かつて、人の力「科学」によって生み出された「破壊神アンスラサクス」と「邪神群」の手により文明は崩壊した。この災害「大破壊」を生き残ったわずかな者達は新たな文明の力、「魔法」を手にし、血と肉と鋼とそして魔力の時代を迎えた。それから四百年。絶大な力を持ち、配下に四天王や闇の軍団を率い大陸に征服戦争を仕掛けた爆炎の魔術師「ダーク・シュナイダー （以下D・Sと表記）」は、多くのゴーレムを操り長きに渡り大国や五英雄達と争った末、伝説の「竜戦士」となった竜王子ラーズ・ウルと相打ちになり滅ぼされる（魔操兵戦争）。だがこの際、D・Sは密かに転生の秘術を用い赤子の身の内に転生する。しかし五英雄の一人ジオ・ノート・ソートによって覚醒する前に封印され、ジオの娘ヨーコと共にルーシェ・レンレンとして争いとは無縁の暮らしをすることになる。
魔操兵戦争から15年後、D・Sのかつての配下だった四天王が大陸の四つの王国に侵攻を開始した。

大海イグノラに浮かぶ聖十字大陸、エンテ・イスラ。闇の生き物たち、通称悪魔の王道楽土を建設するべく、魔王サタンは4人の悪魔大元帥を従えて人間世界に侵攻していく。世界征服まであと一歩というところまで迫っていた魔王軍だったが、そこに聖剣を手にしたひとりの女勇者が現れた。名前はエミリア。破竹の勢いのごとく魔王軍を制圧してゆく勇者一行についに追い詰められた魔王は、腹心の悪魔大元帥アルシエルと共に異世界へのゲートで撤退を余儀なくされる。

あらゆる場所で風車が回る風の街、風都。そこで探偵業を営む左翔太郎とフィリップの元に怪事件を起こす怪人ドーパントが現れる。翔太郎とフィリップは風都を守る戦士仮面ライダーWに変身し、戦いを繰り広げていく。

侍が日本を支配していた時代。謎の面を被った侍たちに両親と弟を殺され、以来、仇を求めて旅を続ける一番星は、ある時無辜の民を斬ろうとする侍に歯向かったことで、死罪を申し渡される。あえなく斬首となったと思った一番星であったが、気が付けば見知らぬ屋敷に連れられ、同じく死罪を課せられた６人の男女と、新選組の生き残りを名乗る藤堂平助と出会う。
藤堂は言う。「生き残りたければ、謎の襲撃者に皆殺しにされた新選組幹部の替え玉となれ」と……。

皇都五区の片隅に、ぽつんとある喫茶・黒猫亭。そこで働くのは、自律人形（オートマタ）の少女たち。
数年前に終結したばかりの大戦争。兵器として作られた彼女たちは、平和な世界で新しい役目を探していく。

雨宮夕日は、ある朝、言葉を喋るトカゲから世界を救う騎士の1人として選ばれたことを告げられる。最初は無関心な夕日だったが、敵である魔法使いが生み出した泥人形の襲撃を受ける。死を覚悟したその時、守るべき姫である主人公の朝日奈さみだれに救われ、さらに常人ならざるさみだれの気概に触れたことで彼女に忠誠を誓う。ここにひとつの主従が生まれ、この時から夕日の戦いが始まった。