[プログラム・コード公開] コピペだけで実用的かつ実践的な主成分分析 (MATLAB, R, Python)


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なおご要望に応じて、プログラムの一部は以下のようになります。

仕事や研究で主成分分析 (principal component analysis, PCA) をする必要のある方もいらっしゃると思います。PCAの実用的方法はこちらに書きました。

しかし、PCAのやり方はわかってPCA自体のソースコードはあっても、実際にPCAができるようになるわけではありません。ネットでPCAのプログラミングを説明しているページはいくつもありますが、実際に自分の手でPCAを行うには、いくつものページを調べる必要があり一手間かかります。

そこでコピペするだけでPCAを実行可能なプログラムを記載しました。以下に示す形式のデータ(data.csv)さえ準備すれば、MATLAB もしくは R もしくは PythonでPCAが可能です。

●必要なもの

データのcsvファイル [data.csv] (下図のように、一番上が変数の名前、一番左がサンプルの名前です。サンプルの名前と変数の名前はすべて異なるものにしてください。)


例としてRによる実行結果を下に示します。MATLABやPythonでも同様の結果が得られます。主成分スコアが”ScoreT.csv”というファイルに保存されます。


MATLAB、R、Pythonで必要な物はそれぞれ以下の通りです。

*MATLABをお使いの方が必要なもの
MATLAB
[こちらではR2016aです]
(ツールボックスは必要ありません)

*Rをお使いの方が必要なもの
RStudio [こちらではVersion 0.99.879です]

*Pythonをお使いの方が必要なもの
Spyder
[こちらではAnacondaのPYTHON 3.5をインストールしました。Spyder 2.3.8です]

特にRやPythonの環境は無料で準備できるためおすすめです。もちろんPCAからスタートしてさらにプログラミングを進めたいと考えている方にもぜひ利用していただければと思います。
MATLAB、R、Pythonの3つのプログラムは有料コンテンツとして記載します。有料ではありますが、どれもコピペすればこちらに記載したPCAがすぐに実行可能です。みなさまからいただいたお金はこれからの研究資金として使用させていただきます。サポートしていただいた皆さまにお礼申し上げます。

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