Kazutaka

preclinical researcher at pharmaceutical co…

Kazutaka

preclinical researcher at pharmaceutical company. learning about computational sciences and physiologically modeling for better translation

Neuroscience X Computational science -- 5.2 netpyne example1

では早速、netpyneを使ってモデリング＊シミュレーションの確認をしてみます。今回は、netpyne.orgにあるexample1にチャレンジ。 <事前準備> 1) これからデータを保存するdirectoryを決めておきます mkdir data #User directoryの下層に作成 cd data mkdir example cd example 2) netpyne.orgからHHTut.pyをこのdirectoryに保存 <modeling> ipython

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    • Neuroscience X Computational science -- 5.1 netpyne install

      さて、NEURONが無事インストールでき、single/multiple cellにおける神経活動がモデリングできるようになりました(環境だけ) なので、次に複数のニューロンからなるネットワークにおける神経活動をモデリングするためのパッケージをインストールします。今回は、netpyne (Networks using Python and NEURON)をpip経由でインストールします。 http://www.netpyne.org/ MetaCell協働で構築したweb G

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      • Neuroscience X Computational science -- 4.1

        さて、NEURONが起動しない問題 error in command prompt; In [1]: import neuron Traceback (most recent call last): File "C:\Users\17186\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py", line 3331, in run_code exec(code_obj, self.user_global

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        • Neuroscience X Computational science -- 3.2

          前回の続き、HNNのインストール及び使用開始まで。 とりあえず前回のinstall状況の確認。 from https://jonescompneurolab.github.io/hnn/installer/windows/docker-desktop.html 1) HNN was located in docker 2) virtualization; Enabled (from task manager) 3) Turn Windows features on or of

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        Neuroscience X Computational science -- 5.2 netpyne example1

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          Neuroscience X Computational science -- 2.5~ NEURON install

          先日行ったpipでのNEURON installの続き 実は、install後、NEURONのバージョンを確認すると、version 7.2.536.15になっていました。 ちなみに、pip install -U NEURONでバージョン更新できないか確認したけどムリ。どうやら最新版のNEURONはinstallできないようです。 というわけで、NEURONは以下のサイトからダウンロードしなおし。 https://neuron.yale.edu/neuron/ Windows

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          Neuroscience X Computational science -- 2.5~ NEURON install

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          Neuroscience X Computational science -- 3 -ssh, HNN-

          laptopのインストール設定でこまごましているので、先にssh etcの設定を。 OpenSSHはインストール済なので、何もしていません。 ssh usrname@hostname.~~~downstate.edu -> server machineへの接続を確認。x2goは設定せず。 Human Neocortical Neurosolver (HNN) and Docker HNNは、生物物理学的計算に基づき、脳波、脳磁図の基になる大脳新皮質錐体細胞の一次電流をシミ

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          Neuroscience X Computational science -- 3 -ssh, HNN-

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          Neuroscience X Computational science -- 2

          OK, pythonがインストールできたので、次はNEURON。今回は、バージョン管理が簡単なpipでNEURONをインストール まず初めに仮想環境を設定 (envにて作成) python -m env py3env ->directory確認 py3env\Scripts\activate -> 切替完了 NEURONのインストール -pip install NEURON ->NEURONを確認 非常に簡単。あとは、実行できるかの確認 次回以降行うこと。 Netpyne

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          Neuroscience X Computational science -- 2

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          Neuroscience X Computational science -- 1

          会社用のwindows10では自由に遊べないので、新しくlaptopを購入。備忘録のため、install内容などを記入 Dr. Hines, Joeなどによると、最新バージョンのNEURONはpip installでinstallationがかなり楽とのことなので、まずはanaconda周辺をダウンロード https://www.anaconda.com/products/individual#windows 64-Bit Graphical Installer (466

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          Neuroscience X Computational science -- 1

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