計算化学.comで紹介されているProgdynですが，SLURMジョブスケジューラーでの使用を前提に書かれているので，HPCシステムズなどから購入したクラスターマシンではLSFを使用していることも多いと思うので，LSF環境用の書き換えなど

1. githubからディレクトリごとダウンロードする。

git clone https://github.com/nwohlgemuth/ProgdynSuite.git　と打ち込む。
ディレクトリ名をProgdynSuite-masterに変える（後のインストールでProgdynSuiteというディレクトリができるので，変えておかないとインストールに失敗する）。
gitが使えない場合はProgdynSuite-master.zipをダウンロードしてftpなどでホームフォルダに移動して，unzip ProgdynSuite-master.zipと打ち込む。

2. 以下のコマンドを打ち込んでインストールする。

cd ProgdynSuite-master
bash ./InstallProgdyn.sh

3. ホームディレクトリに戻って，ProgdynSuite/SubmitScripts内のg09.shを書き換える。SLURMの環境変数をLSFの環境変数に書き換える。REPLACEMEなども自身の環境に合わせて書き換える。複数回出てくるところはすべて書き換える。

cd ProgdynSuite/SubmitScripts
vi g09.sh

SLURM_JOB_ID　→　LSB_JOBID
SLURM_SUBMIT_DIR　→　LSB_SUBCWD

mkdir $TEMPORARY_DIR　→　mkdir -p $TEMPORARY_DIR
/fslapps/chem/bin/rung09　→　/usr/local/gaussian09c01/g09/g09
（which g09などで調べる。g16の場合も同様）
/fslapps/chem/bin/rmipc　→　/usr/bin/ipcrm
$HOME/ProgdynSuite/SubmitScripts/ProgSubmitWrapper.sh　→　bash $HOME/ProgdynSuite/SubmitScripts/ProgSubmitWrapper.sh
mkdir $HOME/ProgdynSuite/RunOutputs/out"$PREVIOUS_JOBID"　→　mkdir -p $HOME/ProgdynSuite/RunOutputs/out"$PREVIOUS_JOBID"
mv "$TEMPORARY_DIR"/* $HOME/ProgdynSuite/RunOutputs/out"$PREVIOUS_JOBID"　→　cp -arf "$TEMPORARY_DIR"/* $HOME/ProgdynSuite/RunOutputs/out"$PREVIOUS_JOBID"
rm -rf "$TEMPORARY_DIR"/*
mv $FILES_NEEDED_DIR/* $HOME/ProgdynSuite/RunOutputs/out"$PREVIOUS_JOBID"　→　cp -arf $FILES_NEEDED_DIR/* $HOME/ProgdynSuite/RunOutputs/out"$PREVIOUS_JOBID"
rm -rf "$FILES_NEEDED_DIR"

4. ホームディレクトリに戻って，ProgdynSuite-master内のprogdynstarterHP.shを書き換える。環境変数を自身の環境に合わせて書き換える。また，.shや.awkなどがデフォルトでは書かれていないので，足していく（使用するファイルの.shや.awkを削除することでも対応できる）。filenameなどはインプットのファイル名に後で書き換える。

cd ProgdynSuite-master
vi progdynstarterHP.sh

export JOB_NAME=filename.log
export G09_ROOT="/blueapps/chem"　→　export G09_ROOT="/usr/local/gaussian09c01/g09”
proggenHP　→　proggenHP.awk
prog1stpoint　→　prog1stpoint.awk
prog2ndpoint　→　prog2stpoint.awk
proganal　→　proganal.awk
progdynb　→　progdynb.awk
$G09_ROOT/bin/rung09 $PROG_SCRDIR/g09.com > $PROG_SCRDIR/g09.log　→　$G09_ROOT/g09 $PROG_SCRDIR/g09.com > $PROG_SCRDIR/g09.log

5. ProgdynSuite/SubmitScripts内のProgSubmitWrapper.shやProgSubmit.shをviモードで書き換える。

cd ProgdynSuite/SubmitScripts
vi ProgSubmitWrapper.sh

sbatch ProgSubmit.sh　→　bash ProgSubmit.sh

cd ProgdynSuite/SubmitScripts
vi ProgSubmit.sh

export TEMPORARY_DIR="/tmp/$SLURM_JOB_ID"　→　export TEMPORARY_DIR="$HOME/tmp/$LSB_JOBID"
export PROG_HOME=$TEMPORARY_DIR　→　export PROG_HOME="$TEMPORARY_DIR"
export G09_ROOT="/blueapps/chem"　→　export G09_ROOT="/usr/local/gaussian09c01/g09"
SLURM_JOB_ID　→　LSB_JOBID
SLURM_SUBMIT_DIR　→　LSB_SUBCWD

mv $FILES_NEEDED_DIR/* $TEMPORARY_DIR　→　cp -arf $FILES_NEEDED_DIR/* $TEMPORARY_DIR
rm -rf $FILES_NEEDED_DIR/*
export FILES_NEEDED_DIR=REPLACEME　→　export FILES_NEEDED_DIR="$HOME/Directlyname"
. $PROG_HOME/progdynstarterHP & # Starts Progdyn　→　bash $PROG_HOME/progdynstarterHP.sh & # Starts Progdyn

6. 作業ディレクトリDirectlynameを作成し，必要なファイルをコピーする。

mkdir Directlyname
cp ProgdynSuite-master/* Directlyname
cp ProgdynSuite/SubmitScripts/g09.sh Directlyname
cp ProgdynSuite/ProgdynScripts/progdyn.conf Directlyname
cp ProgdynSuite-master/progdynstarterHP.sh Directlyname
cp ProgdynSuite/SubmitScripts/ProgSubmit.sh Directlyname
cp ProgdynSuite/ProgdynScripts/randgen Directlyname