『涼宮ハルヒの憂鬱』 : 一巻丸々「涼宮ハルヒの憂鬱」
テレビアニメ(※1)の番組名としても用いられている他、第1話から第6話のタイトルが「涼宮ハルヒの憂鬱I」～「涼宮ハルヒの憂鬱VI」。
また、コミックは「涼宮ハルヒの憂鬱」第1巻～第20巻となっている。

『涼宮ハルヒの溜息』 : 一巻丸々「涼宮ハルヒの溜息」
テレビアニメの第20話から第24話のタイトルが「涼宮ハルヒの溜息I」～「涼宮ハルヒの溜息V」。

『涼宮ハルヒの退屈』: 短編集で、うち一話が「涼宮ハルヒの退屈」
ザ・スニーカー連載時の短編は、「涼宮ハルヒの退屈　〇〇」との表記になっていた。(例: 「涼宮ハルヒの退屈　笹の葉ラプソディ」「涼宮ハルヒの退屈　編集長★一直線！」)(※2)
また、テレビアニメの第7話のタイトルが「涼宮ハルヒの退屈」。

『涼宮ハルヒの消失』 :一巻丸々「涼宮ハルヒの消失」
劇場用アニメのタイトルが「涼宮ハルヒの消失」。

『涼宮ハルヒの暴走』:短編集で、巻名と同じ話は無い。
『涼宮ハルヒの動揺』: 短編集で、巻名と同じ話は無い。
『涼宮ハルヒの陰謀』: 一巻丸々「涼宮ハルヒの陰謀」
『涼宮ハルヒの憤慨』: 中編集で、巻名と同じ話は無い。

『涼宮ハルヒの分裂』 :一巻丸々「涼宮ハルヒの分裂」
次巻の「驚愕」と章番号が継続しており、巻としても独立していない。

『涼宮ハルヒの驚愕』 :一巻丸々「涼宮ハルヒの驚愕」
角川スニーカー文庫版では「(前)」「(後)」の 2 冊構成、角川文庫版では 1 冊構成(前・後には分かれていない)。

『涼宮ハルヒの直観』: 短編、中編、長編が一つずつ。巻名と同じ話は無い。

纏めると…
・一巻丸々 → 6 巻(分裂/驚愕も込みで)
・収録している短編/中編/長編に同じタイトル有り → 1 巻
・収録している短編/中編/長編に同じタイトル無し → 4 巻

※1: テレビアニメは2009年版を基準としている。
※2: 【非公式】涼宮ハルヒの覚書様から情報提供戴きました。ありがとうございます。