今回使用するRのパッケージは

reshape2
ggplot2
ggsci
scales

です。

パッケージがインストールされていない場合、メニューバーから「パッケージとデータ」>「パッケージインストーラ」で選択してインストールしてください。

まず、Rを起動します。
いつものように、作業ディレクトリを指定します。

> setwd("~/Desktop")
> getwd()
[1] "/Users/Shigeru/Desktop"

ライブラリを読み込みます。

> library(reshape2)
> library(ggplot2)
> library(ggsci)
> library(scales)

ここでは例として以下のようなデータをExcelで作成し、csv形式で保存しました。
ファイル名は、demo.csvとしました。

データを読み込みます。

> data <- read.csv("demo.csv")

内容を頭6行だけ確認してみます。

> head(data)
Sample Proteobacteria Acidobacteria Bacteroidetes Patescibacteria
1   S1_1           4966          2298           650             769
2   S1_2           5558          2927           536             769
3   S1_3           6003          2854           509             719
4   S2_1           4174          1311           558             441
5   S2_2           9996          4160           883            1047
6   S2_3          12041          5425          1328            1660
 Planctomycetes Chloroflexi Actinobacteria
1            618        5658           2164
2            680        7950           2244
3            667        7335           2630
4            489        4166           1439
5           1399       10808           4494
6           1932       15089           5582

これをggplot2が利用しやすい形式に変換します。

> df <- melt(data)
Using Sample as id variables

> head(df)
 Sample       variable value
1   S1_1 Proteobacteria  4966
2   S1_2 Proteobacteria  5558
3   S1_3 Proteobacteria  6003
4   S2_1 Proteobacteria  4174
5   S2_2 Proteobacteria  9996
6   S2_3 Proteobacteria 12041

積み重ね棒グラフを作成します。

> g <- ggplot(df, aes(x= Sample, y = value, fill = variable))
> g <- g + geom_bar(stat = "identity")
> g <- g + scale_fill_nejm()
> plot(g)

x軸の文字が重なってみにくかったのでアングルをつけます。

> g <- g + theme(axis.text = element_text(angle = 60))
> plot(g)

図として保存します。

> png("demo_1.png", 900, 600)
> plot(g)
> dev.off()
quartz 
    2 

菌相解析などで組成を比較したい場合には、パーセンテージで揃えた積み重ねグラフにします。

> g <- ggplot(df, aes(x = Sample, y = value, fill = variable))
> g <- g + geom_bar(stat = "identity", position = "fill")
> g <- g + scale_y_continuous(labels = percent)
> plot(g)

> g <- g + theme(axis.text = element_text(angle = 60))
> plot(g)

> png("demo_2.png", 900, 600)
> plot(g)
> dev.off()
quartz 
    2 

デフォルトのカラーはグラデーションで見づらいので、scale_fill_nejm()でカラーをつけます。
（ただし、このコマンドではデフォルトで最大8色までしか色付けされません）

> g <- g + scale_fill_nejm()
> plot(g)

> png("demo_3.png", 900, 600)
> plot(g)
> dev.off()
quartz 
    2 

カウント数を重ねずに横に並べてグラフを描く場合には、以下のようになります。

> g <- ggplot(df, aes(x = Sample, y = value, fill = variable))
> g <- g + geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")
> g <- g + scale_fill_nejm()
> plot(g)

> g <- g + theme(axis.text = element_text(angle = 60))
> plot(g)

> png("demo_4.png", 900, 600)
> plot(g)
> dev.off()
quartz 
     2 

以前紹介したような方法で、背景の透明化、枠の太さ、文字のサイズなどを変えることができます。