国微生物学会のFAQ： ヒトマイクロバイオーム Archived 2016-12-31 at the Wayback Machine 2014年1月
Judah L. Rosner for Microbe Magazine, Feb 2014. ヒトの体細胞の10倍の微生物細胞？
アリソン・アボット（Nature News 2016年1月8日 科学者たちが、私たちの体にはヒトの細胞よりも多くの細菌がいるという神話を打ち破った
Sender, R; Fuchs, S; Milo, R (Jan 2016). "我々は本当に圧倒的に数が少ないのか？Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans". Cell. 164 (3): 337–340. doi:10.1016/j.cell.2016.01.013. PMID 26824647. S2CID 1790146.
"On and in You". Micropia, www.micropia.nl/en/discover/stories/on-and-in-you/#:~:text=They're on you%2C in,re known as human microbiota.
"NIHヒトマイクロバイオームプロジェクトは、身体の正常な細菌構成を定義する". NIH News. 13 June 2012.
Bataille, A; Lee-Cruz, L; Tripathi, B; Kim, H; Waldman, B (Jan 2016). "Microbiome Variation Across Amphibian Skin Regions： Implications for Chytridiomycosis Mitigation Efforts". Microb. Ecol. 71 (1): 221–232. doi:10.1007/s00248-015-0653-0. PMID 26271741. S2CID 12951957.
Woodhams DC, Rollins-Smith LA, Alford RA, Simon MA, Harris RN (2007). 「両生類の皮膚の自然免疫防御：抗菌ペプチドなど」。Animal Conservation. 10 (4): 425-428. doi:10.1111/j.1469-1795.2007.00150.x. S2CID 84293044.
Old JM, Deane EM (2000). "有袋類の袋若における免疫系の発達と免疫学的防御". Developmental and Comparative Immunology. 24 (5): 445–454. doi:10.1016/S0145-305X(00)00008-2. PMID 10785270.
Stannard HJ, Miller RD, Old JM (2020). 「Marsupial and monotreme milk - a review of its nutrients and immune properties". PeerJ. 8: e9335. doi:10.7717/peerj.9335. PMC 7319036. PMID 32612884.
Old JM, Deane EM (1998). "タマワラビー（Macropus eugenii）の袋から分離された好気性細菌に対する発情期と袋の子の存在の影響". Comparative Immunology Microbiology and Infectious Diseases. 21 (4): 237–245. doi:10.1016/s0147-9571(98)00022-8. PMID 9775355.
Brulc JM; Antonopoulos DA; Miller MEB; et al. 「繊維付着ウシルーメンマイクロバイオームの遺伝子中心メタゲノム解析により、飼料特異的なグリコシドヒドロラーゼが明らかになった」。Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106 (6): 1948-1953. Bibcode:2009PNAS..106.1948B. doi:10.1073/pnas.0806191105. PMC 2633212. PMID 19181843.
Russell SL, Gold MJ; et al. "微生物叢における早期の抗生物質駆動性の変化は、アレルギー性喘息への感受性を高める". EMBO Rep： 440–447. doi:10.1038/embor.2012.32. PMC 3343350. PMID 22422004.
Russell SL, Gold MJ, et al. "Perinatal antibiotic-induced shifts in gut microbiota have differential effects on inflammatory lung diseases". J Allergy Clin Immunol. 135 (1): 100–109. doi:10.1016/j.jaci.2014.06.027. PMID 25145536.
Turnbaugh PJ, et al. "エネルギー収穫のための増加した肥満関連腸内細菌". Nature. 444 (7122): 1027-1031. Bibcode:2006Natur.444.1027T. doi:10.1038/nature05414. PMID 17183312. S2CID 4400297.
Faith JJ, Ahern PP, Ridaura VK, et al. "Identifying gut microbe-host phenotype relationships using combinatorial communities in gnotobiotic mice". Sci. Transl. Med. 6 (220): 220. doi:10.1126/scitranslmed.3008051. PMC 3973144. PMID 24452263.
Barfod, KK; Roggenbuck, M; Hansen, LH; Schjørring, S; Larsen, ST; Sørensen, SJ; Krogfelt, KA (2013). "腸内および膣内細菌群集との関係におけるマウス肺マイクロバイオーム". BMC Microbiol. doi:10.1186/1471-2180-13-303. PMC 3878784. PMID 24373613.
Suen; Scott JJ; Aylward FO; et al. Sonnenburg, Justin (ed.). "高い植物バイオマス分解能力を持つ昆虫草食動物マイクロバイオーム". PLOS Genet. 6 (9): e1001129. doi:10.1371/journal.pgen.1001129. PMC 2944797. PMID 20885794.
Broderick, Nichole A.; Buchon, Nicolas; Lemaitre, Bruno (2014). "Microbiota-Induced Changes in Drosophila melanogaster Host Gene Expression and Gut Morphology". mBio. 5 (3): e01117-14. doi:10.1128/mBio.01117-14. PMC 4045073. PMID 24865556.
Jakubowska, Agata K.; Vogel, Heiko; Herrero, Salvador (May 2013). "バキュロウイルス感染幼虫における免疫抑制後の腸内細菌叢の増加". PLOS Pathog. 9 (5): e1003379. doi:10.1371/journal.ppat.1003379. PMC 3662647. PMID 23717206.
Watnick, Paula I.; Jugder, Bat-Erdene (2020-02-01). "腸内分泌細胞自然免疫シグナルを介した腸内恒常性の微生物制御". Trends in Microbiology. 28 (2): 141–149. doi:10.1016/j.tim.2019.09.005. ISSN 0966-842X. PMC 6980660. PMID 31699645.
Tibbs TN, Lopez LR, Arthur JC (2019). "The influence of the microbiota on immune development, chronic inflammation, and cancer in the context of aging". Microbial Cell. 6 (8): 324–334. doi:10.15698/mic2019.08.685. PMC 6685047. PMID 31403049.
Buchholz, F., Antonielli, L., Kostić, T., Sessitsch, A. and Mitter, B. (2019) "The bacterial community in potato is recruited from soil and partly inherited across generations". PLOS One, 14(11): e0223691. doi:10.1371/journal.pone.0223691. 素材は、クリエイティブ・コモンズ 表示 4.0 国際 ライセンスの下で利用可能なこのソースからコピーされました。
Abdelfattah, Ahmed; Wisniewski, Michael; Schena, Leonardo; Tack, Ayco J. M. (2021). "植物における微生物遺伝の実験的証拠と種子から植物体、根への伝播経路". 環境微生物学。23 (4): 2199–2214. doi:10.1111/1462-2920.15392. ...isn...1462-2920. PMID 33427409. S2CID 231576517.
Berlec, Aleš (2012-09-01). "植物微生物叢の研究における新しい技術と知見： 植物プロバイオティクスの探索". 植物科学。193-194: 96-102. doi:10.1016/j.plantsci.2012.05.010. PMID 22794922.
Whipps, J.m.; Hand, P.; Pink, D.; Bending, G.d. (2008-12-01). "多様性と植物遺伝子型に特化したフィロスフェア微生物学" (PDF). 応用微生物学雑誌。105 (6): 1744-1755. doi:10.1111/j.1365-2672.2008.03906.x. ISSN 1365-2672. PMID 19120625. S2CID 35055151.
Chibucos MC, Tyler BM (2009). "遺伝子オントロジーで記述された植物共生微生物による栄養獲得における共通テーマ". BMC Microbiology. 9(Suppl 1) (Suppl 1)： S6. doi:10.1186/1471-2180-9-S1-S6. PMC 2654666. PMID 19278554.
Kloepper, J. W (1993). 「生物的防除剤としての植物成長促進根粒菌」。In Metting, F. B. Jr (ed.). In Metting, F. B. Jr (ed.). Soil microbial ecology: Applications in agricultural and environmental management. New York： 255-274 頁。ISBN 978-0-8247-8737-0.
Bloemberg, G. V.; Lugtenberg, B. J. J. (2001). 「根粒菌による植物成長促進と生物防除の分子基盤". Current Opinion in Plant Biology. 4 (4): 343–350. doi:10.1016/S1369-5266(00)00183-7. PMID 11418345.
Palm, Noah W.; de Zoete, Marcel R.; Flavell, Richard A. (30 June 2015). "Immune-microbiota interactions in health and disease". Clinical Immunology. 159 (2): 122–127. doi:10.1016/j.clim.2015.05.014. ISSN 1521-6616. PMC 4943041. PMID 26141651.
Round, June L.; O'Connell, Ryan M.; Mazmanian, Sarkis K. (2010). "常在細菌叢による寛容原性免疫応答の調整". 自己免疫ジャーナル。34 (3): J220–J225. doi:10.1016/j.jaut.2009.11.007. PMC 3155383. PMID 19963349.
Cahenzli, Julia; Balmer, Maria L.; McCoy, Kathy D. (2012). "微生物-免疫クロストークと免疫系の制御". Immunology. 138 (1): 12-22. doi:10.1111/j.1365-2567.2012.03624.x. PMC 3533697. PMID 22804726.
Rosenberg, Eugene; Zilber-Rosenberg, Ilana (2016). "Microbes drive evolution of animals and plants: the hologenome concept". 7 (2): e01395-15. doi:10.1128/mbio.01395-15. PMC 4817260. PMID 27034283.
Blander, J Magarian; Longman, Randy S; Iliev, Iliyan D; Sonnenberg, Gregory F; Artis, David (19 July 2017). "Regulation of inflammation by microbiota interactions with the host". Nature Immunology. 18 (8): 851-860. doi:10.1038/ni.3780. issn 1529-2908. PMC 5800875. PMID 28722709.
Nikoopour, E; Singh, B (2014). "Reciprocity in microbiome and immune system interactions and its implications in disease and health". Inflamm Allergy Drug Targets. 13 (2): 94–104. doi:10.2174/1871528113666140330201056. PMID 24678760.
Rosenberg E, Koren O, Reshef L, Efrony R, Zilber-Rosenberg I (2007). "サンゴの健康、病気、進化における微生物の役割". Nature Reviews Microbiology. 5 (5): 355–362. doi:10.1038/nrmicro1635. PMID 17384666. S2CID 2967190.
Baird AH, Bhagooli R, Ralph PJ, Takahashi S (2009). 「サンゴの白化：宿主の役割」（PDF）。Trends in Ecology and Evolution. 24 (1): 16–20. doi:10.1016/j.tree.2008.09.005. PMID 19022522.
Leggat W, Ainsworth T, Bythell J, Dove S, Gates R, Hoegh-Guldberg O, Iglesias-Prieto R, Yellowlees D (2007). "ホロゲノム理論はサンゴのホロビオントを無視する". ネイチャーレビュー微生物学。5 (10): オンラインコレスポンデンス. S2CID 9031305.
Ainsworth TD, Fine M, Roff G, Hoegh-Guldberg O (2008). Ainsworth TD, Fine M, Roff G, Hoegh-Guldberg O (2008). "Bacteria are not the primary cause of bleaching in the Mediterranean coral Oculina patagonica". The ISME Journal. 2 (1): 67–73. doi:10.1038/ismej.2007.88. PMID 18059488. S2CID 1032896.
Kuczynski, J.; Lauber, C. L.; Walters, W. A.; Parfrey, L. W.; Clemente, J. C.; Gevers, D.; Knight, R. (2011). "ヒトマイクロバイオーム研究のための実験・分析ツール". Nature Reviews Genetics. 13 (1): 47-58. doi:10.1038/nrg3129. PMC 5119550. PMID 22179717.
Chakravorty, Soumitesh; Helb, Danica; Burday, Michele; Connell, Nancy; Alland, David (May 2007). 「病原性細菌の診断のための16SリボソームRNA遺伝子セグメントの詳細な解析". Journal of Microbiological Methods. 69 (2): 330–339. doi:10.1016/j.mimet.2007.02.005. PMC 2562909. PMID 17391789.
Soriano-Lerma, Ana; Pérez-Carrasco, Virginia; Sánchez-Marañón, Manuel; Ortiz-González, Matilde; Sánchez-Martín, Victoria; Gijón, Juan; Navarro-Mari, José María; García-Salcedo, José Antonio; Soriano, Miguel (December 2020). "土壌と唾液サンプルにおけるマイクロバイオーム研究の結果に対する16S rRNA標的領域の影響". Scientific Reports. 10 (1): 13637. Bibcode:2020NatSR..1013637S. doi:10.1038/s41598-020-70141-8. issn 2045-2322. PMC 7423937. PMID 32788589.
Marchesi, J. R. (2010). 「ヒト腸管の原核生物と真核生物の多様性」。Advances in Applied Microbiology Volume 72. 応用微生物学の進歩。第72巻。43–62. doi:10.1016/S0065-2164(10)72002-5. ISBN 9780123809896. PMID 20602987.
Vestheim, H.; Jarman, S. N. (2008). "混合試料中の希少配列のPCR増幅を促進するブロッキングプライマー - 南極オキアミ胃中の餌生物DNAに関するケーススタディ". Frontiers in Zoology. 5: 12. doi:10.1186/1742-9994-5-12. PMC 2517594. PMID 18638418.
"VAMPS：微生物個体群構造の可視化と解析". Bay Paul Center, MBL, Woods Hole. 2012年3月11日取得。
Caporaso、J. G.; Kuczynski、J.; Stombaugh、J.; Bittinger、K.; Bushman、F. D.; Costello、E. K.; Fierer、N.; Peña、A. G.; Goodrich、J. K.; Gordon、J. I.; Huttley、G. A.; Kelley、S. T.; Knights、D.; Koenig、J. E.; Ley, R. E.; Lozupone, C. A.; McDonald, D.; Muegge, B. D.; Pirrung, M.; Reeder, J.; Sevinsky, J. R.; Turnbaugh, P. J.; Walters, W. A.; Widmann, J.; Yatsunenko, T.; Zaneveld, J.; Knight, R. (2010). 「QIIMEでハイスループットなコミュニティーシーケンスデータの解析が可能になった。Nature Methods. 7 (5): 335–336. doi:10.1038/nmeth.f.303. PMC 3156573. PMID 20383131.
Schloss, P. D.; Westcott, S. L.; Ryabin, T.; Hall, J. R.; Hartmann, M.; Hollister, E. B.; Lesniewski, R. A.; Oakley, B. B.; Parks, D. H.; Robinson, C. J.; Sahl, J. W.; Stres, B.; Thallinger, G. G.; Van Horn, D. J.; Weber, C. F. (2009). "Introducing mothur： 微生物群集の記述と比較のための、オープンソース、プラットフォーム非依存、コミュニティ支援型ソフトウェア". Applied and Environmental Microbiology. 75 (23): 7537-7541. Bibcode:2009ApEnM..75.7537S. doi:10.1128/AEM.01541-09. PMC 2786419. PMID 19801464.
Callahan, Benjamin J.; McMurdie, Paul J.; Rosen, Michael J.; Han, Andrew W.; Johnson, Amy Jo A.; Holmes, Susan P. (July 2016). "DADA2：イルミナアンプリコンデータからの高分解能サンプル推論". Nature Methods. 13 (7): 581–583. doi:10.1038/nmeth.3869. issn 1548-7105. PMC 4927377. PMID 27214047.
Edgar, Robert C. (2016-10-15). "UNOISE2: Improved error-correction for Illumina 16S and ITS amplicon sequencing"： 081257. doi:10.1101/081257. S2CID 784388. {{cite journal}}： Cite journal requires |journal= (help)
Turnbaugh, P. J.; Hamady, M.; Yatsunenko, T.; Cantarel, B. L.; Duncan, A.; Ley, R. E.; Sogin, M. L.; Jones, W. J.; Roe, B. A.; Affourtit, J. P.; Egholm, M.; Henrissat, B.; Heath, A. C.; Knight, R.; Gordon, J. I. (2008). 「肥満と痩身の双子におけるコア腸内細菌叢"。ネイチャー。457 (7228): 480-484. Bibcode:2009Natur.457..480T. doi:10.1038/nature07540. PMC 2677729. PMID 19043404.
Qin、J.; Li、R.; Raes、J.; Arumugam、M.; Burgdorf、K. S.; Manichanh、C.; Nielsen、T.; Pons、N.; Levenez、F.; Yamada、T.; Mende、D. R.; Li、J.; Xu、J.; Li、S.; Li、D.; Cao、J.; Wang、B. Lepage, P.; Bertalan, M.; Batto, J. M.; Hansen, T.; Le Paslier, D.; Linneberg, A.; Nielsen, H. B. R.; Pelletier, E.; Renault, P. (2010). 「メタゲノム配列決定により確立されたヒト腸内細菌遺伝子カタログ". Nature. 464 (7285): 59-65. Bibcode:2010Natur.464...59.. doi:10.1038/nature08821. PMC 3779803. PMID 20203603.
Tringe, S. G.; Von Mering, C.; Kobayashi, A.; Salamov, A. A.; Chen, K.; Chang, H. W.; Podar, M.; Short, J. M.; Mathur, E. J.; Detter, J. C.; Bork, P.; Hugenholtz, P.; Rubin, E. M. (2005). 「微生物群集の比較メタゲノミクス". Science. 308 (5721): 554-557. Bibcode:2005Sci...308..554T. CiteSeerX 10.1.1.377.2288. doi:10.1126/science.1107851. PMID 15845853. S2CID 161283.
Wooley, J. C.; Godzik, A.; Friedberg, I. (2010). Bourne, Philip E. (ed.). 「A Primer on Metagenomics". PLOS Computational Biology. 6 (2): e1000667. Bibcode:2010PLSCB...6E0667W. doi:10.1371/journal.pcbi.1000667. PMC 2829047. PMID 20195499.
Watson, Mick; Roehe, Rainer; Walker, Alan W.; Dewhurst, Richard J.; Snelling, Timothy J.; Ivan Liachko; Langford, Kyle W.; Press, Maximilian O.; Wiser, Andrew H. (2018-02-28). "Assembly of 913 microbial genomes from metagenomic sequencing of the cow rumen". Nature Communications. 9 (1): 870. Bibcode:2018NatCo...9..870S. doi:10.1038/s41467-018-03317-6. ISSN 2041-1723. PMC 5830445. PMID 29491419.
Muller, J.; Szklarczyk, D.; Julien, P.; Letunic, I.; Roth, A.; Kuhn, M.; Powell, S.; Von Mering, C.; Doerks, T.; Jensen, L. J.; Bork, P. (2009). 「EggNOG v2.0： 遺伝子の進化系譜を非教師付きオルソロググループ、生物種、機能アノテーションで拡張". Nucleic Acids Research. 38 (データベース号)： D190–D195. doi:10.1093/nar/gkp951. PMC 2808932. PMID 19900971.
金久正明; 後藤慎一; 古道正明; 田辺正明; 平川正明 (2009). 「KEGGによる疾患と薬剤の分子ネットワークの表現と解析". Nucleic Acids Research. 38 (データベース号)： D355–D360. doi:10.1093/nar/gkp896. PMC 2808910. PMID 19880382.
メタゲノムRASTは、メタボローム解析のために開発された。「メタゲノムRASTサーバー - メタゲノム自動系統・機能解析のための公開リソース」。BMC Bioinformatics. 9: 386. doi:10.1186/1471-2105-9-386. PMC 2563014. PMID 18803844.
このような研究は、生物多様性の保全に貢献するものである。「高度微生物生態学研究と解析のためのコミュニティ・サイバーインフラストラクチャー： CAMERAリソース". Nucleic Acids Research. 39 (データベース号)： D546–D551. doi:10.1093/nar/gkq1102. PMC 3013694. PMID 21045053.
このような研究は、科学技術振興機構（NEDO）の「科学技術振興費補助金」（以下、補助金）により実施されている。「このような研究成果には、メタゲノム解析のためのデータ管理・解析システムであるIMG/M: A data management and analysis system for metagenomesがある。Nucleic Acids Research. 36 (データベース号)： D534–D538. doi:10.1093/nar/gkm869. PMC 2238950. PMID 17932063.
Shi, Y.; Tyson, G. W.; Delong, E. F. (2009). "メタトランスクリプトミクスは、海洋の水柱におけるユニークな微生物小RNAを明らかにする". Nature. 459 (7244): 266-269. Bibcode:2009Natur.459..266S. doi:10.1038/nature08055. PMID 19444216. S2CID 4340144.
Jimenez, R. M.; Delwart, E.; Luptak, A (2011). 「構造ベースの検索は、ヒトマイクロバイオームにおけるハンマーヘッドリボザイムを明らかにする". Journal of Biological Chemistry. 286 (10): 7737–7743. doi:10.1074/jbc.C110.209288. PMC 3048661. PMID 21257745.
Maron, PA; Ranjard, L.; Mougel, C.; Lemanceau, P. (2007). 「メタプロテオミクス： 機能的微生物生態学を研究するための新しいアプローチ". 微生物生態学。53 (3): 486–493. doi:10.1007/s00248-006-9196-8. PMID 17431707. S2CID 26953155.
"NIHヒトマイクロバイオームプロジェクト". US National Institutes of Health, Department of Health and Human Services, US Government. 2016. Archived from the original on 11 June 2016. 2016年6月14日取得。
Gilbert, J. A.; Meyer, F.; Antonopoulos, D.; et al. "Meeting Report： Terabase Metagenomics Workshop and the Vision of an Earth Microbiome Project". ゲノム科学の標準。3 (3): 243–248. doi:10.4056/sigs.1433550. PMC 3035311. PMC 3035311.
Gilbert, J. A.; O'Dor, R.; King, N.; Vogel, T. M. (2011). 「微生物生態学におけるメタゲノム調査の重要性： あるいは、なぜダーウィンはメタゲノム科学者であったろうか？Microbial Informatics and Experimentation. 1 (1): 5. doi:10.1186/2042-5783-1-5. PMC 3348666. PMID 22587826.
Ibrahim, Nesma (2018-07-01). "Gut Microbiota and Type 2 Diabetes Mellitus : What is The Link ?". Afro-Egyptian Journal of Infectious and Endemic Diseases. 6 (2): 112–119. doi:10.21608/aeji.2018.9950. ISSN 2090-7184. S2CID 3900880.
Thursby, Elizabeth; Juge, Nathalie (2017-06-01). "ヒト腸内細菌叢入門". Biochemical Journal. 474 (11): 1823-1836. doi:10.1042/BCJ20160510. ISSN 0264-6021. PMC 5433529. PMID 28512250.
Muñoz-Garach, Araceli; Diaz-Perdigones, Cristina; Tinahones, Francisco J. (December 2016). "Microbiota y diabetes mellitus tipo 2". Endocrinología y Nutrición（スペイン語）。63 (10): 560–568. doi:10.1016/j.endonu.2016.07.008. PMID 27633134.
Blandino, G.; Inturri, R.; Lazzara, F.; Di Rosa, M.; Malaguarnera, L. (2016-11-01). "糖尿病における腸内細菌叢の影響". 糖尿病と代謝。42 (5): 303–315. doi:10.1016/j.diabet.2016.04.004. ISSN 1262-3636. PMID 27179626.
Vandenplas, Y., Carnielli, V. P., Ksiazyk, J., Luna, M. S., Migacheva, N., Mosselmans, J. M., ... & Wabitsch, M. (2020), Factors affecting early-life intestinal microbiota development. 栄養、78、110812。
Korpela K, Helve O, Kolho KL, Saisto T, Skogberg K, Dikareva E, Stefanovic V, Salonen A, Andersson S, de Vos WM. 帝王切開で出生した乳児における母親の糞便微生物叢移植は、正常な腸内細菌発生を速やかに回復させる： 概念実証研究。Cell. 2020 Oct 15;183(2):324-334.e5. doi: 10.1016/j.cell.2020.08.047. Epub 2020 Oct 1. PMID 33007265.
Korpela, K., Salonen, A., Saxen, H., Nikkonen, A., Peltola, V., Jaakkola, T., ... & Kolho, K. L. (2020). 幼児期における抗生物質投与は、前向き縦断的乳児コホートにおける特定の腸内細菌叢シグネチャーと関連する。小児科研究, 1-6
Schei, K., Simpson, M. R., Avershina, E., Rudi, K., Øien, T., Júlíusson, P. B., ... & Ødegård, R. A. (2020). 初期の腸内真菌・細菌微生物叢と小児期の成長。小児科学の最前線, 8, 658
Korpela, K., Salonen, A., Virta, L. J., Kekkonen, R. A., Forslund, K., Bork, P., & De Vos, W. M. (2016). 腸内細菌叢は、フィンランドの就学前児童における抗生物質の生涯使用と関連している。ネイチャー・コミュニケーションズ, 7, 10410
Korpela, K., Salonen, A., Saxen, H., Nikkonen, A., Peltola, V., Jaakkola, T., ... & Kolho, K. L. (2020). 幼児期における抗生物質投与は、前向き縦断的乳児コホートにおける特定の腸内細菌叢シグネチャーと関連する。小児科研究、1-6。
Seelbinder, B., Chen, J., Brunke, S., Vazquez-Uribe, R., Santhaman, R., Meyer, A. C., ... & Panagiotou, G. (2020). 抗生物質がヒトの腸内生物群集に相互主義から競争主義への転換をもたらし、その影響は細菌よりも真菌の方が長く続く。マイクロバイオーム, 8(1), 1-20
Cabral, D. J., Penumutchu, S., Norris, C., Morones-Ramirez, J. R., & Belenky, P. (2018). 大腸菌とカンジダ・アルビカンス間の微生物競合により、可溶性殺菌因子が明らかになった。微生物細胞, 5(5), 249
Peleg, A. Y., Hogan, D. A., & Mylonakis, E. (2010). 医学的に重要な細菌と真菌の相互作用。Nature Reviews Microbiology, 8(5), 340-349
Sokol H, Leducq V, Aschard H, Pham H P, Jegou S, Landman C, Cohen D, Liguori G, Bourrier A, Nion-Larmurier I, Cosnes J, Seksik P, Langella P, Skurnik D, Richard ML, Beaugerie L. Fungal microbiota dysbiosis in IBD. Gut 2017;66:1039-1048. doi: 10.1136/gutjnl-2015-310746
Rebecka Ventin-Holmberg, Anja Eberl, Schahzad Saqib, Katri Korpela, Seppo Virtanen, Taina Sipponen, Anne Salonen, Päivi Saavalainen, Eija Nissilä, Bacterial and Fungal Profiles as Markers of Infliximab Drug Response in Inflammatory Bowel Disease, Journal of Crohn's and Colitis, 2020;, jjaa252, https://doi.org/10.1093/ecco-jcc/jjaa252
El Hage, R., Hernandez-Sanabria, E., Calatayud Arroyo, M., Props, R., & Van de Wiele, T. (2019). Propionate-producing consortium restores antibiotic-induced dysbiosis in a dynamic in vitro model of the human intestinal microbial ecosystem. Frontiers in microbiology, 10, 1206.
Tian, X., Hellman, J., Horswill, A. R., Crosby, H. A., Francis, K. P., & Prakash, A. (2019). 腸内細菌由来のプロピオン酸レベルの上昇は、マウスの無菌肺炎症および細菌免疫の低下と関連している。Frontiers in microbiology, 10, 159.
Li, Y., Faden, H. S., & Zhu, L. (2020). 生後2年間の食事変化に対する腸内細菌叢の反応。Frontiers in pharmacology, 11, 334.
Magazine, Ewen. "Microbial DNA in Human Body Can Be Used to Identify Individuals". Scientific American. Retrieved 2015-05-17.
Callaway, Ewen (2015). "Microbiomes raise privacy concerns". Nature. 521 (7551): 136. Bibcode:2015Natur.521..136C. doi:10.1038/521136a. PMID 25971486. S2CID 4393347.
Yong, Ed (2015-05-11). "Can The Microbes You Leave Behind Be Used to Identify You?". National Geographic. Archived from the original on May 30, 2015. 2015-05-17を取得。

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