●　問題

５つの異なる数字が２組表示されます。
２組の数字の組み合わせが同じか違うかを判断します。
５問出題されるので，なるべく早く判断しましょう。
不正解の場合には，２０秒のペナルティになります。

問題がいつも同じ数字の並びになっています。また，正しく判定されていません。

import random
import time

number = [1,2,3,4,5,6,7,8,9]
miss = 0

time_start = time.time()

for n in range(5):
    random.shuffle(number)

    question1 = number[:5]
    question2 = question1

    set_question = random.randint(0,1)
    if set_question == 0:
        question2[4] = number[5]
        
    random.shuffle(question1)
    random.shuffle(question2)

    while True:
        result = input(f'{question1[:5]} - {question2[:5]}  同じ(1)，違う(0)？')
        if result in ['0','1']:
            break

    if result == '1' and set_question == 1:
      print('正解')
    elif result == '0' and set_question == 0:
      print('正解')
    else:
      print('不正解')
      miss += 1 

time_end = time.time()
t = round(time_end-time_start+miss*20,1)

print('=====================================')
print(f'正解数：{5-miss}，不正解数：{miss}')
print(f'かかった時間：{t}秒')

●　解答

問題の数字が同じということは，question1 と question2 の設定に問題がありそうです。
random.shuffle(number)で１～９の数字をシャッフルし，question1 = number[:5] で５つの数字を取り出します。
question2 = question1 で question1と同じ数字をquestion2にコピーします。
random.shuffle(question1) と random.shuffle(question2) でそれぞれの配列をシャッフルすることで，同じ数字ですが並び方が変わるはずなのですが，出力結果は全く同じ並びになっています。

question2 = question1 とすると，question1 の配列が question2 の配列にコピーされるのではなく，question1 と question2 が同じ配列として扱われるということになります。
そのため，question1の配列を操作すると，question2の配列の中身も同じように操作されるのです。
question2  = question1.copy() とすると，question1の配列の中身だけをquestion2にコピーすることができます。このとき，question1とquestion2は互いに影響を受けません。

import random
import time

number = [1,2,3,4,5,6,7,8,9]
miss = 0

time_start = time.time()

for n in range(5):
    random.shuffle(number)

    question1 = number[:5]
    question2 = question1.copy() #修正

    set_question = random.randint(0,1)
    if set_question == 0:
        question2[4] = number[5]
        
    random.shuffle(question1)
    random.shuffle(question2)

    while True:
        result = input(f'{question1[:5]} - {question2[:5]}  同じ(1)，違う(0)？')
        if result in ['0','1']:
            break

    if result == '1' and set_question == 1:
      print('正解')
    elif result == '0' and set_question == 0:
      print('正解')
    else:
      print('不正解')
      miss += 1 

time_end = time.time()
t = round(time_end-time_start+miss*20,1)

print('=====================================')
print(f'正解数：{5-miss}，不正解数：{miss}')
print(f'かかった時間：{t}秒')

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