プライマー配列とシーケンスの綺麗に読めていない3'側の配列をトリムして結合し、キメラのチェックを行います（Qiime2.2018.6以降では、注意事項を参照）。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime dada2 denoise-paired --i-demultiplexed-seqs paired-end-demux-20180220_Kazusa.qza --p-trim-left-f 17 --p-trim-left-r 21 --p-trunc-len-f 300 --p-trunc-len-r 277 --p-n-threads 4 --o-representative-sequences rep-seqs-20180220_Kazusa.qza --o-table table-20180220_Kazusa.qza --verbose --output-dir 20180220_output

＊ --p-trim-left-f 17、 --p-trim-left-r 21は、5'側のプライマーの除去。
＊ --p-trunc-len-f 300 --p-trunc-len-r 277は、3'側のqualityの落ちた部分をカット。quality scoreは20でカットするケースが多いようです。
＊ 16S rRNA PCR amplicon V3-4 の場合、〜460 bpの長さなので、forwardとreverseで重なるようにします。

＊ Qiime2.2018.6では、--output-dir でoutput ディレクトリを指定しないとエラーが出ます。

例）以下のパラメータを上のコマンド内に入れる。

--output-dir 20180220_output 

＊ データのRead数やマシンの性能にもよりますが、Mac上で1晩〜数日かかります。

終了後、以下の2つのファイルが出力されます。

出力されたファイルの要約を作成します。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime feature-table summarize --i-table table-20180220_Kazusa.qza --o-visualization table-20180220_Kazusa.qzv --m-sample-metadata-file 20180220_Kazusa-metadata.tsv

table-20180220_Kazusa.qzv が出力されます。
このファイルを可視化します。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime feature-table tabulate-seqs --i-data rep-seqs-20180220_Kazusa.qza --o-visualization rep-seqs-20180220_Kazusa.qzv

rep-seqs-20180220_Kazusa.qzvが出力されます。

table-20180220_Kazusa.qzv ファイルをブラウザで開いてSequence depthを確認します。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime tools view table-20180220_Kazusa.qzv

Interactive Sample Detailをチェックして、Alpha Diversity解析等で必要となるSample depthをメモしておきます。

続く