ぶるーく

ニューヨークでポスドク研究者をしています。 研究はまったりゆっくりマイペース。

ぶるーく

ニューヨークでポスドク研究者をしています。 研究はまったりゆっくりマイペース。

Ensemble ID→Gene ID

＊「ENSMUST」で始まるマウスのEnsemble ID用です。 biomaRtを用いて、Ensenble ID→Gene Symbolへの変更方法をまとめます。 必要なパッケージのインストールとロード まず、biomaRt パッケージをインストールし、Rセッションにロードします。 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocMa

ぶるーく

    • 【超絶初心者】SRAデータベースからRNAseq解析を初体験したメモ【その２】

      超絶初心者ですが、自分のノートPCを使ってRNAseq解析の完遂を目指しました。このnoteは、解析を再現して行うためのメモnoteです。 自分の基礎実験に並行して解析を行ったため、結構時間がかかりました（慣れれば早くなると信じています…） 以下、解析にかかった時間 ・１日目：SRA toolkitの用意からsalmonを用いたマッピングまで（1サンプルのみ） ・２日目：１日目と同じ工程を全サンプルで実施 ⓪PCスペックVAIO Z CPU 11th Gen Intel

      ぶるーく

      • 【ATAC-seq】超絶初心者が公共データベースからATAC-seq解析にトライする

        今回はATAC-seqにトライしましたので、そのメモです。 主に参考にしたサイトは下記です。 ①公共データベースからデータを探す今回は野生型のPGP1細胞のATAC-seqデータが欲しかったので、ChIP-Atlasや NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)からデータを探します。 NCBI-GEOでよさげなデータを見つけます。 下図のように検索欄があるので、キーワードを入れて検索します。今回は「PGP1, ATAC」と入力。 検索すると、い

        ぶるーく

        • 【imageJ】指定範囲内の蛍光面積を測定したい

          こんにちは。 本日は指定した範囲内の蛍光面積を測定する方法を試行錯誤しました（科学的に合っている方法か自信がないため、間違っていたらコメント頂けますと嬉しいです。） CRISPR/Cas9による遺伝子編集を用いて「RFPレポーターつき遺伝子回路」を導入したiPS細胞を作成しました。 このRFPレポーターを用いて、コロニーごとに蛍光面積/コロニー面積を計算して、導入効率を評価したいと思っています。 ＊フローサイトメーターなどあれば、細胞単位で導入効率を測定することが可能です

          ぶるーく

        Ensemble ID→Gene ID

        ぶるーく