結論を言うと、医師免許を取るのが最大の目的なので
他のことは小さな差でしかないとも言えるのだが

まず

病院というところは企業と違う

病院に医学部新卒で就職するわけではない。
研修はあるがあれは就職とも少し違う。学校の延長のようなものだ。本格的な就職は研修が終わった後のことである。

そもそも大企業に相当する組織がない

日本赤十字のような大組織もあるが、少なくとも医師は一括で採用されるのではない。病院ごとに独立採算制で横のつながりがないのだ。
たとえば東京の日赤から大阪の日赤に転勤、というのは、医師に関しては、ない。（他の職種は知らない）
移りたければ一旦東京の日赤をやめて、大阪の日赤に中途で応募することになる。
採用されれば入れるが、普通は採用されない。

有名な病院であっても個々の病院というのは小さな組織だ。
医者が辞めるとしても数年に１人である。
欠員を募集するのも１人、しかも同じ診療科限定だ。
地域の有力な病院はその地域に古くからある伝統校から欠員の補充をすることが多い。
いやそれどころか伝統校の医局とがっちりつながっている。

医局

医局とは病院の医師の控え室のことなのだが、医者の世界で単に医局と言えば大学病院の医局である。
通常は各科ごとに独立している。大学病院と直接関係ない解剖学教室や法医学教室などは別だが、大学病院の各科医局は医学部の各科（講座）と基本的に同一である。（医局講座制と言う）
大学医局は大学病院で働く医師が単に所属しているというだけではない。
その科の教授以下教官と大学院生、研究生、大学病院の医師なども所属しており、研究と同時に大学病院での診療、医学部学生の教育の全てを担っているのである。
また、多くは研修医などで一度入ると大学医局にずっと所属したままである。研修後の中堅医師、もっと言えば各病院の部長、院長候補も医局の教育システムに乗っているのだ。

関連病院

古くからある伝統校では、他の医学部ができる前からずっとその地域の主要病院に医師を送ってきているので、条件の良い大病院のポストはその地域の伝統校ががっちり押さえていたりする。関連病院といって特定の大学と強く結びついているところも多い。

大学病院というところは研究が主体なところであり特殊な治療をすることが多いので、ここだけで一般医療を含めた全ての業務を教えるのには無理がある。
なので関連病院に院長、各科部長、中堅医師も含め人材を送り込み、他の関連病院とも連携して異動させたり、昇任させたり、大学に戻したり（医局人事などと言っている）、あるいは大学院に行くことを勧めたり、留学させたり、など医局が中心となって総合的に教育を行っている。
地域の大きな病院というのは大学の出先機関のようになっていることがある。

大学病院はその地域の医学研究、教育の拠点であって、一般社会における大学の影響力とは段違いなのである。
そして各科の教授は当然ながらその頂点である。
教授が医局員の能力を評価するので誰をどの病院に送るか、誰を辞めさせるか、は教授が決めることになる。

だから教授には人事権がある、とこの世界では信じられている。（これは人事「権」ではないと思うのだが）

どの病院で研修を受けて、どんな役職についたかというのは当然その人の経歴になるので誰を出世させるかは教授次第ということだ。
医師の生涯教育ということでもある。若い時期の数年間だけでなく、教授自身も教授になるまで、関連病院の院長も院長になるまでこのシステムの上で研鑽してきたとも言えるのだ。大学医局というのは単に若手の医師の研修だけでなく、その地域全体の医師教育の多くを担っているのだ。

また、今は医師不足だからそんなことも言っていられなくなったのだが、医師過剰と思われていた時代は自分たちの就職先を守ろうと必死であった。
今の基準なら条件の悪いところでも昔は自分たちの大学医局で医師を回して、守ってきたのだ。
過労死してまで働こうとするのはその時代の名残という面もある。

だからたとえば日赤などでもその地域の医局人事で動いていたりするので、他地域から来た人を簡単に受け入れるようになっていない。

他大学の医局に入れてもらうこともできるが

他大学医局に入れてもらうことは可能である。

いわゆる学歴ロンダリングのようなものだが、医者の場合は少し違う。

たとえば他大学から東大の内科の医局に入ったとした場合、その後は東大の内科の医師として活動することになるが、東大の内部では他大学から中途で入ってきた人である。だからずっと微妙な扱いではある。

医局に入らない方法もある

最近は研修システムが変わったので医局と無関係に研修を受けて、その実績で有名病院に入ったり、早くから開業したり、フリー医師になったりする人がいるようだが昔の医者なので実態はよく知らない。
ただ、病院自体がどこかの大学の関連病院であって院長などの役職に就けないこともある。
専門医をとるには不利になるし（場合によっては取れない）、博士号を取るなら大学医局に所属するのは必須である。

医局というのは大きな後ろ盾でもあるし指導もしてもらえるので、今でも医局に入るメリットはあるが、入らなければ逆に大学から命じられることがないのでその分自由ではある。

そのかわりすべて自己研鑽になるから気をつけないと技術が身に付かなかったり、就職に困ったりする可能性はある。

ということで、医学部を選ぶときは将来働きたい場所に影響力が大きい大学に入ったほうが有利である。

ちなみに私は東京の出身で、地方旧帝大医学部に進み、博士号を取るためその医局に入った。
やりたい研究ができて博士号は取れたのは良かったがそれで東京の有名病院に就職できるわけではない。
東京のそういう病院は大抵東大か慶応の関連病院である。
病院を選ばなければ就職自体はできるのだが。