ヤマハ公式サイトでは、豊富な設定例がありますが、
NTTが提供しているIP-VPNサービス　フレッツVPNワイドの接続設定例もあります。上記はそのリンクです。

インターネットとの接続と併用設定している例ですが、
インターネットもフレッツVPNも同じPPPoE接続をしているのだけど、
微妙に設定が異なります。

フレッツVPNワイド側のPPPoE接続設定の違いで最も重要なのが、
①NAT設定をしない。
②フィルター設定をしない。
です。

VPNワイドでの拠点間通信は、インターネットとの通信のようにNATでアドレス変換してグローバルIPアドレスで通信しなければならないわけではないので、NAT設定する必要がありません。

また、閉域での通信となるためフィルターの設定も基本的には不要です。
何も考えずフィルタ－設定していまうと、対抗拠点の共有フォルダへアクセスできなかったり問題が生じる可能性があります。

具体的な設定の詳細は、ヤマハ公式サイトで設定例を参考にしてみてください。

フレッツＶＰＮワイドについて詳細に解説した記事もあります。
ご興味のある方はそちらもご覧ください。