江戸の町人文化が花開いた文化・文政（１８０４～１８３０年）、骨董商を営んでいた佐原キクウは、交友のあった江戸の文人墨客の協力を得て、創設しました。
開園当初には多くの梅が植えられ、その後詩経や万葉集など中国・日本の古典に詠まれている有名な植物を集め、四季を通じて花が咲く草庭となりました。百花園とは、一説では「四季百花の乱れ咲く園」という意味で付けられたとされます。