Siv3Dは、何もしない状態ですとWindowサイズを変更できません。Windowのデフォルトサイズを設定し、ユーザがWindowの大きさを変更できるようにします。この時、Sceneのアスペクト比を固定されるようにします。

	Scene::SetResizeMode(ResizeMode::Keep);
	Window::SetStyle(WindowStyle::Sizable);
	Window::Resize(640, 480);

多くのプロジェクトにおいて、Windowの設定は上記のものを採用するのではないかと思います。

参考