サブスタ上で塗ったレイヤーのうち、透過させたいレイヤーにOpacityを追加し、値を1にする。

一番下のレイヤーに塗りつぶしレイヤーを追加し、Opacityの値を0に

Blender上で以下のようなシェーダーを構成する。

フィルムの透過にチェック

ブレンドモードをアルファブレンドへ

透過できた！