久しぶりの執筆で何を書けばいいのか全く分かりませんが、ぼちぼち書いていきます。
よくスネーク有利と言われるスネークメタナイトですが、スネーク側もなかなか対策に骨が折れるキャラです。
僕が中堅スネーク使いの頃は、いや今でも警戒しているキャラになりますね。

ニュートラル

メタナイトの最大の武器はダッシュからの速い差し込みと即死コンボです。
スネークの緩慢な動きでは差し合いを成立させるのが難しく、どこかで技を引っ掛けられて復帰阻止あるいは即死コンボに持ち込まれてしまいます。
よってニュートラルの目標は密着拒否、手榴弾やC4での与ダメージを狙っていきます。
使うセットアップは手榴弾ニキータ（余裕があるため）、2個生成、たまにＮ投げを混ぜつつ一辺倒にならないような飛び道具の出し方をしましょう。
1発でも相手に被弾すればストレスは倍増しますので、なかなか当たらなくても大丈夫です。

近接

メタナイトの素早い動きを制限したい近接ですが、対地と対空を同時にこなすのはいくら手榴弾を2つ出せると言っても困難。

僕の場合スネークが対空をするにはジャンプ空N、空後などあまり強力ではなくリスキーな技構成になっているのに対し、対地では下強や空下など迎撃に秀でた技が揃っていることに着目しました。
よって手榴弾手前投げや地上下投げ、上スマ、台上C4などで対空をこなし地上におびき出す立ち回りが対メタナイトの主な指針になります。
台上や台下を上手く移動しながら技に引っかからないよう警戒して動きましょう。
常にC4が近くにある状況を作り、起爆時間を気にしつつC4に守ってもらいます。
目立った使用セットアップは手榴弾下強、手榴弾キャッチ→空ダ落とし、手榴弾即キャッチ手榴弾生成空ダ落としなど。
手榴弾を持ったまま上投げされると死。

撃墜に関しては下投げ横強、C4、その場回避上強など。ダッシュ掴みをその場回避して差し返せればあなたは立派なスネーク使い。

対地の警戒点

対地で迎撃していく流れになった時、警戒すべきメタナイトの技やコンボは何でしょうか。
・DA
ヒットすると色々とマズイキック。
・ダッシュ掴み
掴まれると色々とヤバいグラッピング。
・（対空の分野ですが、特別枠として空N）
掴み、DAなどに派生。
・（横スマ置き、びっくり下B）
スネークのDA突っ込みに対して待ち構える形で横スマをためてくる場合がほとんど。焦らず対応すべしなんですが、下Bに関しては反応勝負になりますね。

空Nに関しては手榴弾で対空してなんとかなりがちで、降り空Nで突っ込んできたらガーキャン空下で対応可能です。
透かしつかみも予想しておきましょう。
残りのDAとダッシュ掴みですが、手榴弾があるなら下強（無い場合ダッシュが速すぎてすり抜けられる時があり危険）
たまにダッシュ空下をするとガンダッシュに刺さります。
DA差し込みはあまり狙わないですね。相手は差し返しが得意な上リスクリターンも見合っていません。

着地狩られ

メタナイトの着地狩りでまず怖いのは上Bだと思いますが、僕はなるべく最後まで回避を吐かないようにして読み合いをします。
ある程度離れていれば反応して回避もできます。
読み合いをせずなるべく間合いの外で着地するのが理想形ですので、着地の際に空中ではメタナイトから離れるような慣性の付け方をしてください。
スネークが浮くとどんな場面でもメタナイトの展開力も加味して窮地に立たされがちですので、セットアップや密着拒否の場面ではなるべく地上べったりで対応するよう心がけてください。

まとめ

スネーク側のセットアップミス、着地の上手さ、近接の技選択の正確さ等基礎的な練度があってこそ体力差あるいは飛び道具の強さを生かせるマッチアップと言えるでしょう。
即死の可能性をまとった素早いキャラに焦らず対応し続けるのはハードルが高いですが、スネーク使いとして対策していませんとは言えないキャラの1人ですので根気強く対策しましょう。
（豆知識 108%弱根本→横強、125%横強、142%横強が確定。）
まんまるボディのおかげで下投げが有効ですね。

僕と2000メタナイトのわにぱちさんの対戦配信

（URL貼れませんでした）