むしゃちっち

ネットワーク分析を社会に応用することに関心があります。

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ネットワーク分析を社会に応用することに関心があります。

AliView で遊んでみた

ゲノムシークエンスから得られた結果（ATGCで構成された列）からどうやって、系統樹を作ってるのだろうと長年不思議に思っていました。コロナで色々な系統が出てきていますが、系統樹についても理解を深めたいと思っていたところ、色々なソフトウェアが自由に使えることを知り、折角なので少し勉強してみました。 色々勉強していくうちにまずは、ゲノムシーケンスから得られた結果をもとに、系統樹を作るためには、まず複数のサンプルの配列の結果を整列させる必要があります。この作業はアライメントと言い、

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    • コロナの時代の分配

      ここしばらく「ネットワーク」という言葉が入っている本を片っ端から読み散らかしています。今回は、経済セミナー「ネットワーク科学と経済学」特集号のうち、「中心性を使った感染症の制御」（小蔵正輝著）を読み、効果的なワクチンの分配に「友情のパラドクス」を使っていることを知ったので、そもそも「友情のパラドクス」とは何か、そして関係しそうな論文を見つけたので紹介します。 友情のパラドクス 「友情のパラドクス」とは、自分より友達の方が平均的に多い友達を持っているという現象を指します。ネ

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      • ネットワークのモジュラー中心性を調べてみた。の続き

        こんばんは。今回は「ネットワークのモジュラー中心性を調べてみた。」の続きになります。今回は、Latexの使い方に慣れきたので数式を文章に加えてみました。 重み付けのモジュラー指標 $${\alpha_{w}(v_{i})}$$ 論文で紹介されている４つ目の指標$${\alpha_{w}(v_{i})}$$になります。名前は、Weighted Modular Measureを直訳したものです。 $$ \alpha_{w}(v_{i}) = (1-\mu_{Ck})\bet

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        • 「感染症の数理モデル（増補版）」で式の間違いっぽいのを見つけた

          こんばんは。最近、「感染症の数理モデル（増補版）」（培風館）の「感染症の確率モデルと複雑ネットワーク」で、もしかして間違いではないかなと思うところがあったのでつらつら書いていきたいと思います。 人生の中で、何度チャレンジしても読むのを諦めてしまう本が幾つかあります。「ドグラ・マグラ」、「百年の孤独」、「騎士団長殺し」。 そして、この「感染症の数理モデル」も、初版の頃から何度も第一章で挫折してきました。なので関心のある章の関心のある節だけ読むことにしました。ちょうどネットワ

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          ネットワークのモジュラー中心性を調べてみた。

          こんばんは。最近、「Centrality in modular networks」という論文を読んで、その中に、モジュラー中心性を求めるアルゴリズムが記載されていました。そのため、Chat GPTを利用しながら、このアルゴリズムをRのコードに書き直し、トイモデルで実験しました。自分の整理を兼ねて数回に分けてAlgorithm 1: Generic computation of Modular centralityのコードを掲載していこうと思います。 背景 （疫学に興味があ

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          ネットワークのモジュラー中心性を調べてみた。

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