ざっくり1週間ほど触ってみて気になった箇所をまとめてみます。
ひとまずKebelaは会社に合わなさそうということで対象から外しました。

お気に入り機能

esaはスターとウォッチがつけられます。
どちらも右上のアイコンから飛べるのですが、左ペインがスッカスカなのでどうせならそっちにおいてほしかったなぁ、、、
kibelaはいいね！ができますがお気に入りはない様子。
Docbaseはスターをつけられて左下にまとめて見ることができます。

あとピン留め機能はesa以外にはありますね。esaはREADME.mdがほぼそれで、必要な情報を1箇所に集中させる必要があります。

インポート/エクスポート機能

インポートが一番対応してたのが意外とQiita Teamでした。どのサービスも対応してた。でもごめんそれは見てないわ。
エクスポートがesaのみ非対応。他は対応してるけどDocbaseのみMarkdownとJSONを対応しているのでより多くの情報をエクスポートできますね。
kibelaとDocbaseは相互でインポート/エクスポートが可能だったので、esaもそのあたり充実してるとよかったですねぇ。

通知機能

投稿した記事にコメントついた時などはどこも通知機能がありましたが、記事が投稿されたら通知を出してくれるのはDocbaseだけでした。
うーんこれだけでも弊社はDocbaseにしそう。。今の社内掲示板もわざわざ見に行かないといけないの面倒くさいんだよねぇ。。

編集の難易度

難易度というかMarkdownなれてない人でもとっつきやすいかどうかですね。
これはDocbase＞esa＞kibelaでした。esaシンプルだなーと思ったらkibelaもっとシンプルすぎた。。
Markdownなれてない人が多い会社だとDocbaseのほうがいいかもしれません。

限定記事の作成について

esaでやり方がわかりませんでしたが、触ってるウチにやり方分かりました。
別チーム作って、それぞれ参加者＝閲覧可能者って感じで振り分けていけば大丈夫のようです（MAX10ですが）。料金は連結決済で相殺。
一方kibelaとdocbaseは1つのチーム内にグループを作る感じなんで馴染み深いですね。
アクセス権限を考えるとesaの方がきっちり分かれるので情報漏洩はなさげですが、一括で全部見ることができないのであれこれと情報が分散しそう。
投稿の通知がないので結局色々を見に行かないといけないのはマイナスかなー。

統計情報について

esaとdocbaseはgoogleアナリティクスで詳細を確認できますが、kibelaは監査ログこそあるものの情報がどの程度扱われているのかがわからないですね。
必須というわけではないですが、どのページが一番見られているのかなどわかると次に生かしやすいので、あるに越したことはない機能です。