バーコードバトラー
COMモード
1人用。読み込ませたキャラクターを使ったコンピュータRPG風のモードで、本体ROMに内蔵された敵（全10面、各面に6体ずつ配置されているので総勢60体）と戦う。
キャラクターはゲーム開始時に読み込ませる主人公のみ。

B1モード
1人用。COMと戦闘システムは似ているが、敵が内蔵データではなくプレイヤーが読み込ませたカードのデータという点で異なる。
COMモードをクリアすると表示される「パスコード」でデータを引き継いだ上で戦うことが前提。

B2モード
フリー対戦モード。その場で読み込ませたカードを使い、コマンド入力は両者ともマニュアルで行う。アイテムはそれぞれ1個ずつ使える。
アイテムを使う代わりに他のキャラと「合体」もでき、その場合は両者のパラメータが合算されるが、ある条件を満たさないと合体できなかった。
COMモード用の主人公カードの場合、パスコードを入力してパワーアップした状態で戦わせることもできる。

この他、画面に「B3モード」なる表示も存在しており、攻略本でもその存在に触れられてはいるが、実際は選択することができず、どのようなモードであるのかも謎となっている。

バーコードバトラー II
C0モード
前作のB2モードの発展型。前作と異なり、どのキャラも無条件で合体が行えるようになった。

C1モード
前作のCOMモードの発展型。キャラクターカードは「戦士」と「魔法使い」のペアを主人公として入力する。専用カード以外を読み込ませることも可能となったが、その場合は他のモードより弱くなる。今回は本体にデータセーブが行える。
敵カードは本体同梱の全6体だが、980円程度で1ストーリー分の追加カードが計3種類販売されていた（「専用カードソフト」と呼称）。専用カード以外（一般商品などのバーコード）も敵として出現させることができる。


C2モード
前作のB1モードに相当。C1モードとのシステムの違いも、前作のCOM・B1の違いとほぼ同じ。
カードソフトは前作より増えており、『スーパーマリオワールド』や『ゼルダの伝説 神々のトライフォース』、『ドラゴンスレイヤー英雄伝説』といった各種キャラクターものも発売された。

子供達の間に熱狂的に迎えられ、小学館の『月刊コロコロコミック』に「バーコードファイター」や学習雑誌の小学1 - 3年生にバーコードバトラーを題材とした作品が連載されるに及び、全国の玩具店では対戦のイベントが行われた。イベントでは限定カードが配布されバーコードバトラー本体には付属されていなかったチャーハン帝、チャーシューファンやデンターラ等が配布された。(後にチャーシューファンとデンターラは小学館の雑誌で騎士フラッペのカードと一緒に再配布された。)また、エポック社から定期的にバーコードバトラー新聞を購入することもできた。

しかし、悪意ある大人が“強いバーコード”を生成し、無知な子供に販売する、店の商品からバーコードのみが切り取られるなどの問題も発生した。また、攻略本によっては複数のバーコードを継ぎ合わせたり、さらにパソコンソフトを使うことで思い通りのバーコードを作る方法を紹介していた。

バーコードの解析が進んだことで「どんな能力のキャラが出て来るか分からない」という楽しみが失われ、類似品とのシェアの食い合いを避けられるだけの独自性の確立が出来なかったこともあって、1993年頃にはほとんど話題に挙がらなくなった。

ヒットが終息してしまった理由はいくつかあるが、最も大きな原因はブランド価値の維持ができなかったところにある。遊戯王であれば対戦ルール運用やコラボの可否、ポケモンであればゲームの難易度やアニメ視聴者層の調整など、長続きしているトイビジネスはブランディングを非常にうまく展開している。

「しかしあれだねえ」と嘆息しながら妻は言った。「この対戦、全然面白くないな」

核心を突かれてしまった。（うすうす気付いてはいたが）対戦に戦略性がなさすぎて、両者ともただポチポチするだけで終わってしまうのだ。楽しさが最高潮を迎えるのは、カードを読み込ませてステータスが表示される瞬間である。そのあとは消化試合の雰囲気すら漂う。

数字だけを見て楽しむのは、かなりの想像力を必要とする。このゲームを本格的に作るとしたら、きっと読み込ませたカードに応じてキャラクターが自動生成されて、戦闘にも派手なアニメーションが付くだろう。現代人は、リッチな表現に慣れすぎてしまった。