Obsidianの同期用プラグイン Remotely Save では、Obsidianの設定フォルダの同期も可能です。

Remotely SaveでObsidianの設定フォルダを同期する方法

Remotely Saveの初期設定ではObsidianの設定情報が入ったフォルダは同期しない設定になっていますが、同期することも可能です。

Remotely Saveの設定の中にある
Sync Config Dir（experimrntal）
を Disable（無効） から Enable（有効）にすれば同期するようです。 

・・・するようです と書きましたが、実際に試してはいないので。
項目の中に（experimrntal）とあるように、まだ実験的な機能のようですし、今のところ必要性もないので、有効化していません。

また、現在のところ同期できるのは .Obsidian フォルダだけのようで、例えばスマホアプリ用に別の設定をしているという場合などで、別名のフォルダにしたり、複数の設定フォルダがあったりする場合は同期できないようです。

個人的にはMacはiCloud、WindowsはOneDriveにデータを置いているので、同じOSの端末では設定まで同期します。
AndroidやLinuxではローカルフォルダにデータを置いているので個別設定ということになりますが、プラグインが多いわけではないですし、カスタマイズもそれほどしていないので、今のところ設定フォルダまで同期しなくてもいい状態です。

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