汗腺膿瘍における皮膚および腸内細菌叢の変化

哉百名

原著論文 microbiome/microbiology| vol.142, issue 2, p459-468.e15, february 2022
汗腺膿瘍における皮膚および腸内細菌叢の変化
Siobhán McCarthy 6
Maurice Barrett 6
Shivashini Kirthi
Paola Pellanda
Klara Vlckova
アンヌ＝マリー・トービン
ミシェル・マーフィー
ファーガス・シャナハン
ポール・W・オトゥール
脚注を表示するオープンアーカイブ公開日:2021年08月05日DOI:https://doi.org/10.1016/j.jid.2021.05.036
膿疱性汗腺炎における皮膚と腸のマイクロバイオームの変化

膿疱性汗腺炎（HS）は、結節、膿瘍、瘻孔の形成によって特徴付けられる慢性炎症性皮膚疾患であり、棘突起間部位に発生する。皮膚腸管軸は、炎症性皮膚疾患における新たな研究領域であり、HSの病因に寄与する可能性のある因子である。合計59名のHS患者から糞便サンプルと患部の鼻腔および皮膚スワブを提供してもらい、分析を行った。健常対照者30名からは糞便サンプル、健常対照者20名からは鼻腔および皮膚スワブの提供を受けた。サンプルに由来する全DNAについて、細菌16SリボソームRNA遺伝子アンプリコンシークエンシングを実施した。HS患者の糞便、皮膚、鼻腔サンプルではマイクロバイオームのα多様性が有意に低く、これは疾患生態に起因するものか、抗生物質の使用と関連している可能性がある。Ruminococcus gnavusはHS患者の糞便中により多く存在し、これはクローン病でも報告されていることから、腸内細菌叢の変化が共存していることが示唆された。また、HSの皮膚にはFinegoldia magnaが健常対照者と比べて過剰に存在していた。F. magnaが好中球の細胞外トラップの形成を促進することで、局所的な炎症が引き起こされる可能性がある。このようなHSの腸内・皮膚マイクロバイオームの変化は、さらなる研究の余地があり、糞便微生物叢移植や細菌療法などの治療戦略が有効である可能性がある。
略語
ASV（amplicon sequence variant）、BMI（body mass index）、CD（クローン病）、HS（hidradenitis suppurativa）、IBD（inflammatory bowel disease)
はじめに
膿疱性汗腺炎（HS）は、腋窩、乳腺下、鼠径部、および生殖器領域の深部で痛みを伴う炎症性結節を呈する、慢性で衰弱した毛包性の皮膚疾患です（Zouboulis et al.、2015）。文献上では最大4％の人口有病率が報告されている（Jemec and Kimball, 2015; Miller et al., 2016; Zouboulis et al., 2015）。女性優位であり、思春期発症である（Revuz et al., 2008; Sabat et al., 2020; Zouboulis et al., 2015）。喫煙や肥満が関連し、遺伝的素因も報告されている（Ingram, 2016; Revuz et al., 2008; Sabat et al., 2020）。HS患者には、脊椎関節症、メタボリックシンドローム、炎症性腸疾患（IBD）、特にクローン病（CD）などの併存疾患が確認されています（Chen and Chi, 2019; Richette et al, 2014; Sabat et al, 2012）。また、重大な罹患率と関連しているHSは、特に心血管イベントのために死亡率の増加と関連しており、癌リスクの増加も記録されている（Egebergら、2016；Jungら、2020）。うつ病、不安、物質誤用もよく見られます（Gargら、2018年；Patelら、2020年）。
HSの原因は不完全に理解されており、毛包閉塞；TNF-α、IL-1β、IL-17などのサイトカインの炎症反応の調節異常；および微生物叢の変化が関与していると考えられている（Balatoら、2019；Guet-Revilletら、2014；Kellyら、2015；Nikolakisら、2015；Ringら、2015；Sabatら、2020；von Laffertら、2010）。
HSとIBDは、無菌性膿瘍と副鼻腔形成という共通の症状を持っています（van der Zee et al., 2016）。CDとHSでは同様の経路が活性化され、自然免疫メディエーターであるIL-1、IL-6、IL-17、IL-23、TNF-αの産生が上昇します（Abraham and Cho, 2009; Duerr et al., 2006; Schlapbach et al., 2011）。喫煙と肥満は共通の関連性であり、HSとIBDはTNF-α阻害剤治療に反応します（Baumgart and Sandborn, 2012; Sabat et al., 2020; Seksik et al., 2009; Tuvlin et al.） 研究は、IBDおよび関節リウマチや乾癬などの他の炎症状態における腸内細菌叢の役割を支持している（Ananthakrishnanら、2013；Clooneyら、2021、Clooneyら、2019；Lloyd-Priceら、2019；Scherら、2015；Schirmerら、2019；Zhangら、2015）。HSにおける皮膚微生物叢は研究が拡大している分野であるが、HSにおける腸内微生物叢または腸-皮膚軸はより大きな考察に値する（Balatoら、2019、Eppingaら、2016、Kamら、2021）。ある研究では、乾癬、乾癬とIBDの併発、HS、HSとIBDの併発の患者におけるFaecalibacterium prausnitziiおよび大腸菌のレベルを調査しました（Eppingaら、2016年）。乾癬患者では、大腸菌の増加、F. prausnitziiの減少が認められました。HS患者では、大腸菌またはF. prausnitziiの存在量に有意差は認められませんでした（Eppinga et al.、2016）。腸内細菌叢の変化は、免疫調節異常を伴う様々な病態と関連しているため、HSの発症に関与している可能性がある。
本研究では、皮膚、鼻粘膜、糞便における微生物叢の変化とHSとの関連性を検証した。また、様々なニッチにおける微生物叢を健常対照者のものと比較した。
結果
研究対象者の記述統計
我々は、新鮮な糞便サンプル、鼻腔スワブ、および腋窩、乳房下、鼻腔、鼠径部の4カ所の皮膚スワブを含む322のサンプルを収集した（表1）。合計59名のHS患者が、糞便、皮膚スワブ、鼻腔スワブを提供して募集された。健康な対照者30人が糞便を提供し（2：1の割合で行う予定）、健康な対照者20人が皮膚と鼻腔のスワブを提供した（3：1の割合で行う予定）。平均体格指数（BMI）は，HS群31.5，糞便コントロール群28.2，皮膚コントロール群28.06であった。HS群では4名（6.8％）がCDの既往を有していた。HS患者59名のうち，18名（30.5%）がHurley Stage I（洞道と瘢痕化を伴わない膿瘍形成），32名（54.2%）がHurley Stage II（洞道形成と瘢痕化を伴う再発膿瘍），9名（15.3%）がHurley Stage III（全域で相互に接続した複数の洞道と膿瘍）であった．
表1被験者の特徴。表 1 被験者の特徴：HS と健常対照者
被験者の特徴 HS対照群 有意性
糞便
 N (患者) 59 30 (糞便)

20 (皮膚) NA
 性別（女性/男性） 45/14 20/10（糞便）

15/5 (皮膚) NS
 年齢（平均値、範囲） 37, 21-62 38, 19-62 (糞便)

41, 24-68 (皮膚) NS
 BMI（平均値、範囲） 31.5, 19.6-45.0 28.2, 18.7-46.3 (糞便)

28.06 20.3-40（皮膚） 0.023
 クローン病（有/無） 4/59 0/30（糞便） NS
 TNF-α阻害剤治療 9/59 0/30(糞便)
鼻腔
 n（患者） 25 17 NA
 性別（女性／男性） 22/3 12/5 NS
 年齢（平均値、範囲） 41, 24-54 36, 24-68 NS
 BMI（平均値、範囲） 33, 20.4-45.0 29 NS
腋窩
 n（患者） 19 6 NA
 性別（女性／男性） 16/3 2/4 NS
 年齢（平均、範囲） 39, 24-54 37, 29-52 NS
 BMI（平均値、範囲） 31, 19.6-45.0 29, 22.5-39.2 NS
鼠径部
 n (患者) 15 17 NA
 性別（女性／男性） 12/3 12 /5 NS
 年齢（平均、範囲） 35, 24-52 40, 24-68 NS
 BMI（平均値、範囲） 30, 20.4-44.9 29, 20.9-40.0 NS
乳房
 n（患者） 5 13 NA
 性別（女性／男性） 5/0 13/0 NS
 年齢（平均値、範囲） 39, 25-52 39, 24-54 NS
 BMI（平均値、範囲） 30.5, 19.6-38.0 28.3, 23.6-40.0 NS
ネート
 n（患者） 4 19 NA
 性別（女性／男性） 2/2 14/5 NS
 年齢(平均、範囲) 36, 28-39 40, 24-68 NS
 BMI（平均値、範囲） 31 30.0-31.6 28、20.9-40.0 NS
略語 BMI, body mass index; HS, hidradenitis suppurativa; NA, not applicable; NS, not significant.BMI、body mass index、HS、hidradenitis suppurativa、NA、not applicable、NS、not significant.
HSコホートと健常対照者間の変数の比較。有意性の判定には、Wilcoxon signed-rank testまたはχ2統計量を用いた。
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HSでは糞便微生物叢の全体的な構造が変化している
HS患者と健常対照者からそれぞれ59検体および30検体の糞便を採取し、マイクロバイオーム構成を調べた（補足図S1）。生態学的な指標により、HS患者のマイクロバイオームと健常対照者のマイクロバイオームには違いがあることが示された（図1）。サンプル内の微生物種の豊富さやばらつきの指標であるα多様性は、HS患者では有意に低かった（図1a）。この減少は、シャノン多様性や系統的多様性など、アルファ多様性の他の4つの指標でも観察された（補足図S2）。ベータ多様性（全サンプルにおけるグローバルな微生物組成の比較）では、HSと健常対照者の間でマイクロバイオームの分離が、テストしたすべての指標で観察され（図1bおよび補足図S3）、HSサンプル内のクラスタリングも少なかったことが注目された。階層的クラスタリングでは、HS患者のみで構成されるクラスタの存在により、この分離が再現され、強化されました（図1c）。
図のサムネイルgr1
図1糞便マイクロバイオームデータの生態学的概要。(a)アルファ多様性。HS患者と健常対照者のα多様性（観察種指数）を比較した箱ひげ図。P値の算出にはWilcoxon signed-rank検定を使用した。(b)ベータ多様性。マイクロバイオーム組成に基づくサンプル間の各距離は、非重み付けUniFracを用いて計算した。PCoAを行い、最初の2つのPCoA軸の座標を求め、それをプロットした。統計的検定はPERMANOVAを用いて行った。(c) 階層的クラスタリング。マイクロバイオーム組成に基づくサンプル間の関連性は、スピアマンの順位相関係数を用いて算出した。階層的クラスタリングはWard2法を用いて行い、結果をデンドログラムとしてプロットした。統計学的検定はPERMANOVAを用いて行った。HS, 膿疱性汗腺炎; PCoA, 主座標分析; PERMANOVA, Permutational Multivariate ANOVA.
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さらに、このコホートについて、階層的クラスタリングによって得られた情報をもとに、対照群（対照試料、青色の枝、枝番号1）、疾患群1（青色の枝、枝番号1）、疾患群2（オレンジ色の枝、枝番号2）というグループ分けをして検討した。その結果、疾患群2は疾患群1よりも有意に若い被験者で構成されていたが、対照群よりは若くないことがわかった（補足図S4a）。アルファ多様性は疾患群2が疾患群1や対照群よりも低かった（補足図S4b）。グループ内のマイクロバイオームの変動は、サンプル間のUnifrac距離の高さによって証明されるように、疾患グループ2内で他の2グループ内よりも大きかった（補足図S4c）。これらのグループ間で性別に関する統計的な差は見られなかった。更年期は、微生物叢の組成変化と関連することが以前に報告されている（Vieira et al.、2017）。閉経状態に関する直接的な情報はなかったが、50歳以上（欧米の集団における閉経年齢の平均は51歳）で女性であれば、閉経している可能性があると分類した（補足表S1）（Brombergerら、1997；Mckinlayら、1992；Stanfordら、1987）。これを更年期状態の代理として、3群間に統計的に有意な差は認められなかった（カイ二乗検定）。
糞便微生物群におけるアンプリコンシークエンスバリアントの豊富さ
微生物のアンプリコンシーケンスデータは、アンプリコン配列バリアント（ASV）の観点から合理化することができ、これによりデータを1塩基の差にまで分解することができる（Callahan et al.、2017）。HS患者の糞便マイクロバイオームと健常対照者の糞便マイクロバイオームとの間で、多くのASVが異なる頻度で存在することが明らかになった（図2a）。log2倍差に関しては、Ruminococcus callidusおよびEubacterium rectaleという分類群に割り当てられたASVが、HS患者では健康な対照群よりも最も豊富に存在した。しかし、存在比に関しては、Streptococcus spp.（対照群における平均相対存在比0.19%対HS群における0.95%）およびR. gnavus（対照群における平均相対存在比0.01%対HS群における0.7%）に割り当てられたASVに最大の差が検出された。
図 サムネイル gr2
図2差次存在量の多いASVと機械学習による分類。(a) 対数倍差で表された、差分的に豊富なASVの棒グラフ。負の値は、対照群に過剰発現していることを示す。(b) Receiver Operating Characteristic Curve。(c, d) HSを有する被験者と健常対照者の識別に関して、上位の識別力を有するASV。(c)平均減少精度。(d)平均減少ジニ。ASV, amplicon sequence variant; AUC, area under the curve; HS, hidradenitis suppurativa; Seq, sequence.
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BMIが群間で有意に異なっていたため、DESeq2モデル（Rパッケージバージョン1.30.0）（Love et al., 2016）を再実行してBMIを調整した（補足図S5）。R. gnavusの差分的過剰発現は、HSコホートにおいて統計的に有意であることに変わりはなかった。しかし、R. obeumに割り当てられたASVは、HSを持つ個体で枯渇していることが明らかになった。また、ASVを種レベルに畳み込み、BMIを交絡因子とした場合としない場合の種の存在量の差を求めた（補足図S5）。R. gnavusは両分析ともHSコホートで有意に過剰であることが確認された。
HSコホートでは前年の抗生物質使用量が記録されていた。過去1年間に抗生物質治療を受けた人と受けていない人の間で、存在量が異なる有意なASVはなかった。
機械学習によるHS関連微生物叢メンバーの同定
機械学習によるランダムフォレストを用いて、ASVがHS患者を健常対照群と識別できるかどうかを検証した。ランダムフォレスト分類器は、曲線下面積が0.8458と、妥当な性能を示しました（図2b）。判別可能な（すなわちランダムフォレストモデルに寄与する）ASVの多くは、F. prausnitzii、Coprococcus eutactus、C. catus、Anaerostipes hadrusなどの酪酸産生細菌種に分類学上割り当て可能でした（図2c）。また、R. gnavusやR. obeumなど、DESeq2モデルを用いて発現量に差があると同定したASVも多数同定されました。
糞便微生物叢の予測される代謝機能の変化
メタゲノム機能性は、PICRUSt2というアルゴリズムを用いて推論された。このアルゴリズムは、16Sデータのテストセットと比較される参照微生物叢データの代謝経路に基づいている。その結果、いくつかの代謝経路が、HSメタゲノムと対照メタゲノムで異なる頻度で存在することが予測された（図3a）。CDの予後不良に関連するD-グルカリン酸分解とD-ガラクタル酸分解の代謝経路は、健常対照者のそれと比較してHSの個体で過剰発現していた（Park et al.、2020）。
図 サムネイル gr3
図3代謝経路とKOの差分。(a)平均比例存在度の差で表される、差のあるMetaCycの棒グラフ。HSサンプルに濃縮されたMetaCycパスウェイは紫色で示されている。対照試料に濃縮されたMetaCycパスウェイは赤で示す。 (b) 平均比例存在度の差で表した、有意に豊富なKOのバープロット。HSサンプルに濃縮されたKOは紫色で表示。対照試料に濃縮されたKOは赤で示されている。P値の算出にはWilcoxon signed-rank testを用いた。HS, 日射病; KEGG, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes; KO, KEGG orthologs.
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鼻と皮膚のマイクロバイオームでは生態系が変化している
皮膚スワブ由来の微生物材料は、一般的にバイオマス量が少ないとされている。そこで本研究では、収量と使用可能なアンプリコンを生成するサンプル数を最大化するために、高いPCRサイクル数を使用した。しかし、このような方法論はコンタミネーション、すなわち試薬由来の微生物DNAを含む、研究対象サンプルに由来しない微生物DNAの検出の影響を受けやすい。私たちは、汚染された微生物 DNA を減少させ、検出するために多くの技術を採用しました（「材料と方法」参照）。明らかなレベルの汚染は検出されませんでしたが、環境およびユーザー由来の汚染を含む、すべての汚染源を排除することはできません。PCR収量の少ない皮膚および鼻のサンプルは解析から除外され、その結果、被験者ごとの最終的なサンプリング部位数に差が生じた。調査した鼻および皮膚サンプルの全体的なマイクロバイオーム構成は、これまでに報告されているものと典型的であり、すなわち、主にStaphylococcus属とCorynebacterium属で構成されていた（補足図S6）。HSコホートでは、鼻腔および皮膚スワブの両方で、α多様性の減少が見られた（図4）。しかし、統計的に有意な減少に達したのは鼻腔スワブのみであった。これはObserved speciesやChao1など他のα多様性指標でも同様であったが、SimpsonやShannon指標では見られなかった（Supplementary Figure S7）。一部のサイトでは、サンプルを提供した被験者の数が少なく、対照数が少ないため、統計的検出力が低下し、有意性を捉えにくかった。腋窩、鼠径部、鼻のマイクロバイオータデータセットに関しては、β多様性に統計的に有意な分離が見られ（補足図S8）、これらの身体部位に異なるマイクロバイオームコミュニティが存在することが示された。
図サムネイルgr4
図4鼻と皮膚のマイクロバイオームにおけるアルファ多様性の比較。健常対照者とHS患者を比較したα多様性（系統的多様性）のバープロット。P値の算出にはWilcoxon signed-rank検定を使用。HS、膿疱性汗腺炎。
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HS患者の鼻および皮膚マイクロバイオームにおけるASVの発現量と代謝経路の差異
鼻腔マイクロバイオームと調査したすべての皮膚部位で、異なる量のASVを同定しました（補足図S9）。ASVは種レベルまで折りたたみ、種の存在量の差異を明らかにした（補足図S9）。Finegoldia magnaに割り当てられたASV、Seq 4は、HS患者の鼠径部において、健常対照者よりも有意に高い存在度を示した。さらに、種レベルでは、F. magnaは健常対照者に比べてHS患者の鼡径部および腋窩のサンプルに多く含まれていた（補足図S10）。HSは女性に多く、その結果、本研究では男女比が高くなることが予想される。この交絡因子を補正するために、DESeqモデルに性別を統合した差分存在量解析を行い、異なる存在量のASVと種を特定した（補足図S11）。F. magnaに割り当てられたASV Seq 4は、健常対照者と比較して、HS患者の鼡径部および腋窩のサンプルで存在量が増加していることが確認された。このことは種レベルでも反映されていた。鼻のマイクロバイオームと鼡径部のマイクロバイオームに関連して、有意に異なる量のパスウェイが見出された（補足図S12）。
考察
我々は、健康な対照者と比較して、HS患者の体の多くの部位から採取した糞便およびスワブサンプルにおけるマイクロバイオームの構成に多くの違いを見いだした。アルファ多様性は、これらの部位のほとんどにおいてHS患者では低く、対照群と比較して腸および皮膚の微生物叢の豊かさが減少していることが示唆された。皮膚および鼻の微生物叢におけるα多様性の減少は、アトピー性皮膚炎において報告されており、腸内細菌叢については相反する結果が得られている（Clausenら、2018；Fyhrquistら、2019；Kongら、2012；Pedersenら、2019）。アルファ多様性は、乾癬の個人の皮膚サンプルで低いことが観察されており、腸ではさらに多様な結果が得られている（Alekseyenkoら、2013年；Sikoraら、2020年；Yerushalmiら、2019年）。
HSにおける腸内細菌叢
R. gnavusとClostridium ramosumのレベルの上昇は、本研究におけるHS患者と健常対照者のマイクロバイオーム間の相対存在量の最大の違いの一つであった。R. gnavusは、一貫してCDを有する対象で過剰発現していることが判明しており、脊椎関節炎および過敏性腸症候群に関連している（Brebanら、2017；Hallら、2017；Jefferyら、2020；Joossensら、2011；Lloyd-Priceら、2019；Nishinoら、2018；Zhengら、2016）。R. gnavusは、おそらく宿主免疫系の発達への影響に起因する、乳児の湿疹および他のアレルギー疾患の発症に関連している（Chuaら、2018年；Zhengら、2016年）。CDにおけるR. gnavusの機構的役割は、樹状細胞などの自然免疫細胞のtoll-like receptor 4と相互作用することによってTNF-αの産生を誘導する強力な炎症性多糖の産生によって実験的に裏付けられている（Henkeら、2019年）。この多糖体の産生がHSの病態に寄与している可能性がある。HSに併発する疾患は、R. gnavusの活性に一部起因する共通の病因を持っている可能性がある。また、C. ramosumはCDや肥満で増加することが報告されている（Clooney et al.、2021；Le Chatelier et al.、2013）。以前の研究では、R. obeumは、本研究で見られるように、IBDの個人のそれに比べて対照で強く濃縮されていました（Franzosa et al.）
ガラクタル酸およびグルカル酸の分解に関連する経路が、HSを有する個人の糞便マイクロバイオームにおいてより豊富に存在することを見出した。これらの代謝経路は、CDの臨床転帰にも関与しており、全身性炎症に関連している可能性があります。IBD患者と健常対照者を比較したペアの全エクソームショットガンメタゲノミクス研究では、免疫関連遺伝子CABIN1がD-グルカレート分解の増加と関連していた（Huら、2021年）。D-グルカレート分解とD-ガラクタル酸分解の両方は、予後不良のCDを持つ個体で過剰発現していた（Parkら、2020）。抗生物質は、腸内のガラクタル酸およびグルカル酸のレベルを宿主を介して上昇させることが知られており、ガラクタル酸およびグルカル酸分解を担う微生物遺伝子の発現増加は、これに対する反応と考えられる（Faber et al.，2016）。マウスモデル研究では、抗生物質投与により誘導性一酸化窒素合成酵素の発現が増加することでガラクタレートとグルカレートが増加することが示されました（Faber et al.、2016）。
皮膚マイクロバイオーム
Ringら、2017は、皮膚生検を用いて、HSの被験者と健康な対照者の間の皮膚マイクロバイオームの違いを調べました。我々の解析は、差次的に豊富であることが判明した分類群の数を裏付け、拡張するものである。特に、Peptoniphilus lacrimalis、F. magna、P. coxii、Anaerococcus murdochii、およびA. obesiensisがHSでより豊富に存在し、Cutibacterium acnesが健常対照者でより豊富に存在することは一致している（Ring et al.、2017年）。C. acnesの特定の株のコロニー形成と増殖は、尋常性ざ瘡の病態に関与している可能性がある（Beylotら、2014年；Moradi Tuchayiら、2015年）。HSを有する個体におけるC. acnesの枯渇は、HSにおいて、にきびにおけるのと同様の機構的な役割を担っていないことを示唆している。しかし、C. acnesの減少は、皮膚の微生物生態を変化させ、HSの病原性を促進する可能性がある。α多様性は鼻と鼠径部サンプルで減少していた。これはアトピー性皮膚炎でも見られるが、アトピー性皮膚炎で一般的に見られる黄色ブドウ球菌の対応する増加は、これらのHS患者では検出されなかった（Kongら、2012年；Liら、2019年）。同様に、乾癬では、健康なコントロールと比較して、α多様性の減少が見られ、このHSのコホートでは見られなかった連鎖球菌の上昇とプロピオニバクテリウムの減少を特徴とする（Yerushalmi et al.、2019年）。本研究では、病原能力を持つ細菌、すなわちF. magnaの数が多いことが指摘された。F. magnaは、免疫調節活性を有することが示されており、特に、好中球細胞外トラップの形成を促進することができる。これらの好中球細胞外トラップはHS病変で顕著に特徴付けられ、その存在量はHurley病期分類で測定される疾患の重症度と相関する（Byrdら、2019年）。したがって、F. magnaは、好中球細胞外トラップ形成を刺激することによって、HSの疾患生物学に寄与している可能性がある。F. magnaはまた、マスト細胞および好塩基球を活性化し、その結果、炎症性ヒスタミンおよびサイトカインを産生することが示されている（Genoveseら、2000年；Patellaら、1990年）。最近の研究では、F. magna は病原因子であるプロテイン L と FAF (F. magna adhesion factor) を介して炎症性の好中球を活性化することが示された (Neumann et al., 2020)。
潜在的な影響
HSの治療法については、質の高いエビデンスが不足しています（Ingram, 2017; Ingram et al., 2015; Zouboulis et al., 2015）。内科的治療と外科的治療を組み合わせた集学的アプローチがしばしば必要であり、ライフスタイル対策：禁煙と減量と組み合わせる（Ingram, 2017; Ingramら, 2015; Zouboulisら, 2015）。抗生物質がほとんどの患者の初期治療として残っており、反応しない患者にはTNF-α阻害剤を使用する（Ingram, 2017; Ingramら, 2015; Zouboulisら, 2015）。抗菌作用よりも抗炎症作用のために、HSにおける抗生物質の使用は、本研究で見られたα多様性の減少に関与しているかもしれない；しかし、前年に抗生物質を受けた者と受けなかった者の間でASVの有意差は検出されなかった。微生物叢に基づく治療法は、HSにおいて潜在的な利益をもたらす可能性があり、特に多様性と豊かさを増大させるための標的微生物補充が有効である。F. magnaやR. gnavusなど、病原的な役割を果たす可能性のある特定の微生物を選択的に枯渇させることで、治療ターゲットとなる可能性がある。
我々は、HS患者の腸内細菌叢と皮膚微生物叢を健常対照者と比較して特徴づけました。その結果、IBDとHSの間に微生物による関連がある可能性が示され、R. gnavusが両疾患に豊富に存在することが明らかになった。R. gnavusやF. magnaのようなHS発症に寄与する可能性のある特定の分類群の同定は、将来の微生物叢に基づく治療戦略に情報を提供する可能性がある。
材料と方法
研究対象者
アイルランドの2つの三次紹介施設の皮膚科医によりHSの臨床診断が確定した成人患者を研究参加者として招待した。倫理的承認（Cork Research Ethics Committee および Tallaght University Hospital Ethics Committee）と患者からの文書によるインフォームド・コンセントを取得した。除外基準として、過去4週間に外用または内服の抗生物質を使用したことを挙げた。年齢、性別、喫煙状況、体重、身長、BMI、合併症の有無、疾患の重症度（Hurley Score）などのデータを記録した（Hurley, 1989）。健康な成人対照者は、一般集団から募集し、年齢と性別を一致させた。
検体採取
患者および対照者から新鮮な（24時間以内）糞便試料が提供され、微生物DNA抽出前に-80℃で保存された。HS患者では、患部（腋窩、乳房下、鼠径部、会陰部）から緩衝液を用い、30～60秒間しっかりスワビングして皮膚スワブ（DNAフリー）を採取した。患部はHS患者の数および位置によって異なる。参加者は綿棒を取る前に少なくとも24-48時間入浴せず、その時に制汗剤やエモリエント剤を皮膚に塗らないよう求められた。対照者の対応する部位（腋窩、乳房下、鼠径部、会陰部）からも同じ手法で皮膚スワブを採取した。鼻腔スワブも両群から採取した。
微生物DNAの抽出
微生物 DNA は、便サンプルから、以前に記載された（Ghosh ら、2020 年）反復ビーズ打ち法を用いて抽出し、若干の修正を加えた。鼻腔および皮膚スワブは、QIAamp UCP Pathogen Mini Kit（Qiagen、Hilden、Germany）を用いて、製造者の指示に従い抽出した。
マイクロバイオームプロファイリングとバイオインフォマティクス解析
サンプルのマイクロバイオーム組成は、我々の研究室が以前に発表し（Ghoshら、2020）、補足材料と方法に詳述したように、標準的な16SリボソームRNA遺伝子配列決定プロトコルによってプロファイリングされた。16S配列データのバイオインフォマティクス解析および多変量統計解析も、標準プロトコルに従ったものであり、補足材料および補足方法に詳述されている。
潜在的な微生物 DNA 汚染の同定
皮膚サンプルは細菌負荷に関して低バイオマスであると考えられるため、汚染の潜在的影響を軽減するためのプロトコルを含む。使用した試薬は、QIAamp UCP Pathogen Mini Kit および MTP Taq DNA Polymerase (Merck KGaA, Darmstadt, Germany) など、比較的微生物 DNA を含まないという品質に基づいて選択されたものである。しかし、これらの試薬は不注意にコンタミネーションを含むことがあります。さらに、コンタミネーションは、環境汚染やユーザー由来のコンタミネーションなど、他のさまざまな原因からもたらされる可能性がある。試薬による汚染の可能性を検出するために、同じシーケンスバッチ内でネガティブコントロールを実行しました。この陰性対照は、SphingobacteriumおよびHydrogenophilusを含む、汚染に典型的な分類群によって支配されていた（補足図S13）（Eisenhofer et al.、2019）。さらに、陰性サンプルは、Qubit蛍光光度計（Invitrogen, Waltham, MA）で測定したところ、抽出した臨床サンプルに対して異常に低いDNA濃度（0.521ng/μl）であった（補足表S2）。他の非汚染性分類群はキットコントロールで見つかったが、これはインデックススワップによるものであると仮定する（Costello et al.、2018）。さらに、Rパッケージのdecontamを利用して、汚染ASVを検出した（Davis et al.） 頻度法を用いて、閾値に達した15個のASVを同定した（補足表S3）。これらのASVは、サンプルにわずかな貢献しかしていない-中央値= 0、平均値= 0.01881（補足図S14）。ASVテーブルからこれらのASVをフィルタリングしても、存在量の差の解析に影響はありませんでした。
シークエンスデータの保存
この論文に関連するデータセットは、https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB43835、European Nucleotide Archiveでホストされており、アクセッション番号 PRJEB43835 (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB43835, 2021) (European nucleotide archive, 2021)で見ることができる。
ORCIDs
Siobhán McCarthy: http://orcid.org/0000-0002-1098-2963
Maurice Barrett: http://orcid.org/0000-0003-4108-7555
Shivashini Kirthi: http://orcid.org/0000-0002-0091-6276
Paola Pellanda: http://orcid.org/0000-0002-7494-8334
Klara Vlckova：http://orcid.org/0000-0002-8774-9983
Anne-Marie Tobin: http://orcid.org/0000-0003-2730-9561
Michelle Murphy: http://orcid.org/0000-0003-2431-076X
Fergus Shanahan: http://orcid.org/0000-0003-0467-0936
Paul W. O'Toole（ポール・W・オトゥール）: http://orcid.org/0000-0001-5377-0824
利益相反について
AMTは、諮問委員会に出席するための謝礼を受け取っていることを報告している。FSはAlimentary Health, Tucana Health, Atlantia Clinical Trialsの共同設立者・株主であり、Kaleido Biosciencesの科学アドバイザーを務めている。残りの著者は、利益相反はないと述べている。
謝辞
SMは、City of Dublin Skin Cancer Hospital Charity（アイルランド、ダブリン）から助成金を受け、Irish Centre for Arthritis Research and Education（アイルランド、コーク）からは給与支援という形で助成を受けた。PWOTの研究室での作業は、アイルランド科学財団からAPCマイクロバイオーム・アイルランド（アイルランド、コーク大学）へのセンター賞（APC/SFI/12/RC/2273_P2）の支援を受けている。PWOTの研究室での作業は、アイルランド科学財団からAPC Microbiome Irelandへのセンター賞（APC/SFI/12/RC/2273_P2）を通じて支援を受けている。SMとMBは本研究の全データにアクセスし、データの完全性とデータ解析の正確性に責任を負う。
著者による貢献
コンセプト立案。SM、MM、AMT、PWOT、FS；データキュレーション。SM, SK, MB, KV, PP; 形式的解析: MB, PWOT; 資金獲得。MM、FS、PWOT、調査。SM、SK、MB、KV、PP；方法論。SM, MM, MB, PWOT; プロジェクト管理: SM, MM, PWOT; リソース: MM、AMT、PWOT、ソフトウェア。MB、監修。PWOT, MM, FS; バリデーション: SM, MB; 可視化: SM, MB; 執筆 - 原案作成。執筆-原案作成：SM, MB, PWOT、執筆-レビューと編集。SM, MB, AMT, SK, KV, PP, FS, MM, PWOT
免責事項
スポンサーであるCity of Dublin Skin Cancer Hospital Charity, Irish Centre for Arthritis Research and Education, and Science Foundation Irelandは、研究のデザインと実施、データの収集、管理、分析、解釈、原稿の準備、レビュー、承認、出版への原稿提出の決定に一切関与していない。
補足資料と方法
ライブラリーの調製と16SリボソームRNA遺伝子配列の決定
臨床検体から抽出した全コミュニティDNAは、16SリボソームRNA遺伝子PCRを実施した。16S ribosomal RNA遺伝子は、V3-V4領域用のプライマーを用いて増幅された。5′- TCGTCGCAGCAGATGTGTATAAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG-3′ (forward) and 5′-GTCTCGTGGCTCGAGATGTGTATAAGACAGGACTACHVGGTATCTAATCC-3′ (reverse) (Klindworth et al., 2013)を使用して、16SリボソームRNA遺伝子を増幅した。
糞便微生物ゲノムDNAは、Phusion High-Fidelity DNA Polymerase（Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA）を用いて、PCRサーモサイクラーのプロトコルで以下のように増幅した：98℃3分間の開始ステップ、98℃30秒間、55℃60秒間、72℃20秒間、72℃5分間の最終延長ステップを25サイクル続ける。
皮膚スワブサンプルから抽出した微生物ゲノムDNAは、MTP Taq DNA Polymerase (Merck KGaA, Darmstadt, Germany) を用いて、PCRサーモサイクラーのプロトコルで以下のように増幅した：開始ステップ94 ℃ 1分、その後94 ℃ 60秒間、55 ℃ 45秒間、72 ℃ 30秒間、および72 ℃ 5分間の最後の伸長ステップを35サイクル。
続いて、Illumina 16S Metagenomic Sequencing Protocol (Illumina, San Diego, CA) (Illumina, 2021)に従って、生成したアンプリコンに固有のサンプル特異的DNAバーコードを付加するインデックス付けPCRを実施した。ライブラリーのDNA濃度をQubit蛍光光度計（Invitrogen, Waltham, MA）を用いてHigh Sensitivityアッセイで定量し、標準化された濃度でサンプルをプールした（Illumina, 2021）。プールされたライブラリーは、2×300塩基対のケミストリーを利用したIllumina MiSeqプラットフォーム（Illumina）で配列決定された。
バイオインフォマティクスおよび生物統計学的解析
解析の大部分はR（バージョン3.6.0）で実施した。ペアリードは、Rパッケージdada2（バージョン1.12.1）（Callahanら、2016）を用いて品質フィルター、トリミング、マージされ、アンプリコン配列バリアントが推定された。分類学上の分類は、Mothur内のRDP Classifier in conjugation with Species-level IdentificatioN of metaGenOmic amplicons, a species-level classifier (Allard et al., 2015)を用いて行った。分類学的割り当てには80%の信頼度カットを使用した。QIIME, version 1.9.1, and the R package vegan, version 2.5.6, used to calculate β-diversity metrics (Caporaso et al., 2010)。β多様性は、Apeパッケージ、バージョン5.1を用いて座標を特定した主座標分析プロットにより可視化した。R二乗（R2）とP値は、Rパッケージvegan（バージョン2.4.2）を通してPermutational Multivariate ANOVAを使用して算出した。差分存在量解析は、DEseq2（バージョン1.22.2）（Loveら、2014）を用いて実施された。ランダムフォレストは、randomForestパッケージ（バージョン4.6.14）を用いてRで実施した。ゲノム機能性は、PICRUSt2を用いて、コマンドpicrust2_pipeline.pyをデフォルトで用いて推論した（Douglas et al.、2020年）。
図サムネイルfx1
補足図S1糞便標本内の分類学的表示。(a) 糞便標本内の属の相対的存在度を示す棒グラフ。全サンプル中の相対的存在量が1%未満の属は、属レベルで分類されていない配列を持つ他の属にグループ化される。(b) 糞便サンプル中の科の相対的な存在比を示す棒グラフ。全サンプル中の0.5％未満の科は、科レベルで分類されていない配列で他の科にグループ化された。(c)糞便サンプルに含まれる生物群の相対的存在度を示す棒グラフ。全サンプル中の相対量が0.5%以上の科は、門レベルに分類されない配列で他の科にグループ化された。
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図サムネイルfx2
補足図S2糞便サンプルに関するアルファ多様性メトリクスのバープロット。(a) Chao1. (b) 系統的多様性。(c) シンプソンの多様性指標。(d)シャノン指数 P値の算出にはWilcoxon signed-rank testを用いた。HS、膿疱性汗腺炎。
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図サムネイルfx3
補足図S3糞便サンプルに関するβ多様性指標を表すPCoA。(a) 重み付けUniFrac。(b)ブレイ・カーティス非類似度。(c) Jaccard index. 統計解析はPERMANOVAを用いて行った。HS, 日射病; PCoA, 主座標分析; PERMANOVA, Permutational Multivariate ANOVA.
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図サムネイルfx4
補足図S4クラスタリングによって得られたグループの違い。(a)年齢差の棒グラフ。(b)観測された種数の棒グラフ。(c)グループ内のUniFrac距離のばらつきの違い。P値の算出には、Wilcoxon signed-rank testを用いた。
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図サムネイルfx5
補足図S5糞便サンプル中のASVと生物種の差分バープロット。(a)BMIをモデルに統合して有意に差次的に豊富なASV。(b)有意に差のある生物種。(c)BMIをモデルに統合し、有意に差のある豊富な生物種。統計解析にはDESeq2を使用した。HSサンプルに濃縮されたASVs/speciesを紫色で示す。対照試料で濃縮されたASV/種は赤で示す。ASV、amplicon sequence variant、BMI、body mass index、HS、hidradenitis suppurativa、Seq、sequence。
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図サムネイルfx6
補足図S6鼻および皮膚検体内の分類学的表示。(a) 鼻腔および皮膚検体内の属の相対的な存在量を示す棒グラフ。全標本中の相対的存在量が0.5%未満の属は、属レベルで分類されない配列を持つその他にグループ化された。(b) 鼻および皮膚サンプル内の科の相対的存在比を示す棒グラフ。全サンプル中の相対的存在量が0.5%未満のファミリーは、ファミリーレベルで分類されていない配列で他のサンプルにグループ化された。(c)鼻および皮膚サンプル内のフィラの相対的な存在比を示す棒グラフ。全サンプル中の相対的存在量が1%未満のファミリーは、門レベルで分類されない配列を持つ他のサンプルにグループ化された。
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図のサムネイル fx7
補足図S7鼻腔サンプルに関するアルファ多様性メトリクスのバープロット。(a) Chao1. (b) 系統的多様性。(c) Simpsonの多様性指標。(d) シャノン指数。P値の算出にはWilcoxon signed-rank testを用いた。HS、膿疱性汗腺炎。
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図サムネイルfx8
補足図S8鼻と皮膚のマイクロバイオームのβ多様性の比較。(a) axilla, (b) nates, (c) groin, (d) inframammary fold, および (e) nasal の部位における HS 患者と健常対照者の間のベータ多様性の主座標分析表示（非重み付けUniFrac）。統計解析は、Permutational Multivariate ANOVAを用いて行った。HS、膿疱性汗腺炎。
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図サムネイルfx9
補足図S9鼻腔および皮膚スワブサンプル間で差次的に豊富なASVのバープロット。統計解析にはDESeq2が使用された。(a) 腋窩、(b) ネート、(c) 鼠径部、(d) 乳房下窩、(e) 鼻の部位について、HSサンプルに富むASVは紫で、対照サンプルに富むASVは赤で示す。ASV, amplicon sequence variant; HS, hidradenitis suppurativa; Seq, sequence.
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図のサムネイル fx10
補足図S10鼻腔および皮膚スワブサンプル間で差異のある豊富な生物種のバープロット。統計解析にはDESeq2が使用された。(a)腋窩、(b)鼻腔、(c)鼠径部、(d)鼻腔について、HSサンプルに富む種は紫で、対照サンプルに富む種は赤で示す。HS、hidradenitis suppurativa; Seq、sequence。
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図サムネイルfx11
補足図S11鼻と皮膚の部位で異なる量のASVのバープロット。DESeq2を用いて、交絡因子としての性別をコントロールしながら統計解析を行った。HSサンプルに濃縮されたASVは紫色で示され、対照サンプルに濃縮されたASVは、（a）腋窩、（b）鼻腔、（c）鼠径部、（d）鼻腔の部位について赤色で示される。ASV, amplicon sequence variant; HS, hidradenitis suppurativa; Seq, sequence.
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図サムネイルfx12
補足図S12皮膚部位によるMetaCycパスウェイの違い。鼻。P値の算出にはWilcoxon signed-rank testを用いた。HSサンプルに濃縮されたMetaCycパスウェイは紫色で示されている。コントロールサンプルに濃縮されたMetaCycパスウェイは赤で示す。HS、膿疱性汗腺炎。
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図サムネイルfx13
補足図S13モック抽出物内の分類学的表示。キットコントロール内の属の相対的な存在量を示す棒グラフ。
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図サムネイルfx14
補足図S14 Decontam頻度グラフ。X軸は正規化前のサンプルの濃度に等しい。Y軸はASVの頻度に等しい。各点はサンプルを表す。ASVはamplicon sequence variant、Seqはsequence。
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補足表S1女性参加者の閉経状況
試験群 閉経1 非閉経1
対照群 5 25
疾患群1 4 32
疾患群2 0 23
1 更年期状態は記録されておらず、50歳以上を更年期状態の代理として使用した。
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補足表S2皮膚および鼻腔スワブから抽出したDNA濃度のQubit値
サンプル名 患者 病名 状態 Qubit値 皮膚部位 サンプルタイプ
ブランク ブランク ブランク ブランク 0.521 ブランク ブランク
CS01BK CS01 Control 29.6 Buttock Swab
CS01GR CS01 コントロール 30.4 鼡径部スワブ
CS01IM CS01 Control 2.63 乳房内折り目スワブ
CS01NA CS01 Control 30.7 Nasal Swab
CS03BK CS03 Control 35.1 Buttock Swab
CS03IM CS03コントロール 7.25 乳房内折り目スワブ
CS03NA CS03 Control 31.7 Nasal Swab
CS04BK CS04 Control 28.6臀部スワブ
CS04GR CS04 Control 24.9 Groin Swab
CS04IM CS04 Control 26.3 Inframammary fold Swab
CS05BK CS05コントロール 15.1 臀部スワブ
CS05GR CS05 Control 22.4 Groin Swab
CS05NA CS05 Control 8.53 Nasal Swab
CS06BK CS06 Control 28 臀部スワブ
CS06GR CS06 Control 7.55 Groin Swab
CS06IM CS06 Control 3.59 Inframammary fold Swab
CS06NA CS06 Control 23.8 Nasal Swab
CS07BK CS07 Control 17.3 Buttock Swab
CS07GR CS07 Control 16.6 Groin Swab
CS07IM CS07 Control 16.1 Inframammary fold Swab
CS07NA CS07コントロール 40.2 Nasal Swab
CS08AX CS08 Control 18.6 Axilla Swab
CS08BK CS08 Control 25.3 Buttock Swab
CS08GR CS08 Control 24.3 鼡径部スワブ
CS08NA CS08コントロール 27.5 Nasal Swab
CS09AX CS09コントロール 25.1腋窩スワブ
CS09BK CS09 コントロール 30.6 尻ぬぐい
CS09GR CS09 コントロール 37.3 鼡径部スワブ
CS09IM CS09 Control 26.4 乳房内折り目スワブ
CS09NA CS09コントロール 20.2 Nasal Swab
CS10BK CS10 Control 3.55 Buttock Swab
CS10GR CS10 Control 23 鼡径部スワブ
CS10IM CS10 Control 23.9 乳房内折り目スワブ
CS10NA CS10コントロール 15.9 Nasal Swab
CS11AX CS11 Control 11 腋窩スワブ
CS11BK CS11コントロール 24臀部スワブ
CS11GR CS11 Control 16.3 鼡径部スワブ
CS11NA CS11コントロール 19.6 Nasal Swab
CS12AX CS12 Control 15.9 Axilla Swab
CS12BK CS12コントロール 24.5臀部スワブ
CS12GR CS12コントロール 24股間スワブ
CS12NA CS12コントロール 30.3 Nasal Swab
CS13BK CS13コントロール 18.5臀部スワブ
CS13GR CS13 Control 14.8 鼡径部スワブ
CS13IM CS13 Control 23.8 乳房内折り目スワブ
CS13NA CS13 Control 18.9 Nasal Swab
CS14AX CS14 Control 2.98 Axilla Swab
CS14BK CS14 Control 18.2 Buttock Swab
CS14GR CS14 Control 32.7 Groin Swab
CS14NA CS14コントロール 16.9 Nasal Swab
CS15BK CS15コントロール 24.2臀部スワブ
CS15GR CS15コントロール 28.4 鼡径部スワブ
CS15NA CS15コントロール 19.2 Nasal Swab
CS16BK CS16コントロール 5.02 臀部スワブ
CS16GR CS16コントロール 13.9 鼡径部スワブ
CS16IM CS16 Control 8.03 乳房内折り目スワブ
CS16NA CS16コントロール 31.6 Nasal Swab
CS17BK CS17 Control 15.3 Buttock Swab
CS17GR CS17 Control 16.2 Groin Swab
CS17IM CS17 Control 19.2 乳房内折り目スワブ
CS17NA CS17コントロール 13.6 Nasal Swab
CS18BK CS18 Control 16.2 Buttock Swab
CS18GR CS18 Control 9.69 Groin Swab
CS18IM CS18 Control 9.25 Inframammary fold Swab
CS18NA CS18コントロール 6.42 Nasal Swab
CS19BK CS19コントロール 24バトックスワブ
CS19IM CS19 Control 21.4 乳房内折り目スワブ
CS19NA CS19コントロール 19.8 Nasal Swab
CS20AX CS20 Control 20.6 Axilla Swab
CS20BK CS20コントロール 32臀部スワブ
CS20GR CS20コントロール 32.2股間スワブ
CS20IM CS20コントロール 27.1 乳房内折り目スワブ
TH01L1 TH01 HS 20.6 鼡径部スワブ
TH01NA TH01 HS 35.9 鼻腔用綿棒
TH01RA TH01 HS 32.5 腋窩用綿棒
TH01RB TH01 HS 32.8 尻ぬぐい
TH02LB TH02 HS 20.7 臀部用綿棒
TH02NA TH02 HS 38.5 鼻用綿棒
TH02RG TH02 HS 36.2 鼠径部（そけいぶ）綿棒
TH03LI TH03 HS 30.7 鼠径部スワブ
TH03NA TH03 HS 2.76 鼻腔用綿棒
TH03RA TH03 HS 48 腋窩用綿棒
TH04LA TH04 HS 2.95 腋窩用綿棒
TH04LG TH04 HS 23.9 鼡径部用綿棒
TH04NA TH04 HS 25.6 鼻腔用綿棒
TH04RM TH04 HS 20.1 乳房内溝部用綿棒
TH05LA TH05 HS 21.8 腋窩用綿棒
TH05LB TH05 HS 36.5 臀部用綿棒
TH05LG TH05 HS 18.1 鼡径部（股）綿棒
TH05NA TH05 HS 22.1 鼻用綿棒
TH05RB TH05 HS 29.2 臀部用綿棒
TH05RG TH05 HS 44.8 鼡径部用綿棒
TH06NA TH06 HS 30.8 鼻腔用綿棒
TH06RA TH06 HS 32 腋窩用綿棒
TH07LG TH07 HS 43.1 鼠径部
TH07NA TH07 HS 45.8 鼻腔用綿棒
TH07RM TH07 HS 33.5 乳房内窩部用綿棒
TH08LA TH08 HS 39.7 腋窩用綿棒
TH08LM TH08 HS 44.9 乳房内側部用綿棒
TH08SP TH08 HS 28.7 恥骨上スワブ
TH09LA TH09 HS 31 腋窩用綿棒
TH09RG TH09 HS 24.6 鼠径部スワブ
TH10RA TH10 HS 28 腋窩用綿棒
TH10RG TH10 HS 33.7 鼠径部スワブ
TH11LM TH11 HS 47.8 乳房内窩部用綿棒
TH11NA TH11 HS 37.1 鼻腔用綿棒
TH11RG TH11 HS 18.8 鼠径部スワブ
TH12LM TH12 HS 33.1 乳房内窩スワブ
TH12NA TH12 HS 28.6 鼻腔用綿棒
TH12RA TH12 HS 52 腋窩用綿棒
TH13LA TH13 HS 29.9 腋窩用綿棒
TH14NA TH14 HS 57 鼻腔用綿棒
TH15NA TH15 HS 27.4 鼻腔用綿棒
TH16LA TH16 HS 27.9 腋窩用綿棒
TH16NA TH16 HS 31.8 鼻腔用綿棒
TH16RAB TH16 HS 35.6 腹部スワブ
TH17LA TH17 HS 2.78 腋窩用綿棒
TH17NA TH17 HS 44.9 鼻腔用綿棒
TH18LG TH18 HS 28.6 鼠径部スワブ
TH18NA TH18 HS 40.3 鼻腔用綿棒
TH19LA TH19 HS 19.7 腋窩用綿棒
TH19LG TH19 HS 40.2 鼠径部スワブ
TH19NA TH19 HS 23.3 鼻腔用綿棒
TH20LA TH20 HS 37.9 腋窩用綿棒
TH20NA TH20 HS 47.3 鼻腔用綿棒
TH21NA TH21 HS 22.9 鼻腔用綿棒
TH21RA TH21 HS 4.14 腋窩用綿棒
TH22NA TH22 HS 32.1 鼻腔用綿棒
TH22SP TH22 HS 30.4 恥骨上スワブ
TH23LA TH23 HS 38.9 腋窩用綿棒
TH23NA TH23 HS 26.5 鼻腔用綿棒
TH23RA TH23 HS 34.7 腋窩用綿棒
TH24LSP TH24 HS 27.5 恥骨上スワブ
TH24NA TH24 HS 12.9 鼻腔用綿棒
TH25NA TH25 HS 31.1 鼻腔用綿棒
TH25RG TH25 HS 45.6 鼠径部スワブ
TH26AB TH26 HS 43.2 腹部ぬぐい液
TH26NA TH26 HS 49.5 鼻腔用綿棒
TH27NA TH27 HS 31.1 鼻腔用綿棒
TH28LG TH28 HS 6.89 鼠径部スワブ
TH28NA TH28 HS 27.9 鼻腔用綿棒
TH29LA TH29 HS 21.3 腋窩用綿棒
TH29LSP TH29 HS 40.7 恥骨上スワブ
TH30LA TH30 HS 34.7 腋窩用綿棒
TH30NA TH30 HS 34.1 鼻腔用綿棒
TH30RG TH30 HS 30.3 鼠径部スワブ
略語。HS、膿疱性汗腺炎。
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補足表 S315 R Decontam パッケージを用いて同定された「頻度法」で閾値に達した汚染ASV
配列 王国 門 クラス オーダー ファミリー 属種
Seq_990 Bacteria Firmicutes Clostridia Clostridiales Lachnospiraceae Blautia Blautia_luti
Seq_1261 Bacteria Cyanobacteria/Chloroplast クロロプラスト Streptophyta 分類不能 分類不能
Seq_1280 Bacteria Actinobacteria Actinomycetales Micrococcaceae Kocuria Unclassified
Seq_1380 Bacteria Proteobacteria Alphaproteobacteria Sphingomonadales Sphingomonadaceae スフィンゴモナス属 Unclassified
Seq_1535 Bacteria Firmicutes Bacilli Lactobacillales Lactobacillaceae Lactobacillus ラクトバチルス属 ラクトバチルス_delbrueckii 未分化
Seq_1749 Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas_rhizosphaerae
Seq_1870 細菌 バクテロイデス属 フラボバクテリウム属 Wautersiella Wautersiella_falsenii
Seq_1880 Bacteria Proteobacteria Alphaproteobacteria Rhizobiales Xanthobacteraceae Xanthobacter Unclassified
Seq_2214 Bacteria Candidatus_Saccharibacteria 分類不能 分類不能 分類不能 分類不能
Seq_2897 Bacteria Proteobacteria Alphaproteobacteria Rhizobiales Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium_aquaticum
Seq_2924 Bacteria Firmicutes Erysipelotrichia Erysipelotrichales Erysipelotrichaceae Unclassified 分類不能 分類不能
Seq_3029 Bacteria Firmicutes Bacilli Bacillales Bacillaceae_1 Bacillus Unclassified
Seq_3470 Bacteria Bacteroidetes Bacteroidales Porphyromonadaceae タンネレラ Tannerella_forsythia
Seq_4315 Bacteria Acidobacteria_Gp4 Blastocatella 分類不能 分類不能 分類不能 分類不能
Seq_4461 Bacteria Proteobacteria Epsilonproteobacteria Campylobacterales Campylobacteraceae カンピロバクター カンピロバクター_ureolyticus
略称。Seq、配列。
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記事情報
出版履歴
オンラインで公開されました。2021年8月5日
受理されました。2021年5月4日
改訂版受理 2021年4月29日
受理：2020年11月30日 2020年11月30日
受理された原稿は2021年6月8日にオンライン公開、修正された校正刷りは2021年12月23日にオンライン公開
身分証明書
DOI: https://doi.org/10.1016/j.jid.2021.05.036

著作権について
© 2021 The Authors. Society for Investigative Dermatologyを代表してElsevier, Inc.が発行。
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