Goodnote6にしなくても5の文字変換でも数式が書けるのではないかという疑問ですが、数式変換の方が断然綺麗に変換できることがわかりました。

どちらもy=1/2x+3を変換してみましたが、結果はこのようになりました。
文字の書体もそうですが、数式では分数を使ったり、特殊な文字も多いので数式をしっかりした形で書きたい場合は数式変換にしないと思ったものは出てこないですね。
数式変換を使って大体思い通りのものが出来上がるのですが、方程式はちょっと不満が残りますね。

「＝」の等号が縦に揃わないことが不満。