実は３つの方法があります。
それは訂正申告、修正申告、更正となります。
延滞税が掛かってくる場合もありますので注意が必要です。

訂正申告（ていせいしんこく）

訂正申告は、自分の過失によって確定申告書に誤りがあった場合に、その誤りを修正するために行われる申告です。つまり、本来記載すべき内容を誤って記載してしまった場合に、正確な情報を提出するために行われるものです。訂正申告によって納税額が増加する場合には、追加で納付する必要があります。訂正申告は、申告期限内に行います。

修正申告（しゅうせいしんこく）

修正申告は、自分が提出した確定申告書に誤りがあることを後から気付いた場合に行われる申告です。主に確定申告書を提出した後で､税額を少なく申告していたことに気付いたときは､修正申告をして正しい税額に修正し本来支払うべきであった税金を納めます。ただし、申告期限を過ぎた場合には、修正申告はできません。修正申告によって新たに納める税額は、修正申告書を提出する日（納期限）までに、延滞税と併せて納めてください。

なお、過少申告加算税がかかる場合があります
税務署の調査を受けた後で修正申告をしたり､更正を受けたりすると､新たに納めることになった税額のほかに､その税額の10％（場合によって15％）の過少申告加算税又は35％（場合によって40％）の重加算税がかかります。

更正（こうせい）

更正は、税務署に提出した書類に誤りがあった場合に、その誤りを修正するために行われるものです。つまり、確定申告書の提出前に発見した場合に行われる訂正や、税務署が行った調査によって判明した場合に行われる修正申告とは異なり、税務署に提出した書類に誤りがあることが後から判明した場合に行われます。更正は、税務署に提出した書類に誤りがあった場合に限り、随時行うことができます。

以上が、訂正申告、修正申告、更正の違いについての説明となります。
期限内に訂正できるのが一番良いのですが、税金を多く収めたケースのほうが延滞税からは回避できますね。