以下のようなDEMのラスターデータがあるとき，例えば標高100m以下を除外した場合，色々やり方があるかと思いますが，以下のやり方がデータ数も少なく楽かなと思います．

ツールボックスより「区分表（テーブル）で再分類」を実施します．

再区分の区分表（テーブル）を開き，削除したい値の範囲を入力し，再分類後の値を-9999とします．

データがない場合のnodata値が-9999になっていることを確認し，実行します．

以下のように，指定した値の範囲（今回は100以下）がnodataとなり，削除されています．