今から遡ること１７年前。渋谷に落ちてきた隕石から生まれ出した地球外生命体、ワーム。そして、人類の平和を守るためにワームと秘密裏に戦う組織ゼクトはマスクドライダーシステムを開発すると共にそのシステムを使ってワームを殲滅することにするのだった。そんな中、加賀美新は俺様キャラでいちいち言うことにトゲがあるもののどこか気になってしまう謎の男、天道総司と出会うのだった。そして、そんな天道がライダーベルトを使用すると共に仮面ライダーカブトに変身した事からワームとカブトの戦いを加賀美は見届ける事になるのだった。その後、仮面ライダーザビーこと矢車想や影山瞬、仮面ライダードレイクこと風間大介、仮面ライダーサソードこと神代剣との出会いや加賀美自身も仮面ライダーガタックとして戦うことになると、人間とワームとの戦いやワームの別種であるネイティブの出現が加賀美や天道達を新たな運命へと導いていくのだった。そして、仮面ライダーキックホッパーやパンチホッパーへと姿を変えた矢車や影山、そしてネイティブとしての真の姿を明らかにしたグリラスワームこと三島の狙い、さらにはひよ里を巡るカブトとダークカブトの戦いなど物語が進むにつれて戦いは加速していくのだった。そして、最後にはカブトとガタックがグリラスワームを倒し、ダークカブトがネイティブの集団を巻き込みながら爆発したことによって全ての戦いが終結するのだった。そして、役目を終えたカブトゼクターとガタックゼクターは時空の裂け目へと姿を消し、加賀美はゼクトの隊長として再び訪れるかもしれないワームとの戦いに備えることにするのだった。一方、天道は自分の新たな世界を見つけるためにパリへと旅立つのだった。それから１７年が経った現在。加賀美は、今でも田所や岬と共にゼクトに所属しながら未だに残党ワームの追跡を行っていたのだった。
加賀美「田所さん、本当にワームが出現したらどうするんですか？ガタックゼクターはまだ封印されてるんですよね？時空の裂け目の中で。」
田所「ああ、だが必要とあればお前のために時空の裂け目からガタックゼクターを呼び出すことは可能だ。加賀美、気を抜くなよ。ワームはいつでも俺達を狙っているんだからな。」
岬「そうよ？加賀美君。ワームの大半は全滅したとしても残っている他の残党ワーム達が更なる仲間を増やそうとして人間を襲おうとしているのかもしれないしね。」
加賀美「わ、分かってますよ！そんなこと！俺がそこまで気を抜いている奴に見えてたんですか？田所さんと岬さんは！」
田所「まあな。」
岬「どちらかといえばそうなるわね。」
加賀美「もう！なんなんですか、２人とも！」
いつも通りに田所や岬にイジられていた加賀美が２人にツッコミをいれた矢先、ゼクトのパソコンに１７年振りにワームの反応が出現したのだった。
岬「ワームよ！場所はこの近くの廃工場です！」
田所「加賀美、頼むぞ。」
加賀美「はい！」
そして、バイクに乗った加賀美が現場に辿り着くと６体出現していた蛹ワームの目の前にあり得ない人物が現れたことに衝撃を受ける事になるのだった。
加賀美「三島さん！なんであなたがここに？あなたは俺と天道に倒されたはずでしょ？」
三島「久し振りだな、加賀美。だがな、俺にも分からないんだよ。俺が何故復活をしなければいけなかったのか？ただ、一つだけ分かったことがある。」
加賀美「分かったこと？」
三島「お前達旧世代のマスクドライダーシステムを倒すために新世代のマスクドライダーシステムを開発してお前らが必要ないということを証明するためにな！行け天、有美子！」
天「了解。行くで、ゆみねぇ！」
有美子「うん。簡単に蹴散らしてやるけん！」
加賀美「三島さん！あの子達は女の子じゃないですか！なんであんな子達を仮面ライダーにしたんです？女の子を戦場に出すなんてあんまりですよ！」
三島「何を言っている、加賀美。今の時代は女性も活躍する時代なんだぞ。だったら女性が戦っても別に良いとは思うんだがな。まあ、黙って見ていろ！」
三島が加賀美に向かって告げると、蛹ワームの目の前に立ちはだかった２人の女性が空に手を伸ばすと金色と赤色のガタックゼクターが現れて２人の女性の元にやって来たのだった。

天「行くで！ゴールドガタックゼクター！変身！」
『HEN-SHIN』
ゴールドガタック「よっしゃ行くで！」
三島「あれは仮面ライダーゴールドガタックだ。」
加賀美「ゴールドガタックだと？まさか！」
三島「ああ。そのまさかだ。加賀美、君のガタックゼクターを少しだけ利用させてもらったよ！あれこそ新世代のガタックだ！」
加賀美「新世代のガタックだと？」

有美子「行くけん！ギラファゼクター！変身！」
『HEN-SHIN』
ギラファ「よし！ワームなんて簡単に倒してやるけん！」
三島「そして、あっちは仮面ライダーギラファだ。」
加賀美「仮面ライダーギラファ、まさかあのライダーも！」
三島「ああ。あれも君のガタックゼクターからデータを得た新世代のガタックだよ！」
加賀美「三島さん、あなたっていう人は！」
三島「まあ、見ておけ。新世代のガタックの戦いを！」
ワーム「キシャキシャ」
ゴールドガタック「相変わらずきっしょいやつやで！」
そう叫んだ瞬間、ゴールドガタックの両肩から放たれたミサイルの一撃だけでワームを１体撃破したのだった。
ワーム「コワコワ」
ゴールドガタック「脱皮なんかさせへんからな！」
そして、ゴールドガタックに向かって走ってきたワームに対しても再び両肩から放たれたミサイルの一撃で倒すと共にキャストオフをするためにゴールドガタックゼクターの鋏部分を開くのだった。
ゴールドガタック「キャストオフ！」
『CASTOFF…CHANGE GOLD STAG-BEETLE 』
ゴールドガタック「かかってこいや！」
ワーム「グワグワ」
そして、両肩から取り出したゴールドガタックカリバーによる連続攻撃でワームを倒すことに成功した。すると、ゴールドガタックは加賀美の方にゆっくりと向きを変えるとこう告げるのだった。
ゴールドガタック「次はあんたやで！加賀美新！」
加賀美「なんだと！」
そして、ゴールドガタックが加賀美に向かって走り出そうとした矢先、ギラファが呼び止めるのだった。
ギラファ「待ってよ、天ちゃん！私もすぐ倒すから待ってほしいんよ！」
ゴールドガタック「もう！早くしてよね、ゆみねぇ！」
ギラファ「うん！さあ、かかってくるけん！」
ワーム「キシャキシャ」
そして、ギラファに向かって走り出してきたワームに対してこれまたギラファの両肩から放たれたミサイルの一撃で倒すのだった。
ワーム「コワコワ」
ギラファ「もう一発、喰らいなさい！」
そして、またもやギラファの両肩から放たれたミサイルの一撃でワームを倒すと共にキャストオフをするためにギラファゼクターの鋏部分を開くのだった。
ギラファ「キャストオフ！」
『CASTOFF…CHANGE GIRAFASTAG-BEETLE 』
ギラファ「さあ、かかってきなさい！」
ワーム「グワグワ」
そして、ギラファの目の前に現れたワームに向かって両肩から取り出したギラファカリバーによる連続攻撃でワームを倒すことに成功した。そして、ゴールドガタックに合流したギラファもまた加賀美に向かって歩みを進めるのだった。
ギラファ「お待たせ、天ちゃん！」
ゴールドガタック「ううん、大丈夫やで！さて、行こうか！」
ギラファ「次はあなたを倒す番やけん！覚悟してね。加賀美新さん！」
三島「さあ、どうする？加賀美。」
加賀美「そんなに言うなら戦ってやるよ！来い、ガタックゼクター！」
そう叫んだ加賀美が空に手を伸ばすと１７年振りに時空の裂け目からガタックゼクターが加賀美の元にやって来たのだった。
加賀美「久し振りだな、相棒！変身！」
『HEN-SHIN 』

ガタック「キャストオフ！」
『CASTOFF CHANGE STAG-BEETLE 』

そして、ライダーフォームにキャストオフしたガタックは両肩からガタックゼクターを取り出すと共にギラファとゴールドガタックに向かって走り出すのだった。
ガタック「行くぞ！」
しかし、ガタックのガタックカリバーを使った連続攻撃を繰り出すもののそれを綺麗に交わしたギラファとゴールドガタックによる連続攻撃を食らったガタックは地面を転がるのだった。
ガタック「なんだ、この力！これが新世代のガタックの力なのか！」
ギラファ「どう？思い知った？」
ゴールドガタック「これがうちらの実力やで！さあ、まだまだ行くで！」
そして、再び向かってきたギラファとゴールドガタックに対して再びガタックカリバーを手にしたガタックが連続攻撃を繰り出すがまるでパターンを理解していたかのようにギラファとゴールドガタックの連続攻撃を食らったガタックは再び地面を転がるのだった。
ガタック「くそっ、連係プレーということか。だったらどちらか一人を止めればなんとかなるはず！」
そう考えたガタックは、ガタックカリバーを合体させると必殺技であるライダーカッティングの態勢に入るのだった。
ガタック「ライダーカッティング！」
『Rider Cutting』
ガタック「食らえ！」
しかし、ライダーカッティングを食らったはずのゴールドガタックは何故か無傷だった。そして、返すようにゴールドガタックカリバーを合体させるとライダーカッティングを発動したのだった。
ゴールドガタック「お返しやで！ライダーカッティング！」
『Rider cutting』
ゴールドガタック「これでどうや！」
そして、ゴールドガタックのライダーカッティングを食らって地面を転がったガタックはそろそろ限界かもしれないと考えた事からギラファに対してライダーキックを放つことにするのだった。
『１、２、３！』
ガタック「ライダーキック！」
『Rider kick』
ガタック「ウリャー！」
しかし、またもやガタックの渾身の必殺技であるライダーキックを食らったギラファは受け止めることに成功したのだった。
ギラファ「なんだ、そんなものなんだね。だったらこっちも行くけん！」
『１、２、３！』
ギラファ「ライダーキック！」
『Rider Kick 』
ギラファ「これで終わり！」
そして、ギラファのライダーキックを食らったガタックは遂に変身解除されてしまうのだった。
ゴールドガタック「さあ、終わりやで！」
ギラファ「さよならやね、加賀美新さん！」
加賀美「チクショー！ふざけやがって！」
そして、ギラファとゴールドガタックに加賀美がとどめを刺されそうになった次の瞬間、廃工場にあの男がやって来たのだった。
？「お婆ちゃんが言っていた。俺は天の道を往き、総てを司る男。」
加賀美「おせぇよ、天道！」

天道「フッ。久し振りだな、加賀美。」
遂に天の道を往き、総てを司る男こと天道総司がパリから日本に帰ってきたのだった。