自作メガドライブミニのコントローラーはどうなってるのか？
普通にUSBのI/Fです。
USB接続のコントローラーなら使えます。

「MEGAPiケース」付属のコントローラです。
メガドライブのファイティングパット6B似です。

このコントローラーの注意点としてXInputとDirectInputの両方に対応していてデフォルトが「XInput」になっています。
このままだとXbox360のコントローラーとして認識されてしまうので「C」と「Z」ボタンが反応しません。
なのでDirectInputにして接続する必要があります。

DirectInputにするにはYボタンを押しながら接続です。
この操作は1度やれば2回目以降はいりません。

DirectInputにして接続した場合のキーアサインは「RetroPie」公式サイトにある通りです。

メガドライブ完全互換機の「Mega Sg」の為に作った？「8Bitdo M30」($29.99)もかっこいいです。
bluetooth接続ですがUSB接続も可能です。