遡ること２０年以上前、この世界にはアンノウンと呼ばれる地球外生命体が人類を支配するために暗躍していた。アンノウンを率いていた幹部クラスの怪人、エルロードやアンノウンを倒して人類の平和を守ろうとして戦いを続けていた仮面ライダーアギトこと津上翔一、仮面ライダーG3－Xこと氷川誠、仮面ライダーギルスこと葦原涼、そして志半ばで命を落とした仮面ライダーアナザーアギトこと木野薫、そしてG4システムという未知のテクノロジーに支配された上で命を落とした仮面ライダーG4こと水城志朗。そんな犠牲もありながらアンノウンやエルロードと戦ってきた翔一達だったが最強にして最悪の敵である「闇の力」を倒すために正反対のシャイニングフォームの力を手に入れたアギトの必殺技であるシャイニングキックで「闇の力」を破壊すると共に長きに渡る仮面ライダーとアンノウンによる戦いは終わりを告げたのだった。そして、翔一はレストラン「アギト」を本格的に開店させ、氷川はG3－Xを封印したもののいつかまた使う時が来ても良いようにとメンテナンスをしていた。そして、葦原は自分の新たな人生を謳歌するかのように旅人として宛のない流浪の旅をすることにしたのだった。そして、時は流れて２０年経った現在。とある遺跡の地下深くにある謎の部屋ではかつてアギトに倒されたはずの「闇の力」が新たなエルロードを誕生させていたのだった。
闇の力「以前のエルロードはどいつもこいつもアギト達に倒されてしまい、私も一度は倒されてしまったがこうして復活を遂げているんだ。いずれ我々の形勢が逆転できないようになったらあいつらもまた復活させようとは思っているんだが、それでもよろしいかな？」
炎のエル「勝手にしろ。俺たちは一刻も早くアギトを倒せればいいんだ！」
氷のエル「そんなことで我らを召集するなど貴様も余程の暇人に思えるがいい加減貴様も力を解放したらどうだ？」
雷のエル「確かにな。貴様のように人間の姿でエルロードを語ろうとするやつは初めて見たが貴様は真の力を発揮することなく１度はアギトに敗れた。それが貴様の失敗であることをよもや忘れたわけではあるまいな？」
土のエル「確かに。我ら新世代のエルロードを呼び出す暇があったらいい加減自分のエルロードとしての体を手に入れる方法を探し出すんだな。それが出来ないうちは我らと同等などと思うなよ！」
そう告げると４人のエルロードは姿を消し、闇の力だけが部屋に残るのだった。
闇の力「貴様ら如きいつでも超えてやるから覚えておくといい。」
そう言い残すと闇の力もその部屋から姿を消すのだった。一方その頃、G3ユニットに小沢澄子と共に残留していた氷川誠は北條透専用に作ったGシリーズの最新作であるG5を遂に完成させていたのだった。
氷川「遂に完成しましたね、澄子さん！」
小沢「そうね。でもまさか氷川君がG3ユニットに残留してまでやりたかったことがこのG5を完成させるためだったとはね。」
氷川「そりゃ僕だって北條さんのためになんか作りたくなかったですよ！でもね、G3がいつ再起動できるか分からないし、尾室君のために調整しているG4だっていつ起動できるか分からないとなったら最新作を作るしかないじゃないですか！」
小沢「氷川君、後ろ。」
北條「私のためにわざわざ嫌々作っていただいてありがとうございました。氷川さん！」
氷川「あ、北條さん！そんな嫌々だなんて言ってないですよ！あ！カラーリング、見てみます？G3と北條さんが以前使用していたV1を融合させて作ってみたんです！気に入っていただければ良いんですが。」
北條「なるほど。通りでこのカラーリングを見ると懐かしく感じるのはそういう意味だったんですね。その点に関しては氷川さんには感謝してますよ、ありがとうございます。」
そんなことを話しているとGトレーラーに２０年振りにサイレンが鳴り響くのだった。
小沢「アンノウン反応よ！場所は近いわね。北條君、お願い！」
北條「了解！」
そして、G5のスーツの装着を完了した北條はガードチェイサーに乗り込むのだった。
G5「G5、出撃する！」
そして、現場に到着したG5が見たのは、街を炎で燃やしていたアンノウンだった。
G5「お前はアンノウン、いやエルロードか！」
炎のエル「いかにも私の名前は炎のエル。貴様のような猿には用はない。私が必要としているのはアギトだ！」
そう叫んで炎の杖と共に突進してきた炎のエルの攻撃を交わすと共にG5は装備の解除を指示するのだった。
G5「氷川さん、スコーピオンの解除を！」
氷川「了解！スコーピオン、解除します！」
「ソウビヲカイジョシマス」
G5「食らえ！」
そして、炎のエルに対してGM01であるスコーピオンを連射で放つもののその銃撃を受けても無傷だった炎のエルは、その杖から放たれた火炎攻撃をまともに食らってしまい、ベルトのエネルギーが早くも３つ失うことになるのだった。
氷川「北條さん！次の装備、サラマンダーを解除します！」
「ソウビヲカイジョシマス」
そして、解除コードを入力してサラマンダーを手にしたG5はグレネードランチャーを３発連続で放つも再び無傷だった。
G5「どうなってるんだよ！何が新型だ！無傷じゃないか！」
炎のエル「無駄な足掻きよ。食らえ！」
そして、再び火炎攻撃を食らったG5はベルトのエネルギーを再び３つ失うのだった。
小沢「氷川君、G5の機能が停止してしまうわ！」
氷川「まだです！デストロイヤーを解除しないと！」
「ソウビヲカイジョシマス」
そして、デストロイヤーを持ったG5は、再び炎のエルに斬撃を叩き込もうとしたものの簡単に交わされると共に逆に炎の杖による連続攻撃を食らって地面に転がると遂にベルトのエネルギーが全て消えてしまい、G5の機能は停止してしまうのだった。
G5「何とかしてくださいよ、氷川さん！」
小沢「氷川君！」
氷川「津上さんも葦原さんもいないし、G3は起動できない！一体、一体どうしたら良いんだよ！」　
すると、そんな氷川の叫びに答えるかのようにどこからかバイクの轟音が鳴り響くのだった。
小沢「氷川君、氷川君！」
氷川「なんですか？」
小沢「あれ、あれ見て！」
氷川「あれはダークホッパー？そんなバカな！あの人は２０年前の戦いで命を落としたはずなのに！」
そして、G5と炎のエルの間に止まったダークホッパーに乗っている人物がヘルメットを外した瞬間、氷川は驚くことになるのだった。
氷川「そ、そんな！なんで、なんであなたがここにいるんですか？木野さん！」
そこに現れたのはかつてアンノウンの戦いで命を落としたはずの木野薫だった。

木野「大丈夫か？氷川。」
G5「どこの誰かは知りませんが、私は氷川さんではありませんよ。」
木野「そうか。それはすまなかったな。」
炎のエル「なんだ、お前は？お前もこいつと同じ猿なのか？」
木野「何故エルロードがここにいる？津上達が倒したんじゃなかったのか？」
炎のエル「俺の名前は炎のエル。お前らが倒したエルロードとは次元が違うということを教えてやる！」
G5「気を付けてください、本当に彼は強いんです！」
木野「ほう。ならば俺も本気を出さないといけないということか。」
炎のエル「そもそもお前は何者なんだよ！」
木野「俺か？アギトだよ。お前が待ち望んでいたものかどうかは知らないがな！」
そう告げると木野は腰に専用の変身ベルトであるアンクポイントを出現させたのだった。
木野「変身！」

アナザーアギト「さあ、楽しませてもらおうか！」
今、ここに仮面ライダーアナザーアギトが復活したのだった。