中学校2年生の夏、綾井結女は同じ中学校の同級生である伊理戸水斗に告白をし、2人は交際を始めた。2人は始めのうちは、カップルとして仲良く過ごすが、些細な行き違いからお互いのことを疎むようになり、中学校からの卒業を機に別れることになる。
しかし、その2週間後にともに片親であった水斗の父と結女の母が再婚をし、水斗と結女は同じ伊理戸の姓を持つ義理のきょうだいとなって、同じ家の中での生活を始める。付き合っていた頃のわだかまりが解けずにいつもいがみ合いつつも、水斗と結女は両親の新婚生活に気を遣い、カップルであったことを隠してただの義理のきょうだいとして接していくことにする。

夏休み。浦和第三高校鉄道部の調、常盤、南、緑、桜の面々、そして生徒会の彩湖、子鹿、ついでに美園は、市民プールで夏を満喫していた。楽しい１日だったが、最後に彩湖が「鉄道部は廃部になるから」と告げる。そして廃部を免れるための条件とは？

人類最後の秘境と呼ばれる、未だ底知れぬ巨大な縦穴「アビス」。その大穴の縁に作られた街には、アビスの探検を担う「探窟家」たちが暮らしていた。彼らは命がけの危険と引き換えに、日々の糧や超常の「遺物」、そして未知へのロマンを求め、今日も奈落に挑み続けている。
ヒロインのリコは孤児院で暮らす探窟家見習い。アビスへの憧れが人一倍強い彼女は、母のような偉大な探窟家になることを夢見ていた。ある日の探窟で、リコは謎の存在に生命の危機を救われる。その何者かが放った熱線の跡を辿ると、そこには人間の少年そっくりのロボットが倒れていた。
リコはロボットにレグという名前を付け、孤児院の大人達の目を欺きながら、共に過ごすようになる。 レグが孤児院に入って2カ月が経つ頃、リコの母親であるライザの白笛と封書が地上に上がってくる。封書には、誰も見たことがない深層の生物の情報と「奈落の底で待つ」と書かれた紙が同封されており、その中にはレグに似たロボットのような絵も描かれていた。