がん化学療法剤5-フルオロウラシルは強力なFusobacterium nucleatum阻害剤であり、その活性は腫瘍内微生物叢によって修飾される
Kaitlyn D. LaCourse
Martha Zepeda-Rivera
Andrew G. Kempchinsky
サミュエル・S・マイノット
クリストファー・D・ジョンストン
スーザン・ブルマン 4
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脚注を表示するオープンアクセスDOI:https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.111625
PlumX メトリクス

ハイライト

5-フルオロウラシル（5-FU）は、微生物であるFusobacterium nucleatumの増殖を抑制する。

大腸菌のCRC株は、5-FUを迅速に無毒化する。

細菌によって修飾された5-FUは、もはや癌やF. nucleatumの細胞増殖を抑制しない。

患者由来の生体外CRC微生物群集の50％が5-FU濃度を低下させることができる
概要
Fusobacterium nucleatum（Fn）は、大腸がん（CRC）組織における優勢な細菌種であり、がんの進行および患者の予後不良と関連している。Fn CRC分離株を用いて1,846種の生理活性化合物の低分子阻害剤スクリーニングを行った結果、阻害剤の15%がフルオロピリミジン類を含む抗悪性腫瘍剤であることが判明した。さらに、CRCの第一選択薬である5-フルオロウラシル（5-FU）が、Fn型CRCの強力な阻害剤であることを明らかにした。また、5-FUに耐性を持つ大腸菌を含む腫瘍内細菌叢のメンバーも同定した。さらに、CRC大腸菌は5-FUを修飾し、それ以外の感受性の高いFnおよびヒトCRC上皮細胞に対する5-FUの毒性を緩和することができることを明らかにした。最後に、我々は、生体外のCRC腫瘍微生物が5-FU曝露後に群集崩壊を起こし、5-FUレベルを低下させ、局所的な薬効を減少させる可能性があることを示した。これらの結果は、化学療法に対する患者の反応におけるCRC腫瘍内細菌叢の役割について、さらなる研究が必要であることを示唆している。
図解要約
図サムネイルfx1
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キーワード
腫瘍内細菌叢
フソバクテリウム・ヌクレアタム
大腸がん
化学療法
5-フルオロウラシル
がんマイクロバイオーム
研究テーマ
CP：微生物学
CP：がん
はじめに
大腸がん（CRC）腫瘍細胞は、細菌性微生物叢の特定のメンバーとの密接な関係を含む複雑な微小環境内に存在する。1 世界的に、ゲノム解析により、ヒト大腸がんでは非がん性大腸組織と比較して細菌種Fusobacterium nucleatum（Fn）の濃縮が常に明らかにされている2、3、4、5、6、7、8 過去10年間のいくつかの研究で、Fnが腫瘍形成とがん細胞の成長促進に寄与することが明らかになっている9、10、11、12、13、14。CRC 患者の腫瘍における Fn の高負荷は、化学療法への抵抗性、疾患の再発、転移、および生存率の低下と関連しています。19 特に末期疾患では、化学療法の効果は限られており、この疾患と戦うためのより有効な治療法の臨床的必要性が強調されています。私たちの先行研究では、Fn陽性のヒトCRC異種移植片をマウスで処理すると、抗生物質メトロニダゾールが腫瘍の成長とがん細胞の増殖を著しく減少させることが実証されました18。メトロニダゾールの広域抗菌活性は、腸内細菌叢の有益なメンバーも標的にできるため、この研究の最初の焦点は、1,846種の生物活性化合物の低分子スクリーニングによって、狭いスペクトル活性を持つFn阻害剤を同定することでした。
その結果、驚くべきことに、CRC患者の治療に用いられる主要な化学療法剤である5-フルオロウラシル（5-FU）が、Fn CRC株の増殖を強力に阻害することが確認されました。Fnと日常的に共存する他のCRC関連優勢菌種に対する5-FUの毒性を調べることにより、CRC腫瘍から分離した大腸菌、Bacteroides fragilis、Bifidobacterium breve、Parvimonas micraが生理的関連濃度の5-FUに耐性があることを明らかにした。5-FU存在下でのex vivo CRC微生物叢の解析は、細菌群集メンバーが5-FU毒性に抵抗し、薬物のバイオアベイラビリティを低下させる可能性があり、それによってCRC腫瘍細胞と感受性細菌株の両方を保護することを実証している。これらのデータは、腫瘍内細菌叢と化学療法剤の間の相互作用が、CRC患者に対する個々の治療レジームの設計に役立つ可能性を示唆している。
研究成果
Fn阻害剤の生物活性化合物ライブラリーのスクリーニング
まず、どのクラスの薬剤がFnの増殖を抑制できるかを調べた。パイロットアッセイでは、Broad Instituteの「Bioactive Compound」ライブラリからランダムに選んだ1,846種類の小分子（32μM）について、ヒトCRC分離株Fn subsp. animalis（Fna）SB01018の増殖を阻害する能力を調べた（図1A；表S1）。その結果、ブロス培養におけるFnの増殖を阻害する34種類の化合物が同定された（図1BおよびS1A）。これらのうち約半数（56%）は既知の抗菌性化合物である。興味深いことに、阻害剤の15%はチミジル酸合成酵素、エストロゲン受容体、トポイソメラーゼIIのいずれかに作用する抗悪性腫瘍剤に分類されている（図1C）。これらのうち、CRC化学療法の主力薬であるテガフールおよびその活性代謝物である5-FUが同定された。
図サムネイルgr1
図1A生物活性ライブラリーのスクリーニングにより、Fn成長阻害剤としていくつかの抗悪性腫瘍剤が同定された
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これらの最初の発見を検証し、さらに発展させるために、0.23～30μMの8点用量反応曲線を用いて、24種類の化学療法剤の存在下でFnの成長をモニターしました。その結果、5-FUとそのプロドラッグであるテガフールがFnの成長を強力に阻害することがわかった（図1D、S1C、S1D、表S2）。5-FUのもう一つのプロドラッグであるカペシタビンは、この条件下ではin vitroでのFnの増殖に影響を与えないことが分かった。5-FUプロドラッグによるin vitroでのFn増殖阻害の違いは、プロドラッグの活性化に必要な酵素経路に起因するものと思われる。例えば、テガフールは、原核生物および真核生物に偏在する酵素ファミリーであるチトクロームp450の存在下で5-ヒドロキシテガフール、さらに5-FUに変換される20。しかし、プロドラッグであるカペシタビンの5-FUへの変換はより複雑で、ほ乳類の肝臓にある複数の真核酵素に依存している21 (Figure S1E)。臨床環境では、転移性CRC患者は、フォリン酸で安定化した5-FUとイリノテカンの活性代謝物であるオキサリプラチンまたはSN-38の併用（それぞれFOLFOXまたはFOLFIRI）22で治療されています。我々は、これらの化合物がin vitroでのFn増殖に大きな影響を与えないことを発見しました（図1D）。これらの初期データは、CRCに対する標準的な化学療法が、腫瘍部位でのFnの成長を同時に阻害し得ることを示唆している。
5-FUはFnのCRC臨床分離株の強力な阻害剤である
Fnは、CRCに関連する最も優勢な細菌種の1つです。2,3 しかし、CRCの治療に用いられる主要な化学療法剤である5-FUに対するCRC Fn臨床分離株の感受性は、これまで検討されていませんでした。そこで、CRC腫瘍組織（n=11）、口腔内（n=2）、炎症性過敏性腸疾患組織（n=1）から分離したFn14株について、5-FUの半量阻害濃度（IC50）を評価した。IC50値は、5-FUの48時間培養後に作成した8点用量反応曲線から決定した。この時間枠は、臨床環境における5-FUの典型的な2日間の連続注入を反映するように選択したものである。IC50値が患者の血清中の5-FU濃度（2.5-10μM）23,24,25より低い場合を感受性、この範囲より高い場合を耐性と定義した。これらの解析により、5-FUはIC50値が0.14から4.3μMの範囲で、試験した大部分のFn株に対して強力な阻害剤であることが判明した（図2AおよびS2A-S2J）。Fnのゲノム変異は大きく、現在、各株はsubsp. nucleatum（Fnn）、 animalis（Fna）、 polymorphum（Fnp）、vincentii/fusiforme（Fnv）の4亜種のいずれかに割り当てることができる。26、27 Fnaは疫学研究でCRCで最も多く発見されている亜種であり28、29 したがって、より高い頻度でFnaからサンプリング（10/14分離株を検査）した。その結果、5-FUは4つの亜種を代表するCRC Fn分離株の増殖を強力に阻害することが確認され、5-FU感受性がFn種の中核的特徴であることが示唆された（図2B）。これらの知見は、Fnの増殖が生理的に適切なレベルの5-FU曝露によって阻害されることを示唆している。
図 サムネイル gr2
図2Fn分離株は生理的濃度の5-FUに感受性を示す
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CRC分離大腸菌は5-FUを修飾し、FnおよびCRC上皮細胞に対する毒性を消失させる。
化学療法後の研究では、Fnが遠隔地のCRC転移巣に残存していることが分かっており18、原発性CRC組織におけるFnの高負荷は、疾患の再発リスクの増加と正の相関があります14,16。さらに、局所進行直腸がん患者において、フルオロピリミジンベースのネオアジュバント化学療法後のFn陽性は、再発のリスクを有意に増加させる16。このことは、患者のサブセットにおいて、Fnは5-FU毒性があっても化学療法に耐えうることを示唆しており、これらの株を保有する患者のFn生存率は疾患の進行に影響すると仮定している。CRC腫瘍に共存する細菌種は、5-FUの隔離や修飾を通じてFnを5-FUから保護し、コロニー化したマイクロフィッシュ内の近傍細胞に対する薬物毒性を低下させる可能性があると仮定した。
5-FUは、汎抗代謝物質として作用し、ヒトと細菌の間で高度に保存されている酵素であるチミジル酸合成酵素の活性を阻害するウラシル類似物質である30。5-FUがCRC組織からよく分離される細菌種に対して幅広い抗菌作用を示すかどうかを調べるために、CRC腫瘍から分離したB. fragilis（SB210），E. coli（SB209），B. breve（SB213），P. micra（SB214） の13点用量反応曲線で5-FU感受性を測定した。31 試験したすべての菌種は、生理的に適切な濃度の 5-FU （2.5-10 μM）に対して耐性を示した（図 3A ）。したがって、これらの菌株は 5-FU を無毒化する機構を保有している可能性があると考えた。これらの4菌株の存在下で48時間にわたり細胞外の5-FU濃度を液体クロマトグラフィー質量分析法（LC-MS）でモニターしたところ、CRC大腸菌SB209株の存在下で24時間以内に細胞外培地から5-FUが特に枯渇することが確認された（図3B）。5-FUの局所的な枯渇は、近傍の感受性細菌種に対する毒性を緩和する可能性がある。細菌を介した5-FU枯渇がFnの生存率に影響を及ぼすかどうかを調べるため、大腸菌またはB. fragilis株にあらかじめ暴露した4μMの5-FU（この株のIC50の約8倍）を含む調整培地でFna SB010を培養した。大腸菌改変型5-FUのみがFna SB010の増殖を抑制した。培地から5-FUを枯渇させないB. fragilisは、5-FUの毒性を消失させることができなかった（図3C）。さらに、CRC患者の組織の55%に大腸菌が存在することから、コリバクチン陽性（pks+）菌株を評価したところ、同様にFna SB010の増殖の抑制が確認された（図3C）。これらの細菌上清に新鮮な5-FUを添加すると、Fna SB010が阻害されたことから、5-FUに対するFn保護は、上清に存在する未知の保護成分によるものではなく、大腸菌細胞によって直接媒介されていることが示唆された（図3C）。さらに、5-FU曝露のT0で大腸菌SB209とFna SB010を一緒に接種すると、Fna SB010を5-FU毒性から保護する（48時間後に74％の生存率；p＝0.0002）（図S3A）。LC-MSは、Fna SB010、大腸菌SB209、およびB. fragilis SB210の多種類共培養物において、5-FUが8〜24時間以内に消失することを確認した（図S3B）。大腸菌が5-FUとどのように相互作用するかをさらに理解するために、0、5、40μMの5-FUに8時間暴露した大腸菌SB209についてRNA配列決定（RNA-seq）を実施した。5-FU存在下では、ジヒドロウラシル（preTとpreA）およびプソイドウリジン（psuGとpsuK）へのウラシル代謝に関わる遺伝子が有意に増加し、ウラシルからdTTP合成に関わる遺伝子がダウンレギュレートした（図S3CおよびS3D；表S3）。大腸菌のpreTAオペロンは、ヒトのジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼと相同性を持ち、5-FUをジヒドロフルオロウラシルに無毒化することが実証されている34。
図 サムネイル gr3
図3 大腸菌は5-FUを無毒化し、FnおよびヒトCRC細胞に対する薬物毒性を低下させる。
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これらの結果から、大腸菌による5-FUの修飾が、CRC細胞に対する化学療法の効果を変える可能性があるのではないかと考えられました。そこで、5-FU感受性（IC50：5 μM）35のヒトCRC上皮細胞株（RKO）を大腸菌に曝露した5-FU（5 μM）で培養し、72時間にわたって細胞増殖を観察したところ、驚くべきことに、大腸菌（CRC株 SB209およびpks+株）に事前に5-FUを曝露すると、ヒトCRC上皮細胞に対する5-FU毒性が完全に無効化されることが分かりました（図3D）。これらの結果から、細菌を介した5-FUの枯渇は、近隣の細菌細胞およびヒトCRC腫瘍上皮細胞に対する薬効を低下させることが示唆された。
CRC患者由来の生体外腫瘍微生物叢と5-FUの相互作用
微生物叢の特定のメンバーが5-FUを解毒できるという我々の発見に基づき、我々は次に、5-FU曝露が5-FU耐性菌種の拡大を促進することによってCRC微生物叢のコミュニティー構造に影響を与えるかどうかを調べようとした。生体外CRC群集を形成するために、治療を受けていないCRC組織（n = 6患者）を細菌ブロス中で手作業で均質化し、均質になるまで16G針で通過させた。300×gで穏やかに遠心分離してヒト細胞および残渣をペレット化し、組織関連微生物叢を懸濁液中に残した。残りの細菌細胞は、ブロスのみ、または高用量の5-FU（30μM）の存在下で、嫌気条件下で48時間培養した。これらの患者腫瘍のアリコートにおける細菌の存在は、RNAscope蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）により解離前に調べられた（図4BおよびS4A〜S4F）。メタゲノム解析の結果、確かに5-FUへの曝露は、コミュニティメンバーの相対的な存在量を変化させ、5-FU耐性細菌種の拡大を可能にすることが明らかになった（患者CRC_01、CRC_04、およびCRC_06）。
図 サムネイルgr4
図4患者由来の生体外CRC微生物叢は5-FUを枯渇させ、化学療法による毒性を軽減することができる
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しかし、いくつかの患者のコミュニティ構造は比較的安定しているように見え、5-FU毒性に対するこれらの集団の回復力を示唆している（患者CRC_02、CRC_03、CRC_05）（図4C；表S4）。これらの生体外CRC集団のいずれかが5-FUの利用可能性に影響を与えることができるかどうかを決定するために、これらの患者の生体外微生物叢の存在下で48時間にわたって5-FUレベルを評価した。我々は、患者の生体外CRC集団の50％で急速な5-FU枯渇を観察し（図4D）、患者CRC_06の腫瘍微生物叢（図4D）が培地から最も効率よく5-FUを除去した。患者CRC_06における5-FU修飾の原因種を明らかにするため、コミュニティ内で最も豊富な3種（B. fragilis、B. thetaiotaomicron、大腸菌）の分離株を培養し、LC-MSを介して5-FUレベルを時間と共に再び評価しました。前回の観察結果と一致するように、大腸菌の1株が5-FUの消失に関与していた（図4E）。メタゲノムデータをさらに解析したところ、5-FUの除去を示した患者マイクロバイオームコミュニティ（CRC_01、CRC_04、CRC_06）は、「modifier」グループ（図S4H；表S5）と呼び、5-FUの存在下でpretおよびpreA転写物の相対存在量が著しく増加した（図S4G；p＝0.03）ことが判明した。
さらに、メタゲノミクスデータにおける上位20の特徴/種のランダムフォレスト分析により、大腸菌が5-FU曝露後の「修飾」群の分類子として同定され、全体として、モデルにおける分類子としての大腸菌の重要性を裏付ける最も高い平均減少精度値を有していた（図S4G）。さらに、線形判別分析効果量（LEfSe）分析により、大腸菌は、5-FU曝露後の「修飾因子」群と有意に関連することが確認された（図S4J）大腸菌の「修飾因子」群との関連は、古典的単変量統計分析によりさらに支持された（p＜0.05、図S4K）。
これらの結果は、CRC患者のサブセットにおいて、腫瘍内細菌叢は5-FUを枯渇させる能力を有し、コロニー化したマイクロニッシュ内で化学療法の効果を低下させ得るという仮説の裏付けとなった。重要なことは、5-FUの減少は、Fnなどの5-FU感受性腫瘍支持菌と常在癌細胞の両方を薬剤の毒性から守ることになるということである。これらの知見は、特に腫瘍切除前のネオアジュバント化学療法において、患者を5-FU耐性のリスクカテゴリーに層別化する際に、腫瘍関連微生物叢を考慮することの利点を支持するものである。
考察
腫瘍内細菌叢の細菌は、CRCにおいて代謝的に活性であり、悪性細胞とともに代謝拮抗型化学療法薬である5-FUと相互作用する。我々の解析により、CRC腫瘍の微生物叢と5-FUの相互作用は非常に複雑であり、細菌群集メンバーは薬剤との関係において3つの異なるカテゴリーに当てはまるようである：高感受性（例えばFn）、耐性（例えばB. fragilis, B. breve, P. micra）、耐性および枯渇性（例えばE. coli）。5-FU投与後のex vivo CRC微生物叢の群集組成を解析すると、CRC患者の群集のサブセットで種の多様性がかなり失われていることが示され、Fnに加えて他の細菌種も5-FUに感受性である可能性が示唆された。これは、CRC分離株を含まないものの、最近のプレプリント34でも指摘されていることである。逆に、CRC腫瘍に存在する細菌種は、専用のヌクレオシド輸入経路およびピリミジン消去経路を通じて、5-FUを内在化し、無毒化する可能性を持っています36,37,38,39,40。
FnはCRC組織に非常に濃縮されており、複数の研究により、Fnが病理学的および臨床的にがんの再発および患者の転帰と関連していることが示されている14, 16, 18, 41 我々は、5-FUがCRC腫瘍分離Fn（n = 11）に対して強力な抗菌活性を持っており、平均IC50がナノモルレンジ（720 nM）であることを発見し、5-FUベースの化学療法治療は患者の腫瘍内のこのオンコモリの成長を阻害することができると示唆された。化学療法薬として、5-FUは他の癌種と比較してCRCに最も有効である19。5-FUの治療効果は、Fnを含む腫瘍内微生物叢の主要メンバーに対する強力な抗菌剤としての予期せぬ役割に一部起因するという興味深い可能性を提起するものである。
Fnの存在は、治療後のがんの再発にも関連している。Yuらによる研究14では、複数の患者コホートにおいて、再発CRC組織では非再発CRC組織と比較して、Fusobacteriumが常に濃縮され、高い細菌量を有していることが明らかにされた。また、Serenaら16は、局所進行直腸癌患者（n = 143）の未治療腫瘍生検の58%にFnを検出し、フルオロピリミジンを用いたネオアジュバント化学放射線療法（nCRT）後の腫瘍の26%にFnが残存することを発見した16。nCRT後の組織のFn陽性は、組織における基本状態ではなく、患者の再発リスクの7.5倍上昇と有意に相関している16。Fnが5-FUの毒性に耐える患者のサブセットには、5-FUを代謝できる腫瘍内細菌群集が存在し、がんとFnなどの感受性細菌細胞の両方を保護し、CRC再発を促進している可能性が高いと予想されるためである。このことを発展させるために、患者の治療効果に加えて、化学療法前の生検と化学療法後の切除の腫瘍マイクロバイオームを調査する前向き研究が必要である。
我々は、曝露後24時間で、利用可能な5-FUを95％枯渇させる複数の大腸菌株を同定した（図3B、4E、およびS3B）。大腸菌に暴露した5-FUはもはやCRC上皮細胞の成長を阻害せず、この処置は腫瘍から分離したFnを保護することがわかった。これらの結果は、遺伝的に異なる大腸菌を与えた線虫で5-FUの効力が変化したことを報告した最近の2つの研究による研究を補完するものである42,43。ヒトでは、5-FUはジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ（DPD）というタンパク質によってジヒドロフルオロウラシル（DHFU）に代謝的に変換され、無毒化される。46 先行研究では、大腸菌はヒトDPDの機能的ホモログをpreTAというオペロン内に持ち、生体内でウラシルを5，6ジヒドロウラシルに変換できることが証明されている。さらに、大腸菌を含むPreTAの細菌ホモログは、in vitroで5-FUを無毒のDHFUに代謝することが証明された34。pks+大腸菌はCRC患者の腫瘍組織で広く見られることから、腫瘍内の他の感受性細胞に対する5-FUの局所枯渇と毒性の抑制に寄与する可能性を持っている47, 48。この研究は、微生物叢の構成が、多種多様な癌における多くの薬剤の化学療法効果に（直接的にも間接的にも）劇的な影響を与えることを支持する文献の増加と一致しています1,49。これらの知見を総合すると、微生物叢の構成がCRCにおける患者の治療レジメン設計に情報を与えるかもしれないということが裏付けられます。
私たちのin vitroの研究は、微生物に関連した5-FUの修飾が、患者の5-FU化学療法抵抗性に寄与するかもしれないことを示唆している。ヒトでは、チミジル酸合成酵素、ヌクレオシドインポーター、多剤排出ポンプの発現の変化が、患者の5-FUに対する化学療法抵抗性に寄与している。30、37、52 これらのクラスのタンパク質が多くの細菌種にも存在することを考えると、反復暴露がこれらの経路の変異を選択し、5-FU耐性につながる可能性がある53。大腸菌のような腫瘍内Fnおよび5-FU修飾微生物群の共存と、5-FUベースの化学療法に対する患者の反応性を評価する臨床研究が必要とされている。細菌を介した5-FU化学療法抵抗性の基礎となるメカニズムのより詳細な理解は、化学療法剤と標的抗菌剤によるコンビナトリアル治療の患者層別化に役立つ可能性がある；CRC生検の微生物プロファイリングによって知らされる。
本研究の制限事項
すべてのex vivo CRC微生物群は厳格な嫌気条件下で培養されたため、増殖のために微好気性または好気性条件を好む微生物分離が失われる可能性がある。組織からの分離後、生体外CRC微生物叢をリッチブロスで48時間培養した結果、最終的にFusobacteriumなどのより迅速な分類群に勝る可能性のある高速増殖の細菌分類群が濃縮され、これらの群集の種多様性が低下した。本研究では、液体培地中の微生物のみを評価し、細菌バイオフィルムが化学療法剤の感受性や耐性に与える影響については評価していない。
STAR★Methods
主要リソース表
試薬またはリソースソース IDENTIFIER
細菌およびウイルス株
Fn subsp. animalis SB003 本調査 N/A
Fn subsp. animalis SB010 Bullman et al., 201718 Fn COCA36F3
Fn subsp. animalis SB012 この研究 N/A
Fn subsp. animalis SB014 This study N/A
Fn subsp. animalis SB041 この研究 N/A
Fn subsp. animalis SB053 この研究 N/A
Fn subsp. animalis SB058 この研究 N/A
Fn subsp. animalis SB066 この研究 N/A
Fn subsp. animalis 7_1 Allen-Vercoe Lab Strauss et al, 201161
Fn subsp. animalis KCOM1279 Korean Collection for Oral Microbiology N/A
Fn subsp. nucleatum SB011 この研究 N/A
Fn subsp. polymorphum SB013 この研究 N/A
Fn subsp. polymorphum ATCC 10953 アメリカタイプカルチャーコレクション NCTC 10562
Fn subsp. vincentii SB054 この研究 N/A
Escherichia coli SB209 この研究 N/A
Escherichia coli pks+ ATCC 25922 America Type Culture Collection NCIB 12210
Escherichia coli SB215 この研究 E. coli CRC_06
Bacteroides fragilis SB210 この試験 N/A
Bacteroides fragilis SB211 この試験 B. fragilis CRC_06
Bacteroides thetaiotaomicron SB212 この研究 B. thetaiotaomicron CRC_06
ビフィドバクテリウム・ブレーベ SB213 この試験 N/A
Parvimonas micra SB214 この研究 P. micra CRC_02
生体試料
治療歴のない患者の大腸がん腫瘍組織サンプル フレッド・ハッチンソンがんセンター IRB RG1006974 N/A
化学物質、ペプチド、リコンビナントタンパク質
Fastidious Anaerobe Agar Neogen Cat# NCM0014A
Fastidious Anaerobe Broth Neogen Cat# NCM0199A
Tryptic Soy Broth Sigma-Aldrich Cat# T8907
Brain Heart Infusion Broth Research Products International Cat# B11000
McCoys 5A Corning Cat# 10-050-CV
5-フルオロウラシル >99.0% 東京化成工業株式会社 Cat# F0151
重5-フルオロウラシル 2-13C,15N2 Millipore Sigma Cat# 723258
重要な市販アッセイ
BacTiter Glo Microbial Viability Assay Promega Cat# G8231
寄託データ
メタゲノムデータ シーケンスリードアーカイブ-NCBI BioProject PRJN817195
RNAseqデータ Sequence Read Archive-NCBI BioProject PRJNA859520
実験モデル 細胞株
ヒト結腸癌。RKO アメリカ型培養コレクション CRL-2577
ソフトウェアとアルゴリズム
Prism v9 GraphPad https://www.graphpad.com
R The R Foundation https://www.r-project.org/
その他
RNAscope Multiplex Fluorescent Reagent Kit v2 ACD Systems 323100
EB-16s-rRNA-c2 ACD Systems ACD Systems
RNAscope 3-plex Negative Control Probe ACD Systems 320871
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リソースの有無
リード連絡先
リソースや試薬に関する詳細な情報やリクエストは、リードコンタクトのSusan Bullman ( sbullman@fredhutch.og ) までお願いします。
材料の利用可能性
この研究では、新しい試薬は生成されませんでした。
実験モデルおよび被験者の詳細
被験者とサンプル収集
患者 性別 年齢 腫瘍 所在地 標本保存 治療法
CRC_01 女性 67 大腸腺癌 ワシントン、アメリカ 低温保存 Naive
CRC_02 男性 20 結腸腺癌 ワシントン, USA Cryopreserved Naive
CRC_03 女性 46 結腸腺癌 米国、ワシントン Cryopreserved Naive
CRC_04 男性 39 大腸腺癌 米国、ワシントン Cryopreserved Naive
CRC_05 女性 67 大腸腺癌 米国、ワシントン Cryopreserved Naive
CRC_06 女性 77 結腸腺癌 米国ワシントン州 低温保存 Naive
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微生物株
すべての細菌は、10%脱脂ウマ血（DHB; HemoStat Laboratories）を添加したFastidious anaerobe agar plate（FAA; Neogen）でクリオストックから培養されたものである。Fusobacteriumの培養には、FAA+10%DHBプレートに、選択培養用にjosamycin（3 μg/mL）、vancomycin（4 μg/mL）、norfloxacin（1 μg/mL）を加えた（JVN). 液体ベースのアッセイでは，細菌をトリプティックソイブロス（TSB; Sigma Aldrich），ブレインハートインフュージョンブロス（BHI; Research Products International），またはファスティディアスアネロイブロス（FAB; Neogen）のいずれかでインキュベーションした．すべての菌株は 40% (v/v) グリセロール添加 TSB で-80℃にて保存した。培養はすべて嫌気性チャンバー（Anaerobe Systems AS-580; 5%H2, 5%CO2, 90% N2）またはAnaeroGenガスパック（Oxoid）付き密閉ボックスで，37℃の嫌気条件下で行われた．Fn分離株，P. micra，B. fragilis，B. breveは接種前にFAA+10%DHBで2日間培養した．E. coliは接種前にFAA +10% DHBで1日培養した。本試験で使用した菌株のリストは、Key Resources Tableに掲載されている。
細胞株
ヒト結腸癌上皮 RKO 細胞（ATCC CRL-2577）は、10%（v/v）牛胎児血清（Sigma）を添加した L- グルタミン（Corning）入り McCoys 5A で培養した。抗生物質（100 U/mL ペニシリン、100 μg/mL ストレプトマイシン；Gibco）は、細胞株の維持中に成長培地に含まれ、細菌共培養の24時間前に除去された。細胞培養は、37℃、5% CO2で行った。
メソッドの詳細
生理活性ライブラリーのスクリーニングと用量反応性の検証
生理活性ライブラリーのスクリーニング
Broad Therapeutics Platformにより、1,846化合物が384ウェルプレートの底に二重に印刷された（表S1）。各ウェルに30μLの液体を加えた結果、32μMの化合物となった。各プレートには、複数の中性コントロール（TSBのみ）および阻害コントロール（TSB中の5μg/mLメトロニダゾール）があった。
阻害化合物と抗悪性腫瘍剤の用量反応バリデーション
384ウェルプレートに各化合物を8濃度（30, 15, 7,5, 3.75, 1.88, 0.94, 0.47, 0.23 μM）で二重印刷した。これらのプレートには、パイロットスクリーニングの両方の生物学的複製で確認された 34 種類の阻害化合物と、さらに 21 種類の抗腫瘍剤が含まれていた（Table S2）。各プレートには、複数の中性コントロール（TSBのみ）および阻害コントロール（TSB中の5μg/mLメトロニダゾール）があった。
プレートへの接種と生存率の決定
各ウェルに、TSBに再懸濁したFna SB010の1mL当たり2×106コロニー形成単位（CFU）30μLを接種した。細胞は、10μLのBacTiter Glo（Promega）の添加により溶解し、ATPレベルをPerkinElmer Envisionのルミネセンス検出により測定した。分光分析のパラメータ：読み取り時間＝0.1秒、プレートの高さ＝0 cm。
データ解析
阻害剤のヒットカットオフは、ニュートラルコントロール（未処理菌体：Fna＋SB010 TSBのみ）の平均値から3標準偏差に設定された。
細菌の用量反応曲線
5-フルオロウラシル（5-FU；＞99％純度；東京化成工業）ストックは、ジメチルスルホキシド（DMSO）中の5 mg/mLアリコートとして4℃で1ヶ月まで保存した。5 mg/mL 5-FUストックをBHI +0.1% DMSOで所望の上限濃度まで希釈し、次にBHI +0.1% DMSOで所望の下限濃度に達するまで2倍に連続希釈して用量反応プレートをセットした。使用した5-FUの最低濃度は0.0375μMで、最高濃度は8ptおよび11ptの用量反応曲線でそれぞれ4.8から38.4μMの5-FUに達した。Fn分離株，B. fragilisおよびB. breveに対する陽性阻害（期待成長率0%）のコントロールは，BHI中の5 μg/mL metronidazole +0.1% DMSOであった。P. micraおよびE. coliの陽性抑制対照は，BHI +0.1% DMSO中の30 μg/mL gentamycin であった。陰性抑制対照（100％増殖）は、BHI＋0.1％DMSO培地をベースとしたものであった。テストしたすべてのプレートには、外部からの細菌汚染源を監視するため、5-FU、メトロニダゾール、ゲンタマイシン、ブロス単体の無菌コントロールウェルを追加した。各ウェルに、5μLの1×108CFU/mLのFnおよびP. micra（最終：5×104CFU/ウェル/100ul）または5μLの2×107CFU/mL B. fragilis, B. breve, E. coli（最終：1×104CFU/ウェル/100ul）が植菌されました。なお、B. fragilis、B. breve、大腸菌は、増殖の遅いFnやP. micraに比べて低い接種CFUが使用された。プレートは2.5Lの密閉ボックスで37℃、48時間（時間）、AnaeroGenガスパックを用いて嫌気条件下で培養された。細菌の生存率は、BacTiter Glo微生物細胞生存率アッセイ（Promega）を用いたATPレベルの測定により決定した。細胞は33μLのBacTiter Gloの添加により溶解され、ATPレベルは分光光度計（BioTek Synergy H4）上で以下のパラメータを用いて発光定量化により測定された。Gain：135、積分時間：1秒、Read Height：4.5 mm）を用いて、発光量を測定した。
細菌と5-FUの共培養および「改良型」5-FU上清の生成
Fn保護または質量分析アッセイのために
4 μM 5-FUを、総容量1 mLのブロス（Fn保護アッセイ用TSBおよび質量分析用BHI）中で5 × 108 CFU/mLの細菌と37℃で48時間インキュベートした。患者由来の生体外CRC群集については、最初の群集を1 mLのFAB中の4 μM 5-FUで1/50に希釈して48時間培養した。「新鮮な」5-FUコントロールを生成するために、ブロス培地+400 μM 5-FU（100 x）を37℃で48時間インキュベートした。
哺乳類細胞培養アッセイでの使用のために
20 μM 5-FUを、1 mL McCoys 5A + L-glutamine + 10% FBSの総容量中、5 × 108 CFU/mLの細菌と48時間インキュベートした後、細胞を7000 x gで3分間ペレットし、得られた上清を0.2μmフィルターで濾過した。新鮮な」5-FU対照を生成するために、2 mM 5-FU (100x)を含む培地のみを37℃で48時間インキュベートした。
上清の生成
次に、細胞を7000 x gで3分間ペレット化し、得られた上清を0.2 μm PVDFフィルター（Millipore）で濾過した。細菌を含まない「新鮮な」5-FU対照も、濾過による5-FUの潜在的損失を考慮し、この方法で濾過した。新鮮な」5-FU条件については、ブロス単独で増殖した細菌上清（500μL）を、100X「新鮮な」5-FU対照（5μL）でスパイクした。
Fn「改良型」5-FU保護アッセイ
上清の保護。5×106 CFU/mL Fna SB010を、TSB単独、TSB＋4μM 5-FU（改変型）、または細菌ろ過後に4μM 5-FUを補充したTSB単独（新鮮）中で培養したB. fragilis、大腸菌 SB209または大腸菌 pks＋上清中で増殖させた。Fnを嫌気条件下、37℃で48時間培養し、「細菌の用量反応曲線」の方法の項で詳細に説明したBacTiter GloによるATP定量により細菌の生残率を測定した。100％成長は、TSB単独、または5-FUを添加せずに沿った各菌体上清におけるFna SB010の生存率に設定された。
直接共培養による保護
5×106 CFU/mL Fna SB010を4μM 5-FU単独または1×106 CFU/mL E. coli SB209を添加して、37℃で0、24、48時間、嫌気条件下でインキュベートした。対照として、Fna SB010も、5-FUを添加せずに培地単独または1×106 CFU/mL E. coli SB209単独でインキュベートした。細菌の生存率は、10倍連続希釈およびCFUのためのプレーティングによって0、24、および48時間でモニターされた。Fna SB010のコロニーは、FAA +10% DHB +30 μg/mL ゲンタマイシンにプレーティングし、嫌気条件下でインキュベートすることによって単離された。大腸菌SB209のコロニーは、FAA +10% DHB上でプレーティングし、好気的条件下でインキュベートすることによって単離された。
CRC上皮細胞「改良型」5-FU保護アッセイ
上清の保護
RKO細胞を透明底白96ウェルプレートに5000細胞／ウェルの密度で播種し（総容量100μL）、37℃で16時間インキュベートして表面付着を可能にした。濾過した細菌上清を、培地単独（McCoys 5A）、20μM 5-FU（改変）、または細菌濾過後に20μM 5-FUを補充した培地単独（新鮮）で48時間インキュベートし、5μM 5-FU（RKO 細胞に対する報告されたIC50）の予想最終濃度を1：4の希釈液でRKO細胞培養（パッセージ4、50％コンフルエンス）培地に加えた（33.33 μL）。その後、RKO細胞をIncuCyte S3ライブイメージングインキュベーター（SartoriusおよびEssun BioScience）内で37℃で72時間インキュベートした。各ウェルを2時間ごとに10倍の対物レンズで5箇所、合計72時間撮像した（カメラ：Basler Ace 1920-155μm CMOS）。RKO細胞の経時的な成長は、RKO細胞パラメータでIncuCyte Live Cell-Analysisソフトウェアをトレーニングし、破片（体積＜150μm3）をフィルタリングした後、各ウェルの％コンフルエンスを計算することによって決定された。
RNAscopeベースの蛍光in situハイブリダイゼーション
パラフィン包埋切片（5μm）を脱パラフィンし、RNAscope Multiplex Fluorescent Assay V2 (Advanced Cell Diagnostics, Inc.) を用いて、製造者のプロトコルにしたがってハイブリダイゼーションした。全細菌の16s rRNAを標的としたEB-16s-rRNAプローブを使用した。Vectra Polarisマルチスペクトルイメージングシステム（アコヤバイオサイエンス株式会社）を用いて、40倍（25μm/pixel）でスライド全体のスキャンを実施した。サンプルと対応するネガティブコントロールのプローブスライドは、同じ露光条件でスキャンした。
質量分析による5-FUの分析
細菌で修飾された培地サンプルからの5-FUを、Waters Acquity I-Class UPLCを備えたWaters Xevo-XSを用いた液体クロマトグラフィー with タンデム四重極質量分析（LC-MS/MS QQQ）により分析した。サンプルは、0.4μMの5-FUの重安定同位体diH2O（98原子％15N、99原子％13C；経験式）と1：1で混合された。5-FUの定量のための内部標準として機能する13CC3H3F15N2O2; Millipore Sigma)を0.4μM添加した。クロマトグラフィー分離は、Thermo Hypercarb カラム (2.1 × 50 mm, 3u) を用いて室温で行われた。移動相は、A液: 100 mM NH4OAC in H2O, pH 9.5 using NH4OH、B液: 0.1% NH4OH in acetonitrileから構成されていました。流速0.3 mL/minで、以下のグラジエント溶出プロファイルを使用しました。0-6分で100% A，6-7.1分で50% A 50% B，7.1-10 分で100% A 50 μL の試料を注入し，LC-MS/MS QQQ 分析を行った。本アッセイでは、エレクトロスプレーマイナスイオン化でMRM（Multiple Reaction Monitoring）を行い、定量のために測定されたイオンは以下の通りです。5-Fluorouracil。129.03->42.16 & 129.03->129.0 および C13-5-Fluorouracil: 132.1->60.1 & 132.1->44.1. 5-フルオロウラシルのカラムおよびグラジエントでの保持時間は2.65分でした。5-FUの定量分析は、同位体希釈法を用い、7pt検量線（20μMから始まる4倍希釈）を二重測定し、直線回帰係数R2 = 0.9998で実施しました。達成された定量レベルは0.078μMで、20μMに及んだ。
RNA配列決定
BHIブロス中の大腸菌SB209の一晩培養物をOD 0.5（5×108 CFU）に希釈し、嫌気条件下、37℃で8時間、0、5、または40μM 5-FUと共にインキュベートした。細胞を8,000 rpmで3分間ペレット化し、1xPBSで1回洗浄して残留する5-FUとDMSOを除去した。細胞をペレット化し、RNAlater（Thermo Fisher）で1回洗浄した後、再度ペレット化し、-80℃で保存する前にすべての上清を除去した。RNAをRNeasy Extraction Kit（Qiagen）を用いて抽出し、RiboZero Plus rRNA depletionを用いたIllumina Stranded RNAライブラリー調製のために使用した。RNAライブラリーは、最小リード数12Mのペアエンドリードで配列決定した。
メタゲノム解析方法
メタゲノム解析のリードは、geneshot解析ワークフローを用いて解析した54。PreTとPreAの全 eggNOGデータベース cluster of orthologous groups (COG) タグを用いて、患者サンプルごとのpreTとpreAリードの相対量を特定し定量化した。5-FU modifier患者（CRC_01、CRC_04、CRC_06）および非 modifier患者（CRC_02、CRC_03、CRC_05）グループについて、5-FU治療群と無治療群のpreTおよびpreAリードの相対量を、ペアのウィルコクソン順位和検定（RStudio）を用いて比較検討した。
エクスビボCRC腫瘍微生物叢の生成
凍結した患者腫瘍組織を37℃で解凍し、組織を滅菌シャーレに移し、メスでミンチ状にした。次に、組織を5 mLコニカルチューブに移し、2.5 mLのFABで覆い、30秒間ボルテックスした。次に、組織を5 mL血清ピペットでコニカルチューブの底に対して手ですり潰した。次に、組織を16ゲージの針で均一な懸濁液になるまで通し、その後18ゲージの針に通した。細胞を300xgで4分間遠心分離し、上澄み2mLを2mLエッペンチューブに移した。真核細胞ペレットと残りの500μLは、下流の微生物培養のために凍結保存した。この生体外組織微生物群を含む2mLの上清から1mLを取り出し、7,000xgで3分間遠心分離し、ペレットをブロスで増殖する前の初期微生物集団のマーカーとして-20℃で保存した。残りの上清1mLを2本のチューブ（各500ul）に分け、500μLのFABを添加した。一方のチューブには、600μMの5-FU（最終30μM）50μLを補充した。両方のチューブを嫌気性チャンバーに運び、ガス交換ができるように開き、密閉して37℃で48時間インキュベートした。48時間後、100μLを取り出し、凍結保護剤で1：5に希釈し、下流の微生物培養（例えば、5-FU消失アッセイ）のために-80℃で保存した。残りの900μLは、7,000xgで3分間遠心分離し、上清を除去し、ペレットは将来の16S rRNA配列決定とメタゲノム解析のために-20℃に保存した。
ショットガンメタゲノムシークエンス
サンプルは、ZymoBIOMICS® Shotgun Metagenomic Sequencing Service for Microbiome Analysis (Zymo Research, Irvine, CA) を用いて処理・解析された。
DNA抽出
サンプルの種類とサンプル量に応じて、3種類のDNA抽出キットのうち1つを使用した。ZymoBIOMICS®-96 MagBead DNA Kit (Zymo Research, Irvine, CA) を使用し、自動化されたプラットフォームでDNAを抽出した。
ショットガン・メタゲノムライブラリー調製
ゲノムDNAサンプルは、ショットガンメタゲノムシーケンスでプロファイリングした。シーケンスライブラリーは、KAPA™ HyperPlus Library Preparation Kit (Kapa Biosystems, Wilmington, MA) を用いて、TruSeq® アダプター (Illumina, CA) を用いた内部シングルインデックス 8 bp バーコードを用いて、メーカーのプロトコルに従って100 ngまでのDNA入力で作製した。またはNextera® DNA Flex Library Prep Kit (Illumina, San Diego, CA)を使用し、Nextera®アダプター（Illumina, San Diego, CA）付き内部デュアルインデックス8bpバーコードを使用して、メーカーのプロトコルに従って100ngまでのDNAをインプットした。） すべてのライブラリーをTapeStation® (Agilent Technologies, Santa Clara, CA)で定量し、等量でプールした。最終プールはqPCRで定量した。
塩基配列の決定
最終ライブラリーは、Illumina HiSeq®またはIllumina NovaSeq®で配列決定した。
バイオインフォマティクス解析
Trimmomatic-0.3355: Quality trimming by sliding window with 6 bp window size and the quality cutoff of 20で、70 bp以下のリードを除去した。抗菌剤耐性遺伝子および病原性因子遺伝子の同定は、DIAMOND sequence alignerで行った56。微生物組成は、細菌、ウイルス、真菌、マウス、ヒトゲノムデータセットを用いてCentrifuge57でプロファイリングした。(1) アルファおよびベータ多様性解析、(2) QIIME58 による微生物組成バープロット、(3) 階層的クラスタリングによる分類群存在量ヒートマップ (Bray-Curtis dissimilarity に基づく) を作成するため。MicrobiomeAnalyst59 は、(i) n = 7 の予測因子で 500 本のトレーニングツリーを成長させ、上位 20 の特徴を含むランダムフォレスト分析、(ii) LEfSe 分析60 のドットプロットで各グループで濃縮した特徴を特定、(iii) Mann-Whitney/Krushal-Wallis 分析でグループ間の古典的一変量の統計比較に使用された。
定量化および統計解析
統計学的検定のほとんどは、GraphPad Prism 7.0にてα = 0.05で行った。p < 0.05は、以下のキーでアスタリスクで示した。∗<0.05, ∗∗<0.01, ∗∗∗<0.001. メタゲノムシーケンスの統計はRで行った。各実験の統計情報は、図の説明の中にある。
データ・コード提供

メタゲノムシーケンスとRNA-seqデータはNIH Sequence Read Archive (SRA) に寄託されており、出版日現在で公開されている（それぞれPRJN817195とPRJNA859520）。BioProject番号は、主要なリソースの表に記載されています。本論文で報告された顕微鏡、質量分析、細胞生存率の測定結果は、合理的な要求があれば、主席研究員が共有する予定です。

本論文では、オリジナルコードは報告していません。

本論文で報告されたデータの再解析に必要な追加情報は、要求に応じてリード・コンタクトから入手可能である。
謝辞
CRC 患者から初代組織を提供していただいた Brian Reid 氏と Carissa Sanchez 氏に感謝する。Fred HutchのShared Resourcesは、P30 CA015704を介して支援されている。本研究は、Seattle Translational Tumor Research（STTR）およびNational Cancer Institute, of the National Institutes of Health, Cancer Center Support Grant P30 CA015704（S.B. へ）からの資金援助により一部行われたものである。本書で報告された研究は、米国国立衛生研究所のNational Institute of Dental and Craniofacial Research（賞番号R01 DE027850）（C.D.J.へ）およびNational Cancer Institute（賞番号R00 CA229984-03）（S.Bへ）の支援を受けたものである。イラストはBiorender.comで作成しました。M.Z.-R.はWashington Research Foundation Fellowshipによる資金援助を受けている。
著者の貢献
K.D.L.、S.B.、C.D.J.が研究の企画を行った。K.D.L.、M.Z.-R.、A.B.、A.G.K.、S.B.は実験を実施した。K.D.L.、M.Z.-R.、S.S.M.、S.B.はデータを解析した。原稿はK.D.L., C.D.J., S.B.が執筆した。
利害関係者の宣言
S.Bは、米国特許出願番号の発明者である。PCT/US2018/042,966, submitted by the Broad Institute and DFCI, that covers targeting of Fusobacterium for treatment of CRC.の発明者です。K.D.L.は現在、NanoString Technologies, Inc.の従業員です。A.B.は現在、Bristol-Myers Squibbの社員です。
インクルージョンと多様性
私たちは、包括的で多様な、そして公平な研究の実施を支援します。
補足情報
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資料S1. 図S1〜S4
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表S1. Fn阻害剤の生物活性ライブラリーのスクリーニング、図1およびS1に関連するもの
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表S2. 24種の抗悪性腫瘍化合物およびアジュバントに対するFn増殖の用量反応曲線、図1およびS1に対応
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表S3. 5-FUに暴露した大腸菌のRNA-seqによる発現差、図3および図S3に関連
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表S4. メタゲノミクスデータから得られた細菌株の存在量、図4およびS4と関連あり
.xlsx (.02 MB)のダウンロード
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表S5. 図4およびS4に関連した、未処理および5-FU曝露による生体外患者マイクロバイオームの種レベルでのメタゲノム読み取り数
参考文献
LaCourse K.D.
ジョンストンC.D.
ブルマンS.
胃腸癌と微生物叢の関係。
Lancet Gastroenterol。Hepatol. 2021; 6: 498-509
https://doi.org/10.1016/S2468-1253(20)30362-9
記事で見る
スコープス (8)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
コスティッチ A.D.
ゲバースD.
ペダマルーC.S.
ミショー M.
デューク F．
アールA.M.
オジェシナA.I.
ユング J．
バス A.J.
タベルネロJ．
他。
ゲノム解析によるFusobacteriumと大腸癌の関連性の特定。
ゲノム研究 2012; 22: 292-298
https://doi.org/10.1101/gr.126573.111
記事で見る
スコープス (1165)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
カステラリンM.
ウォーレンR.L.
フリーマンJ.D.
ドレオリーニL.
クリジウィンスキー M.
ストラウス J．
バーンズ R．
ワトソン P.
アレン・バーコ E．
ムーアR.A.
他。
Fusobacterium nucleatum感染は、ヒトの大腸がんに多く見られる。
ゲノム研究 2012; 22: 299-306
https://doi.org/10.1101/gr.126516.111
記事で見る
スコープス (1144)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マッコイ A.N.
アラウージョ-ペレスF.
アスカラテ-ペリルA.
イエ J.J.
サンドラー R.S.
Keku T.O.
フソバクテリウムは大腸腺腫と関連している。
PLoS One. 2013; 8: e53653
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0053653
記事で見る
スコープス (345)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
田原俊雄
山本英俊
鈴木浩一
丸山利雄
チョンW.
ガリガ J.
ジェリネック J.
山野英紀
菅井 徹
An B.
他。
大腸菌叢におけるFusobacteriumと大腸癌の分子的特徴.
がん研究会 2014; 74: 1311-1318
https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-13-1865
記事で見る
スコープス (290)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
フラナガン L.
シュミッドJ.
エバート M.
Soucek P.
クニッカT.
リスカ V．
ブルハ J．
ニアリーP.
デゼーウ N．
Tommasino M.
他。
Fusobacterium nucleatum は、大腸新生物の発生段階、大腸がんおよび疾患の転帰と関連している。
Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2014; 33: 1381-1390
https://doi.org/10.1007/s10096-014-2081-3
記事で見る
スコープス (277)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
伊藤真一
菅野慎一郎
野所和彦
須川善行
三橋貴明
栗原英幸
五十嵐秀樹
高橋利彦
立花正志
高橋秀樹．
他．
大腸鋸歯状病変におけるFusobacterium nucleatumの臨床的・分子的特徴との関連性.
日本癌学会雑誌．J. Cancer. 2015; 137: 1258-1268
https://doi.org/10.1002/ijc.29488
記事で見る
スコープス (169)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
李 毅。
Ge Q.-X.
Cao J.
Zhou Y.-J.
Du Y.-L.
Shen B.
Wan Y.-J.Y.
Nie Y.-Q.
中国人患者におけるFusobacterium nucleatum感染と大腸癌の関連性。
World J. Gastroenterol. 2016; 22: 3227-3233
https://doi.org/10.3748/wjg.v22.i11.3227
記事で見る
スコープス(107)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
コスティッチ A.D.
チュンE.
ロバートソンL.
グリックマン J.N.
ガリーニC.A.
ミショー・M
クランシーT.E.
チョンD.C.
ロクヘッドP.
ホールド G.L.
他
Fusobacterium nucleatum は、腸の腫瘍形成を増強し、腫瘍-免疫の微小環境を調節する。
Cell Host Microbe. 2013; 14: 207-215
https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.07.007
記事で見る
スコープス (1294)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
ルービンシュタイン M.R.
Wang X.
Liu W.
Hao Y.
Cai G.
Han Y.W.
Fusobacterium nucleatumはFadAアドヘシンによりE-cadherin/β-cateninシグナルを調節し、大腸発がんを促進する。
Cell Host Microbe. 2013; 14: 195-206
https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.07.012
記事で見る
スクープ (1088)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
Yang Y.
Weng W.
Peng J.
Hong L.
Yang L.
戸井山洋子
Gao R.
Liu M.
Yin M.
Pan C.
他。
Fusobacterium nucleatumは、NFκBへのTLR4シグナルを活性化し、microRNA-21の発現を上昇させることにより、大腸がん細胞の増殖およびマウスの腫瘍発生を増加させる。
Gastroenterology. 2017; 152: 851-866.e24
https://doi.org/10.1053/j.gastro.2016.11.018
記事で見る
スコープス (397)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
Yu Y.-N.
Yu T.-C.
Zhao H.-J.
Sun T.-T.
Chen H.-M.
Chen H.-Y.
An H.-F.
Weng Y.-R.
Yu J.
Li M.
他。
ベルベリンは、腫瘍微小環境を調節することにより、Fusobacterium nucleatum誘発の大腸腫瘍の発生を救済する可能性がある。
Oncotarget. 2015; 6: 32013-32026
https://doi.org/10.18632/oncotarget.5166
記事で見る
スコープス(75)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
陳 毅
Peng Y.
Yu J.
Chen T.
Wu Y.
Shi L.
Li Q.
Wu J.
Fu X.
侵襲性Fusobacterium nucleatumは、TLR4/P-PAK1カスケードを介して大腸癌のβ-カテニンシグナルを活性化する。
Oncotarget. 2017; 8: 31802-31814
https://doi.org/10.18632/oncotarget.15992
記事で見る
スコープス (89)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
于 毅
Guo F.
Yu Y.
Sun T.
Ma D.
Han J.
Qian Y.
Kryczek I.
サン D．
Nagarsheth N.
他。
Fusobacterium nucleatumは、オートファジーを調節することにより、大腸癌に対する化学療法抵抗性を促進する。
Cell. 2017; 170: 548-563.e16
https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.07.008
記事で見る
スコープス (838)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
美馬和彦
西原理恵子
Qian Z.R.
曹 毅
須川祐子
ノワク J.A.
ヤン J.
Dou R.
増木由貴
Song M.
他。
大腸癌組織における Fusobacterium nucleatum と患者の予後。
Gut. 2016; 65: 1973-1980
https://doi.org/10.1136/gutjnl-2015-310101
記事で見る
スコープス(456)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
セルナ G.
ルイズペースF.
エルナンドJ.
アロンソ L.
ファザーニ R.
ランドルフィ S.
コマス R.
ヒメネス J．
エレツ E．
ブルマンS.
他。
局所進行直腸癌における Fusobacterium nucleatum の残存と術前治療後の再発リスク。
Ann. Oncol. 2020; 31: 1366-1375
https://doi.org/10.1016/j.annonc.2020.06.003
記事で見る
スコープス (38)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
Zhang S.
Yang Y.
Weng W.
Guo B.
Cai G.
Ma Y.
Cai S.
大腸癌におけるFusobacterium nucleatumのBIRC3発現上昇を介した5-フルオロウラシルに対する化学療法抵抗性の促進。
J. Exp. Clin. Cancer Res. 2019; 38: 14
https://doi.org/10.1186/s13046-018-0985-y
記事で見る
スコープス (93)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ブルマンS.
ペダマッルーC.S.
シチンスカE.
クランシーT.E.
チャン X.
Cai D.
ノイバーグD.
ホァン K.
ゲバラ F．
ネルソンT．
他。
大腸がんにおけるFusobacteriumの持続性と抗生物質への反応性の解析。
サイエンス. 2017; 358: 1443-1448
https://doi.org/10.1126/science.aal5240
記事で見る
スコープス (604)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ロングリーD.B.
ハーキンD.P.
ジョンストンP.G.
5-フルオロウラシル：作用機序と臨床戦略。
Nat. Rev. Cancer. 2003; 3: 330-338
https://doi.org/10.1038/nrc1074
記事で見る
スコープス (3403)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ケリーS.L.
ケリーD.E.
微生物チトクロムP450：生物多様性とバイオテクノロジー. シトクロムP450はどこから来て、何をし、私たちのために何ができるのでしょうか？
Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci. 2013; 368: 20120476
https://doi.org/10.1098/rstb.2012.0476
記事で見る
スコープス (140)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
三輪眞一郎
浦正人
西田美和子
澤田直樹
石川哲也
森 健一
新間直樹
梅田一郎
石塚博之
ヒト肝臓および癌組織に濃縮された酵素により腫瘍内で選択的に5-フルオロウラシルを生成する新規経口フルオロピリミジンカルバメート化合物capecitabineの設計。
Eur. J. Cancer Oxf. Engl. 1998; 34: 1274-1281
https://doi.org/10.1016/s0959-8049(98)00058-6
記事で見る
スクープ (0)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
ノイグット A.I.
リンA.
ラーブ G.T.
ヒリアーG.C.
ケラーD.
オニールD.S.
アコーディノM.K.
キランR.P.
ライト J．
Hershman D.L.
ステージ IV の結腸癌における FOLFOX と FOLFIRI の使用：SEER-メディケアデータの解析。
臨床。Colorectal Cancer. 2019; 18: 133-140
https://doi.org/10.1016/j.clcc.2019.01.005
記事で見る
スコープス(20)
PubMed
アブストラクト
全文
全文PDF
Google Scholar
阿部陽一
作山直樹
佐藤貴志
岸根一徳
永易和尚
中谷明彦
北島三郎
渡辺利夫
西村賢一
落合 毅
他．
大腸癌患者における持続点滴化学療法中の5-フルオロウラシル血漿濃度の評価
Mol. Clin. Oncol. 2019; 11: 289-295
https://doi.org/10.3892/mco.2019.1893
記事で見る
スコープス (1)
パブコメ
クロスレフ
グーグル奨学生
芳 麗華
Jiang Y.
ヤン Y.
Zheng Y.
Zheng J.
Jiang H.
Zhang S.
Lin L.
鄭 J.
Zhang S.
他。
大腸がん患者に対する最適な5-FU治療用量の決定。
Oncotarget. 2016; 7: 81880-81887
https://doi.org/10.18632/oncotarget.11980
記事で見る
スコープス(14)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
松本浩二
奥村英世
村上博之
窪田浩之
東田真一
鶴田明彦
遠山和彦
平井 崇
大腸がんに対する5-フルオロウラシル持続点滴中の血漿中5-フルオロウラシル濃度の変動.
抗がん剤研究. 2015; 35: 6193-6199
記事で見る
PubMed
グーグルスカラー
クック・J.-K.
パク S.-N.
イム Y.K.
Cho E.
Jo E.
Roh H.
Shin Y.
Paek J.
Kim H.-S.
Kim H．
他。
ゲノムに基づく Fusobacterium nucleatum 亜種の種レベルでの再分類。
Curr. Microbiol. 2017; 74: 1137-1147
https://doi.org/10.1007/s00284-017-1296-9
記事で見る
スコープス (30)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
Kook J.-K.
Park S.-N.
Lim Y.K.
Choi M.-H.
Cho E.
Kong S.-W.
Shin Y.
Paek J.
Chang Y.-H.
Fusobacterium nucleatum subsp. fusiforme Gharbia and Shah 1992 は、Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii Dzink et al.
Curr. Microbiol. 2013; 66: 414-417
https://doi.org/10.1007/s00284-012-0289-y
記事で見る
スコープス (16)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
イェー X.
Wang R.
バッタチャリヤR.
ブールベスD.R.
ファン F.
Xia L.
アドニ H．
アジャミ・N.J.
ウォン・M.C.
スミスD.P.
他
Fusobacterium nucleatum subspecies animalisは、ヒト大腸腫瘍における炎症性サイトカインの発現および単球の活性化に影響を及ぼす。
Cancer Prev. Res. Phila. Pa. 2017; 10: 398-409
https://doi.org/10.1158/1940-6207.CAPR-16-0178
記事で見る
スコープス (65)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ボロザンI.
ザイディS.H.
ハリソンT.A.
フィップスA.I.
鄭 J.
リー S．
トリンQ.M.
シュタインフェルダー R.S.
アダムズ J．
バンバリーB.L.
他
大腸腫瘍の分子・病理学的特徴および患者の転帰は、Fusobacterium nucleatum およびその亜種 animalis と関連している。
Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2021; 31: 210-220
https://doi.org/10.1158/1055-9965.EPI-21-0463
記事で見る
スコープス (2)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
イスラム Z.
グレビッチI.
ストルッツェンバーグ T.S.
ゴッシュ A.K.
イクバル T.
Kohen A.
細菌とヒトのチミジル酸合成酵素：カイネティクスと機能性。
PLoS One. 2018; 13: e0196506
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0196506
記事で見る
スコープス(5)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
シバンA.
コラレスL.
ユベールN.
ウィリアムズJ.B.
アキノ・ミカエルズK.
アーリーZ.M.
ベニヤミンF.W.
レイ・Y.M.
ジャブリ・B.
アレグレ M.-L.
他。
コメンサルビフィドバクテリウムは、抗腫瘍免疫を促進し、抗PD-L1効果を促進する。
Science. 2015; 350: 1084-1089
https://doi.org/10.1126/science.aac4255
記事で見る
スコープス(1985)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ビュックE.
デュボアD.
ソーバネットP.
レッシュ J.
デルマス J.
ダルフィーユ＝ミショー A．
ペゼ D．
ボネ R.
大腸がんにおけるサイクロモジュリンおよびジェノトキシンを産生する粘膜関連大腸菌の高い有病率。
PLoS One. 2013; 8: e56964
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056964
記事で見る
スコープス (289)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
デヘアC.M.
ファティP.
クレイグJ.M.
Boleij A.
タデセ・R.
ガイス A.L.
ウー・X．
デステファノ・シールズC.E.
ヘッケンブライクナーE.M.
Huso D.L.
他
家族性大腸腺腫症患者は、腫瘍原性細菌を含む大腸バイオフィルムを保有している。
Science. 2018; 359: 592-597
https://doi.org/10.1126/science.aah3648
記事で見る
スコープス(456)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
スパノギアノプーロスP.
ブラッドリーP.H.
メラメドJ.
マリッグ・Y.N.A.
ラム・K.N.
ジェローナ R.R.
ポラード・K.S.
Turnbaugh P.J.
薬剤耐性腸内細菌は抗がん剤クリアランスの宿主機構を模倣する。
bioRxiv. 2019; (プレプリントアット)
https://doi.org/10.1101/820084
記事で見る
スコープス(0)
クロスリファレンス
グーグルスカラー
ブラヒト K.
ニコルズA.M.
リウ・Y.
Bodmer W.F.
大腸がん細胞株の大規模パネルにおける5-フルオロウラシル応答は、ミスマッチ修復欠損と関連している。
Br. J. Cancer. 2010; 103: 340-346
https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6605780
記事で見る
スコープス (73)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
デビッドソン A.L.
チェン J.
バクテリアのATP結合カセットトランスポーター。
Annu. Rev. Biochem. 2004; 73: 241-268
https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.73.011303.073626
記事で見る
スコープス (485)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
キング A.E.
アックリーM.A.
キャスC.E.
ヤングJ.D.
ボールドウィン S.A.
ヌクレオシドトランスポーター：スカベンジャーから新規治療標的まで。
トレンド薬学。Sci. 2006; 27: 416-425
https://doi.org/10.1016/j.tips.2006.06.004
記事で見る
スコープス (232)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
アシモビッチ Y.
Coe I.R.
平衡型ヌクレオシド輸送体ファミリーの分子進化：原核生物および真核生物における新規ファミリーメンバーの同定.
Mol. Biol. Evol. 2002; 19: 2199-2210
https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004044
記事で見る
スコープス (75)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
クマリ S.
Tripathi P.
ヌクレオチド代謝経路：細菌病原体のアキレス腱。
Curr. Sci. 2021; 120: 6
記事で見る
Google Scholar
フォーゲルス G.D.
ヴァン・デル・ドリフトC.
微生物によるプリン体およびピリミジン類の分解。
Bacteriol. Rev. 1976; 40: 403-468
https://doi.org/10.1128/br.40.2.403-468.1976
記事で見る
PubMed
クロスリファレンス
Google Scholar
山村和彦
馬場由紀夫
中川 聡
美馬和彦
三宅健一
中村和彦
澤山秀樹
木下和彦
石本哲也
岩月正樹
他．
食道癌組織におけるヒト微生物群Fusobacterium nucleatumは予後と関連する。
Clin. Cancer Res. 2016; 22: 5574-5581 に掲載されています。
https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-16-1786
記事で見る
スコープス (190)
PubMed
Crossref
グーグル奨学生
ガルシア-ゴンサレスA.P.
リッターA.D.
シュレスタS.
アンデルセン E.C.
ユルマズ・L.S.
ウォルハウト A.J.M.
細菌代謝は癌化学療法に対する線虫の反応に影響を与える。
Cell. 2017; 169: 431-441.e8
https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.046
記事で見る
スコープス (134)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
スコット T.A.
キンタネイロL.M.
ノルヴァイサスP.
ルイ・P.P.
ウィルソン・M.P.
レオン・K.-Y.
エレーラ＝ドミンゲス L．
スディワラ S．
ペシア A.
クレイトン P.T.
他
宿主-微生物共代謝が線虫の抗がん剤効果を決定する。
Cell. 2017; 169: 442-456.e18
https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.040
記事で見る
スコープス (137)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
ウェイ X.
マクラウドH.L.
マクマロウJ.
ゴンザレス F.J.
フェルナンデス-サルゲロP.
ヒトのジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ欠損と5-フルオロウラシル毒性の分子的基盤。
J. Clin. Invest. 1996; 98: 610-615
https://doi.org/10.1172/JCI118830
記事で見る
スコープス (321)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
van Kuilenburg A.B.P.
ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼと5-フルオロウラシルの効果および毒性。
Eur. J. Cancer Oxf. 2004; 40: 939-950
https://doi.org/10.1016/j.ejca.2003.12.004
記事で見る
スコープス (397)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
日出瀬亮太
三原秀雄
栗原俊一
江崎直樹
大腸菌ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼは、5,6-ジヒドロウラシルの生産に不可欠な新規なNAD依存性ヘテロ4量体である。
J. Bacteriol. 2011; 193: 989-993
https://doi.org/10.1128/JB.01178-10
記事で見る
スコープス (23)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
アーサー J.C.
ペレス-チャノナE.
ミュールバウアーM.
トムコビッチ S.
ウロニスJ.M.
ファン T.-J.
キャンベル B.J.
アブジャメルT.
ドーガン B．
ロジャースA.B.
他。
腸の炎症は、微生物叢のがん誘発活性を標的としている。
Science. 2012; 338: 120-123
https://doi.org/10.1126/science.1224820
記事で見る
スコープス (1332)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウィルベルJ.
ピルP.T.
カルタルE.
Zych K.
カシャニ A.
ミラネーゼ A．
フレック J.S.
ヴォイグト A.Y.
パレジャ A．
ポンヌドゥライR．
他
糞便メタゲノム解析により、大腸がんに特異的なグローバルな微生物シグネチャーが明らかになった。
Nat. Med. 2019; 25: 679-689
https://doi.org/10.1038/s41591-019-0406-6
記事で見る
スコープス (362)
パブコメ
クロスレフ
グーグル奨学生
アレキサンダーJ.L.
ウィルソンI.D.
ティアJ.
マルケージJ.R.
ニコルソンJ.K.
キンロス J.M.
化学療法の効果と毒性を調節する腸内細菌叢。
Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2017; 14: 356-365
https://doi.org/10.1038/nrgastro.2017.20
記事で見る
スコープス (434)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
張 寧
Yin Y.
Xu S.-J.
Chen W.-S.
5-フルオロウラシル：耐性機構と逆転戦略。
Mol. Basel Switz. 2008; 13: 1551-1569
https://doi.org/10.3390/molecules13081551
記事で見る
スコープス (403)
クロスリファレンス
Google Scholar
プラット S.
シェパード R.L.
カンダサミーR.A.
ジョンストンP.A.
ペリーW．
Dantzig A.H.
多剤耐性タンパク質5（ABCC5）は、5-フルオロウラシルに対する耐性を付与し、そのモノリン酸化代謝物を輸送する。
Mol. Cancer Ther. 2005; 4: 855-863
https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-04-0291
記事で見る
スコープス (181)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ヒギンズ C.F.
ABCトランスポーター：微生物から人へ。
Annu. Rev. セルバイオロジー 1992; 8: 67-113
https://doi.org/10.1146/annurev.cb.08.110192.000435
記事で見る
スコープス (3346)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ロズナーB.
サインS.
オルオクP.O.
ガルシア・ゴンサレス A.P.
モリ・ヒョードル
ウォルハウト A.J.
ミッチェル A.
フルオロピリミジンに対する進化した細菌抵抗性は、線虫宿主における化学療法の影響を低下させることができる。
Elife. 2020; 9: e59831
https://doi.org/10.7554/eLife.59831
記事で見る
スコープス(5)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ミノット S.S.
バリーK.C.
カスマンC.
ゴロブJ.L.
ウィリス A.D.
geneshot: 遺伝子レベルメタゲノミクスにより、免疫療法反応に関連するゲノムアイランドを特定。
ゲノムバイオロジー 2021; 22: 135
https://doi.org/10.1186/s13059-021-02355-6
記事で見る
スコープス (1)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ボルジャーA.M.
ローゼM.
ウサデル B.
Trimmomatic: イルミナシーケンスデータ用の柔軟なトリマー。
Bioinforma. Oxf. Engl. 2014; 30: 2114-2120
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
記事で見る
スコープス (26185)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ブッフフィンクB.
謝C.
Huson D.H.
DIAMONDを用いた高速・高感度なタンパク質アライメント。
Nat. Methods. 2015; 12: 59-60
https://doi.org/10.1038/nmeth.3176
記事で見る
スコープス (4354)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
キム D.
ソン L.
ブライトヴィーザーF.P.
Salzberg S.L.
Centrifuge: メタゲノム配列の迅速かつ高感度な分類。
ゲノム・リサーチ 2016; 26: 1721-1729
https://doi.org/10.1101/gr.210641.116
記事で見る
スコープス (498)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
クチンスキーJ.
ストンボーJ.
ウォルターズW.A.
ゴンサレス A．
カポラソ J.G.
ナイト R.
QIIME を使用した微生物群集の 16S rRNA 遺伝子配列の解析
Curr. Protoc. Microbiol. 2012; 第1章 (ユニット1E.5)
https://doi.org/10.1002/9780471729259.mc01e05s27
記事で見る
スコープス (379)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
チョン J.
リュー・ピー
Zhou G.
Xia J.
MicrobiomeAnalystを用いたマイクロバイオームデータの包括的な統計解析、機能解析、メタ解析。
Nat. Protoc. 2020; 15: 799-821
https://doi.org/10.1038/s41596-019-0264-1
記事で見る
スコープス (457)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
セガタ・N.
イザールJ.
ウォルドロンL.
ゲバース D.
ミロプスキー・L.
ギャレットW.S.
ハッテンハワーC.
メタゲノム解析によるバイオマーカーの発見と説明。
ゲノムバイオロジー 2011; 12: R60
https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60
記事で見る
スコープス (7018)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
シュトラウスJ.
カプランG.G.
ベックP.L.
リュー・K.
パナチオーネR.
デビニーR.
リンチ T．
アレン-バーコ E.
腸粘膜由来Fusobacterium nucleatumの侵入能は、宿主のIBD状態と正の相関がある。
Inflamm. Bowel Dis. 2011; 17: 1971-1978
https://doi.org/10.1002/ibd.21606
記事で見る
スコープス (337)
PubMed
クロスリファレンス
Google Scholar
記事情報
出版年譜
掲載されました。2022年11月15日
受理されました。2022年10月17日
改訂版受理 2022年8月26日
受理：2022年8月26日 2022年5月10日
身分証明書
DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.111625