T「時に、西暦2015年」

○水没しているビル郡

第三使徒「サキエル」水の中を進んでいる。

戦車隊、サキエルを待ち構えている。

サキエル浮上。

N「特別非常事態宣言が発令されました」

○無人の駅

T「全線運転中止」

○無人の町

葛城ミサトが運転する、青い車が走っている。

ミサト「よりによって、こんな時に見失うなんて」

車の中には「イカリシンジ」の写真が置いてある。

○公衆電話

シンジ（14）何処かに電話しているが、電話が通じない。

シンジ、ミサトの写真を見る。

T「私が迎えにいくから待っててネ♡」

シンジ、腕時計を見て、シェルターに向かおうとする。

一瞬、制服の綾波レイ（14）が登場する。

シンジ、電柱に止まっていた白い鳩に気を取られる。

レイいなくなる。

戸惑うシンジ。

爆風。

耳をおさえるシンジ。

航空隊のヘリを追いかけるサキエル登場。ビル郡よりも大きい事が分かる。

驚くシンジ。

○ネルフ本部

冬月「15年ぶりだね」

碇ゲンドウ「ああ間違いない。使徒だ」

タイトル「第壱話　使徒、襲来」

○市街地

航空隊のヘリがサキエルを火器で攻撃するが、足止めできない。

シンジ戦いに巻きこまれ倒れると、ミサトが車で助けに来る。

ミサトとシンジ、戦いから車で逃れる。

航空隊や、戦車部隊のミサイルをサキエルに発射するがびくともない。

○ネルフ本部

苛立つ三人の国連参謀達。

冬月「やはりATフィールドか」

ゲンドウ「ああ、使徒に対して通常兵器では役に立たんよ」

緊急の電話が鳴る。

参謀「わかりました。予定どおり発動します」

○市街地

サキエルから遠のく、航空部隊。

ミサト、車の中から双眼鏡でサキエルを覗いている。

ミサト「N2地雷をつかうわけ？」

ミサト、シンジを抱きかかえて伏せる。

大きな爆発。

サキエル、光にのみこまれる。

爆発の衝撃でミサト達の乗る車が倒れる。

○ネルフ本部

喜ぶ参謀達。

○市街地

倒れた車を起こすミサトとシンジ。

○ネルフ本部

サキエルの生存を確認。

落胆する参謀達。

○車の中

ミサト、シンジを乗せてネルフ本部へ向かう。

○市街地

サキエル、傷を自動で修復中。動かない。

○ネルフ本部・地下

車、リフトで移動する。

シンジの父親がネルフ本部で働いていることが分かる。

○ネルフ本部

国連からゲンドウへ作戦の指揮が移り、三人の参謀居なくなる。

冬月「どうするつもりだ？」

ゲンドウ「初号機を起動させる」

○ネルフ本部・地下

・回想

幼い子供の頃のシンジ、一人で泣いている。

ミサトにIDを渡すシンジ。

T「来い碇ゲンドウ」

ミサト、ネルフのマニュアルをシンジに渡す。

不安になるシンジ。

ジオフロントが見える。

CM

○ネルフ本部

シンジを連れてネルフ本部で迷うミサト。

○初号機・置き場

赤城リツコ登場。

○エレベーター

ミサトがエレベーターを降りると、リツコとはちあわす。

リツコ「葛城一尉」ここで、ミサトの階級がわかる。

○ネルフ本部

碇ゲンドウ、初号機の場所に向かう。

冬月「三年ぶりの再会か」

○ネルフ本部・リフト

初号機の場所に向かうリツコ、シンジ、ミサト

○初号機・置き場

初号機を見るリツコ、シンジ、ミサト。

ゲンドウ登場。

ゲンドウ「久しぶりだな」

シンジ、ゲンドウから目をそらす。

ゲンドウ「出撃だ」

ミサト「パイロットがいないわよ」

リツコ「碇シンジくんあなたが乗るのよ」

ミサト怒る。

ミサトを説得するリツコ。

ゲンドウとシンジのやりとり。

シンジ、初号機に乗るのを嫌がる。

冷たくするゲンドウ。

○市街地

サキエル、ネルフ本部に攻撃する。

○ネルフ本部

揺れるネルフ本部。

シンジを説得する、リツコとミサト。

シンジ顔をそらす。

ゲンドウ「冬月、レイを起こしてくれ」

シンジ、自己嫌悪になる。

シンジ「いらない人間なんだ」

包帯だらけの綾波レイが、移動式のベットで運ばれてくる。

○市街地

サキエル、ネルフ本部に再び攻撃する。

○ネルフ本部

建物が壊れ、シンジに壊れた一部が飛んでくるが初号機が腕で防ぐ。

パイロットがいないのに、初号機が動いた事に驚くネルフの人間達。

リツコ「まさか、動くはずないわ」

ミサト「いける」

レイ、ベットから倒れる。

シンジが抱きかかえると、手が血でべっとりとしている。

シンジ「逃げちゃだめだ」

シンジ感情の高まり。

シンジ「僕が乗ります」

○初号機内

制服のまま、初号機に乗り込むシンジ。

オペレーター「エントリープラグ注水」

オレンジ色の水に体を覆われるシンジ。

シンジ「なんですかこれ」

リツコ「大丈夫、肺がLCLで満たされれば、直接酸素を運んでくれます」

シンジ「気持ち悪い」

ミサト「我慢しなさい、男の子でしょ」

オペレーター「初期コンタクト全て問題なし」

リツコ「いけるわ」

ミサト「発進準備」

初号機、射出口へ移動。

○ネルフ本部

リツコ「発進準備完了」

ミサト「かまいませんね？」

ゲンドウに支持を仰ぐミサト。

ゲンドウ「もちろんだ」

ミサト「発進」

初号機、射出口から発進する。

○市街地

初号機、サキエルと対面する。

終