サブディレクトリにインストールしたWordPressサイトが非表示になったら.htaccessを探れ
2022.12.31追記「原因は WP Super Cache だったかもしれない」
Automattic社製の簡素なWordPressテーマ「Underscores」をベースにほぼ管理画面を触らないPHP直書きの構成のサイトに、Automattic社製のキャッシュプラグイン「WP Super Cache」を入れてから不具合が出始めた。
とはいえ、Automattic社といえば、WordPress.comを運営している会社。WordPressを熟知している会社のプラグインなのだから、WordPressはWordPressらしく振る舞う（変なサイト構成にしない）のが正解だったのかもしれない。
結局、おばちゃんのやり方がまずかったのかもね。まあ、来年にはNuxt3製にリニューアルする。（来年の抱負）
（以下、元記事）
自戒を込めて、５分前のおばちゃん（自分）に捧ぐ。
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?example.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/my_subdir/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /my_subdir/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?example.com$
RewriteRule ^(/)?$ my_subdir/index.php [L]
</IfModule>
アップデートした後はルートディレクトリの .htaccess ファイルが書き変わってないか確認しろよ、自分。これで、２度目だろ・・・（とほほ）
あと、プラグイン（セキュリティとキャッシュ）の兼ね合いもあるから、.htaccess を上記の公式の通りに書き直して、プラグインを設定しなおそう。
で一応、Xserver のサーバキャッシュとブラウザキャッシュも一回削除しておこう。
WEBデザイナー（自営業）のおばちゃんです。最近はBlenderネタ多めです。