米政府が自民党などへの資金援助を確認した決定的な文書が、2006 年７月に国務省歴史部が発行した短い「編集ノート」だった。国務省の外交文書集『合衆国の外交、日本、1964 -68 年』はジョンソン時代の対日関係文書 140 本を公表したが、日本関係は前巻の刊行から 10 年もかかっており、機密文書の公開をめぐって内部調整が難航したとみられる。この巻にも資金援助を示す外交文書は収録されていないが、同巻は冒頭に「編集ノート」を掲げ、極めて異例な形で日本での資金工作の事実を初めて認めたのである。
『1958-68 年の 10 年間、米政府は日本の政治の行方に影響力を行使すべく４つの秘密計画を承認した。アイゼンハワー政権は、左派政治勢力の選挙での躍進の可能性が、日本の中立主義を強め、ひいては左翼政府に道を開くことを憂慮し、五八年五月の衆院選挙前に、CIA が少数の主要な親米・保守派政治家に一定の秘密資金援助や選挙アドバイスを与えることを許可した。支援を受けた候補者は、米国の企業家から援助を受けていると伝えられた。』

だが、その記述は不完全かつ中途半端な表現が目立つ。資金の提供先は「親米・保守派政治家」向けとされ、「自民党」とは書かれていない。「左派野党勢力」への支援額について「60 年は7万5000 ドル」と「限定的な額」を明記しているが、保守勢力への支援額はそれをはるかに上回るはずなのに明記されていない。文章構成も奇妙で、冒頭で「４つの秘密計画を承認した」としているのに、①親米・保守派政治家の支援②左派野党勢力の分裂工作③各層有力者への働き掛け―の３つしか書かれていない。ＮＹタイムズのティム・ワイナーは「編集ノート」の記述について、「注意深い文言で書かれ、CIA が今日の時点で認めうるぎりぎりの内容」と形容し、「CIA、国務省、および国家安全保障会議関係者と行ったインタビューによれば、４件目は岸に対する支援である」と書いている。

米国の法律では、「30 年ルール」に沿って、作成から 30 年前後を経た外交文書は原則的に公開されるが、冷戦終結後の 1990 年代、対日関係文書の解禁問題をめぐり激しい論争が政府部内であったことはあまり知られていない。

日本側は「大使館に照会があった場合は『インテリジェンスに関するものでありコメントできない』という線で回答してほしい」と、米側のメディア対応について具体的に注文した。さらに、自民党の森幹事長が既に、資金援助の事実関係を否定するコメントを発表しているので、米側もこの点を踏まえて対応するよう要望したという。日本側はさらに、「これ以上悪いものはないのか」と資金援助問題が拡大することへの懸念を示し、米側は「今回の文書が最も悪いものだと想像する」としながら、米国内で関係文書の公開範囲を広げるべきだとの意見が強まる可能性があると指摘した。
朝日の報道も同様の内容だが、朝日は、同席していた外務省幹部が席上、「臨時国会での予算委員会が始まることもあり、問題をこれ以上荒立てないよう配慮してほしい」と発言し、米側に資料公開やマスコミ対応で慎重さを求めたと伝えた。

歴史外交文書諮問委員会委員を務めるシャラーは、諮問委員会で争点の一つになったのは、50－60 年代の資金提供を裏付ける文書約 10 点の取り扱いだったと指摘した。
シャラーによれば、歴史家ら約 10 人の委員の総意は、「資金提供に関するすべての文書を機密解除して収録すべきだ」との意見だった。ところが、政府側との非公式折衝を通じ、CIA が強硬に公開に反対した。国務省も「日本の外務省が在日米大使館を通じ、政治的立場がある関係者が生存しているなどの理由で文書公開に反対している」と伝えた。

日本外務省が 80 年代から既に、50 年代後半の日米安保条約改定交渉など広範囲にわたる日米関係の公文書を非公開にするよう要請していたことは、『西日本新聞』が報じていた。同紙ワシントン支局が情報公開法に沿って入手した「機密解除に関する日本の申し入れ書」に書かれている。(中略)
文書によると、日本側が非公開にするよう求めたテーマは、①核兵器の持ち込み、貯蔵、配備ならびに在日米軍の配備と使用に関する事前協議についての秘密了解②刑事裁判権③ジラード事件④北方領土問題⑤安保改定をめぐる全般的な討議―の５点で、米側は、①と②については「引き続き公開禁止を続ける」と約束しながら、③、④、⑤については日本側の要請を拒否した。
アンバックはこの中で、「われわれは広範囲にわたる際限のない不開示要請には同意できない」「不開示なら、外交史料集刊行などに深刻な問題を引き起こす」「（日本側の要請を）すべて受け入れれば、関係する２巻のうち、１巻は全体の約３分の１、残る１巻は 60％以上の分量が影響を受ける」「これは米政府による情報公開を外国政府が統制できるのかという根源的な問いを提起している。答えは明らかにノーだ」と強い不快感を示した。米側の回答は 87 年８月までに日本大使館に伝えられたという。
３ページの文書には「すべての同盟国・友好国の中で、日本が最もわれわれの外交記録の公開政策に非協力的だ」という記述もあったという。