博士号を始めて今日で公式に6か月がたった。そういう区切りで少しこれまでの振り返りと、これからの目標について語りたいなと思う。

10月

主にプログラミングの基礎トレーニングと、ダウンロードできるデータを使ったシングルセル解析に取り組む。

11月

初めてのデータが入ってきたのでそれの解析を行う。引き続きコンピュテーショナルなラボのトレーニング（bash, R coding, github, etc.）。

１２月

二つ目のデータセットが入ってきたので新しいパッケージなども駆使しつつその解析を試みる。Hidden Marcov's modelを学ぶ。

1月

データ解析を終え、ウェットのラボのミーティングで発表する。初めてjournal clubに参加する。

2月

ウェットのラボミーティングで話した内容について、さらになにかできないか試みる。末にシングルセルの解析のコースを受けにベルリンに飛ぶ。

3月

2月に学んだ内容を受けてさらに解析を進める。bayesian modelling、クラスタの使い方を学ぶ。サイドプロジェクトを確立させるべくいろいろな人に話をしてみるが、面白そうだと思ったプロジェクトはウェットのラボの先生に却下されメインにはならず。おそらくもっとcancer biologyについて読んで、自分でコンピュテーショナルな手法と面白いbiologyのクエスチョンを掛け合わせたプロジェクトに仕上げていく必要があると思われる。

思えばこの6か月あっという間だったし、さほど進展が見られないようにも思えた。

ただ、プログラミングのプの字もわからない状況から、今ではRやbashでスクリプトを書くことに全く抵抗がなくなったこと、シーケンシングがどのように行われて実験デザインができるようになったこと、それから毎日新しい解析の手法が論文になってくるので、それに後れを取らないように日々論文を読むのが日常化したことなどはよかったかなと思う。

今までコンピュテーショナルなスキル獲得に大きな比重を置きすぎていたので、正直ゲノムバイオロジーにまだしっかりついていけていない自覚がある。この間のJournal clubではその克服への第一歩としてとてもbiologicalな論文を発表したのだが、よく頑張ったねというコメントと共に、1年先輩の博士号の男の子とポスドクにそろってもっとcancer biologyを読んだほうがいい、とアドバイスされてしまった。多分相当やばかったんじゃないかと思っている。

7月に1年目のレポートがあり、それを受けて始めて公式にはPhD candidateとなりうる。それまでの目標として

●　cancer biologyへの造詣を深める

●　シングルセルだけでなくて、bulkのtranscriptomic analysis, ATAC, CHIP seq analysisを自分で行う

●　シングルセルのパイプラインを作る

●　LaTexを学び、1st year reportを完成させる

というところにとりあえず四月から取り組んでいきたいと思っている。

1年目後半全体の目標としては、それに加えて

●　publicly available datasetをすべてプロセスすること

●　サイドプロジェクトの確立

を完成させたい。