[プログラム・コード公開] コピペだけで実用的かつ実践的な階層的クラスタリング (MATLAB・R・Python)

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なおご要望に応じて、プログラムの一部は以下のようになります。


仕事や研究で階層的クラスタリング (クラスター分析) をする必要のある方もいらっしゃると思います。クラスタリングの実用的方法はこちらに書きました。

しかし、階層的クラスタリングのやり方はわかって階層的クラスタリング自体のソースコードはあっても、実際に階層的クラスタリングができるようになるわけではありません。ネットで階層的クラスタリングのプログラミングを説明しているページはいくつもありますが、実際に自分の手で階層的クラスタリングを行うには、いくつものページを調べる必要があり一手間かかります。

そこでコピペするだけで、最初にクラスター数を入力することによりウォード法による階層的クラスタリングを実行可能なプログラムを記載しました。以下に示す形式のデータ(data.csv)さえ準備すれば、MATLAB もしくは R もしくは Pythonで階層的クラスタリングが可能です。

●必要なもの

データのcsvファイル [data.csv] (下図のように、一番上が変数の名前、一番左がサンプルの名前です。サンプルの名前と変数の名前はすべて異なるものにしてください。)

例としてRによる実行結果を下に示します。MATLABやPythonでも同様の結果が得られます。各サンプルのクラスター番号が”ClusterNum.csv”というファイルに保存されます。

MATLAB、R、Pythonで必要な物はそれぞれ以下の通りです。

*MATLABをお使いの方が必要なもの

MATLAB [こちらではR2016aです]

(ツールボックスは必要ありません)

*Rをお使いの方が必要なもの

RStudio [こちらではVersion 0.99.879です]

*Pythonをお使いの方が必要なもの

Spyder [こちらではAnacondaのPYTHON 3.5をインストールしました。Spyder 2.3.8です]

特にRやPythonの環境は無料で準備できるためおすすめです。もちろん階層的クラスタリングからスタートしてさらにプログラミングを進めたいと考えている方にもぜひ利用していただければと思います。

MATLAB、R、Pythonの3つのプログラムは有料コンテンツとして記載します。有料ではありますが、どれもコピペすればこちらに記載した階層的クラスタリングがすぐに実行可能です。みなさまからいただいたお金はこれからの研究資金として使用させていただきます。サポートしていただいた皆さまにお礼申し上げます。

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