前回のあらすじ仮面ライダーグリスこと猿渡一海は、新世界の記憶を取り戻した仮面ライダーマッドローグこと内海成彰の野望を止めるために手を組むことになった仮面ライダーローグこと氷室幻徳を仲間に引き入れる事に成功したのだった。一方、新世界のパンドラボックスを手に入れた内海は仮面ライダーメタルビルドこと浦賀啓示に続いて新たな仲間としてカイザーこと最上魁星を復活させるのだった。そして、別世界のカイザーであるもう１人の自分を復活させる条件として一海とキャッスルハードスマッシュこと赤羽を倒すために行動を開始したのだった。そして、猿渡ファームに向かう道中を散歩していた一海と赤羽の目の前に現れた最上魁星と戦うことになり、グリスとキャッスルハードスマッシュ、カイザーに変身した３人は戦闘を開始。グリスとキャッスルハードスマッシュの連携に苦戦したカイザーだったが、グリスの必殺技を逆に自身の必殺技で切り返したカイザーは体から火花を上げると共にメンテナンスを受けるために内海の元へと帰るのだった。そして、一海は仮面ライダービルドこと桐生戦兎と仮面ライダークローズこと万丈龍我に会うために東都へと１人で向かうのだった。

一海「まさか、俺が東都にみーたんに会う以外の用事で来ることになるとはな。とりあえずナクシタに行けばあいつらもいるだろ？」
そう考えた一海は、彼女であるみーたんこと石動美空がいるカフェ、ナクシタに向かうのだった。
万丈「なあ、戦兎。エボルトの奴、なんでまたマスターの体を借りたんだよ？」

戦兎「それはあれだろ？エボルトのままでいることが自分にとって都合が悪いからだろ？」

万丈「だからってわざわざ旧世界の記憶を植え付けなくたって良かったんじゃねぇのかよ。」
戦兎「まあ、確かにそうなんだけどさ。つーか万丈空気読めよ、やっぱりバカだろ？」
万丈「はあ？なんの空気だよ！大体な、バカって言った方がバカなんだよ！」
戦兎「俺がお前並にバカなわけないだろ？なんてったって俺は天才物理学者なんだからよ。それよりも美空の気持ちを組んでやれよ。また目の前から父親が消えたんだからさ。」
万丈「そうだよな、すまねぇ美空。」
美空「大丈夫。全然気にしてないからあまり気にしないで、万丈。」

万丈「美空。」
戦兎「なあ、万丈。俺なんか嫌な予感がするんだけど。」
万丈「お前もか、戦兎。俺もだ、美空の彼氏が来そうでさ。」
突如として新世界に再び姿を現した地球外生命体エボルトに対しての対処に当たっていた戦兎と万丈は旧世界と同様に石動美空の父親であるナクシタのマスター、石動惣一の体を乗っ取り、惣一に再び旧世界の記憶を植え付けることに成功したエボルトは再び仮面ライダーエボルとしての活動を再開したのだった。そして、再び美空の目の前からエボルトと一体化を果たして姿を消した惣一だったが、その喪失感から再び黙り込んでしまうようになった美空の気持ちも考えずにエボルトの事を話していた万丈に対して戦兎は話をやめるように告げるのだった。そして、戦兎と万丈はナクシタにあの男がやってくる予感を感じた次の瞬間、勢いよく店の扉が開くのだった。
一海「よう戦兎、万丈！それからみーたん！」

美空「あれ？カズミン、デートの日って今日じゃないよね？」
一海「うん！今日はデートじゃなくてみーたんから元気をもらうついでに戦兎と万丈に用があったんだ！」
美空「へえ、そうだったんだね！」
万丈「なんでだろうな、戦兎。」
戦兎「万丈、思ってても絶対に言うなよ。分かってるよな？」
万丈「イチャつくのは他所でやってくれよ、バカップルかよってな！」
戦兎「バカはお前だよ。この筋肉バカが！」
一海「おい、万丈。お前今、なんて言った？誰がバカップルだこの野郎！推しと、推しのみーたんと付き合えただけで嬉しいのに何がバカップルだ！」
戦兎「分かった！分かったから落ち着けって一海。それで俺達に何か用があったんじゃなかったのかよ？」
一海「ああ、そうだった。お前らに聞きたいことがあったんだよ。最上魁星という人物についてな。」
万丈「なんだって？」
戦兎「最上魁星だと？あいつは俺がこの手で倒したはず。それよりも一海、なんでお前がその名前を知ってるんだ？」
一海「なんでってそれは俺たちの目の前に現れたからだよ。だが、妙だったんだよな。」
万丈「妙ってなんだよ。」
一海「自分の力の制御の仕方が分からないのか急に体から火花を上げたんだよ。だから俺は真剣に戦えないから帰れって言ったんだけどよ、どうしても俺達と戦うって言うから仕方なく戦ったって訳だ。」
戦兎「なるほどな。でも、確実な事を言うと最上魁星は俺達が倒したんだ。一海が俺達の目の前に現れる前にな。」
一海「そうだったのか。」
万丈「あいつは確かエニグマっていう謎の装置を作って俺たちの世界を支配しようとしたんだよな？」
一海「エニグマ？」
戦兎「ああ。最上魁星は俺がまだ葛城巧として活動してる時に俺と一緒に開発した装置、それがエニグマだった。だけど、俺がエニグマを起動させなかったことに怒りを覚えたあいつは復讐も兼ねて俺の前に帰ってきたんだ。文字通りマッドサイエンティストとなってな。」
一海「それでもお前らは倒すことが出来たんだろ？」
万丈「まあな。だが、俺が見たカイザーと戦兎が見たカイザーは色が違ったような気がするんだよな。」
一海「どういう意味だ？つまりカイザーは２人もいるって訳か？」
戦兎「ああ。そのエニグマを起動させたことが引き金となって別の世界にいる最上魁星も姿を現したんだ。でも一海気をつけろよ、この世界に２人のカイザーが揃うと最悪の出来事が起きるんだよ。」
一海「最悪の出来事だと？」
万丈「ああ。もしかしたらヘルブロスよりも厄介かもしれないぜ。」
一海「なるほどな。大体お前らが伝えたいことは分かったよ。」
戦兎と万丈、一海がそんな話をしていたその頃、内海は新世界のパンドラボックスを使って新たな仲間を集める準備をしていたのだった。
内海「さあ、最上さん。あなたのためにもう1人のあなたを復活させますよ！」
最上「ああ！だが、失敗したら覚えてるんだろうな！」
内海「分かってますよ！まあ、見ててくださいって！」
そう告げた内海が新世界のパンドラボックスに手を触れた次の瞬間、謎の光と共に目の前にとある人物が姿を現したのだった。

別の世界の最上魁星「ハーハッハッハ！誰かと思えばもう1人の私か！ファンキーだな！」
最上「待っていたぞ、もう１人の私よ。それでこれからは一体どうするんだ？  」 
内海「これからはどうするのかだって？それは決まっているでしょう！新たなエニグマを作れない今、仮面ライダーグリスと仮面ライダーローグを倒すしかないのだと！」
最上「やっぱりそうなるのか。だが、私は前回戦ったばかりだが…」
別の世界の最上「ハーハッハッハ！だったら私がお前の代わりに戦ってやろうじゃないか！どうだ？ファンキーだよな！」
内海「良いのですか？」
別の世界の最上「ああ、構わない。もう１人の私に変わってそんな仕事が出来ることこそファンキーだからな！それに誰を狙えば良いのかも分かっているからな！」
そう告げた別の世界の最上魁星は、意気揚々と内海達の前から姿を消したのだった。一方、一海がいなくなった猿渡ファーマーでは、幻徳と青羽、黄羽と共にこれからの対策を考えていたのだった。
幻徳「相変わらず土いじりか、お前達は。」
青羽「土いじりじゃねえよ、農業だよ！そんなに文句言うなら帰ればいいだろう！」
幻徳「お前は何故そんなに俺に冷たいんだ？」
黄羽「冷たいのは当たり前だろ！リモコンブロスで俺を消しただけじゃなくて赤羽を倒したのはあんただって言うじゃないか！」
幻徳「だったらなんだ？俺を仲間に入れたのはポテトだぞ。文句があるならあいつに言え！」
青羽「なんだと？」
幻徳「どうした？俺は真実を伝えただけだろうが！」
そんな言い合いをしていた幻徳と青羽、黄羽の目の前に別の世界の最上魁星が姿を現したのだった。
別の世界の最上「ハーハッハッハ！なんだ、なんだ！揃いも揃って仲間割れか！全くファンキーな奴らだぜ！」
青羽「誰だ、お前は？」
幻徳「お前は最上魁星！なんでここにいる！」
別の世界の最上「何故かだと？それはお前を倒すために決まってるだろ、氷室幻徳！」
そう叫んだ別の世界の最上は、懐からネビュラスチームガンを取り出すとギアエンジンフルボトルを装填したのだった。
『ギアエンジン！』
別の世界の最上「ハーハッハッハ！カイザー！」
そう叫んで目の前に歯車状のエネルギーを飛ばすと共に体に装着させたことにより、カイザーリバースへと姿を変えたのだった。

カイザーリバース「どうだ？ファンキーだろ？」
幻徳「なめやがって！」
そう告げた幻徳は腰にスクラッシュドライバーを装着したのだった。そして、単独で戦いを挑もうとした幻徳の隣に現れたのは、まさかの青羽だった。
青羽「お前だけにいい格好させてたまるかよ！」
幻徳「どういうつもりだ？」
青羽「仕方が無いから俺も一緒に戦ってやるって言ってるんだよ！」
幻徳「勝手にしろ。」
『スクラッシュドライバー！』
『デンジャー！』
『クロコダイル！』
幻徳「変身…」
『割れる！食われる！砕け散る！』
『クロコダイルインローグ！』
『オーラァ！』
『キャー！』
ローグ「大義のための犠牲となれ…」

青羽「俺も行くぜ！」
そして、青羽も左腕にクワガタフルボトルを装填すると共にクワガタハードスマッシュに姿を変えたのだった。
クワガタハードスマッシュ「仕方なく組むだけだからな！」

ローグ「せいぜい足を引っ張るなよ！」
スタッグハードスマッシュ「お前がな！」
カイザーリバース「仲間割れして勝てるほど俺はファンキーじゃないぜ！」
そして、ネビュラスチームガンをローグとスタッグハードスマッシュに向かって放ったカイザーリバースに対して怒りの連携攻撃をたった一撃繰り出しただけでカイザーリバースは地面を転がるのだった。
ローグ「俺達の」
スタッグハードスマッシュ「会話の」
ローグ、スタッグハードスマッシュ「『邪魔をするな！』
カイザーリバース「おいおい、俺よりお前らの方がファンキーなのかよ！面白くないな！」
そう叫んだカイザーリバースは、パンチとキックの連続攻撃を繰り出すが、それを全て受け止めたローグのネビュラスチームガンによる連続銃撃とスタッグハードスマッシュのラプチャーシザースによる連続斬撃を食らったカイザーリバースは再び地面を転がるも、更なる反撃を繰り出すのだった。
カイザーリバース「なぜ、俺がファンキーと呼ばれるのかという意味を教えてやる！」
そう叫んだカイザーリバースは、歯車型のエネルギーを目にも止まらぬ連続スピードで発射すると無数の角度から飛んできたためかローグとスタッグハードスマッシュは、避けきれなかったために食らうと共に地面を転がるのだった。
スタッグハードスマッシュ「なめやがって！一気に決めてやる！」
そう叫んだスタッグハードスマッシュは、ラプチャーシザースによる高速切断技を繰り出すが、カイザーリバースの必殺技であるファンキードライブをカウンターで食らったスタッグハードスマッシュは変身を解除してしまうのだった。
青羽「そんなバカな！」
カイザーリバース「これが俺の必殺技、ファンキードライブだ！」
そう叫んだカイザーリバースに対してネビュラスチームガンにフェニックスフルボトルをセットしたローグは怒りの一撃を放つのだった。
ローグ「俺の怒りをなめるなよ！」
『ファンキーアタック！』
そして、巨大な火の鳥となったローグの突撃を食らったカイザーリバースは地面を転がるのだった。
カイザーリバース「貴様！」
ローグ「大義のための犠牲となれ！」
『クラックアップフィニッシュ！』
ローグ「こいつで終わりだ！」
カイザーリバース「終わるのは貴様の方だ！」
ローグの渾身の必殺技であるクラックアップフィニッシュをファンキードライブで跳ね返されたことによりローグも変身を解除してしまうのだった。
幻徳「こんなに強かったのか、最上魁星！」
カイザーリバース「ハーハッハッハ！次にあった時はもっと最高のファンキーを見せてやるからな！さらばだ！」
そう告げてネビュラスチームガンから放出された煙に包まれてカイザーリバースは姿を消したのだった。
幻徳「もっと最高のファンキーだと？一体何をする気だ、最上魁星！」
そんな幻徳の虚しい叫びをどこかで聞いていたのかどうかは知らないが、あの地球外生命体もまたひっそりと行動を開始したのだった。

石動(エボルト)「やれやれ、内海なんかに協力したせいでとんだ貧乏くじを引いた気分だぜ。さてと、俺もエボルドライバーを取り戻してエボルに変身出来るならそろそろ行動に移るとするか！」
そう告げて姿を消したエボルト。果たして彼の行動とは何なのか？それは、あまりにも早い段階で明らかになるのだった。